博物馆总共有两层，共有十五个展览区，每个区内设计布置奇特有趣有别于宗教给人的严肃感，例如：世界宗教展示大厅，展示世界十大主要宗教的仪典、器物及该教在台湾的发展，提供参观者更深入认识世界各大宗教的机会；生命之旅厅，藉由文物、影音及硬件设计材质的变化，呈现出生、成长、中年、老年、死亡等生命五大阶段中人与宗教的互动关系。

进入博物馆后，从感受洁净的水幕墙，逐步进入参观旅程。观众可留下属于个人的掌痕手印纪念；参观布满宇宙寰宇图像的“金色大厅”；观看世界各民族的生命礼俗与文化，由初生、成长、壮年、老年、及至死亡与死后世界的“生命之旅厅”；在直径八米、180度球型影像投射的“华严世界”，仰望阐释宇宙共生连结犹如万花筒的多媒体影片；“世界宗教展示大厅”展出了包括基督宗教、伊斯兰教、佛教、道教等世界十大宗教的精神、艺术表现、文献经典、音乐与仪式、将宗教建筑从外观到内部祭坛完整重现的建筑模型，并特别介绍“台湾民间信仰之美”及宗教庆典的影片。博物馆展场以高科技互动多媒体设施为特色，获得岛内外极大的赞誉，引领观众进入独特的人类文明与生命体验的殿堂。