军团纪元40年（2057年），第一军团启动“对星球决战兵器”，制造了尤卡坦大死区和其他小死区，全歼西方军团，在战场上压制南方军团与东方军团。但几个月后情况突然急转直下，南方军团攻入首都赫曼尼亚，第一军团高层被全体处决。

赫曼尼亚沦陷后，第一军团共同推举出继承人，以师团长“不屈膝者”为首的不屈师团在赫曼尼亚周边一带与南方军团继续作战。

受到再启蒙运动影响的一代青年，在军团内战爆发后自发组建的师团，成员对第一军团的理念极度狂热也极度缺乏军事训练，因此只是被第一军团作为一个象征，参与各种简单的活动，在尤卡坦大死区开启时被作为弃子卷入到死区中。军团纪元43年，启蒙师团从死区中走出，出现在南方临时议会的实控区域内，虽然成员已不足万人，但是战斗力已远超于从前，为了回到中央，他们从后方攻击临时议会，并割据一方。为了维持组织的团结，启蒙师团师团长“焚圣像者”完全否定了克里斯玛的第一军团存在的正当性，自称“真正的第一军团继承者”，成为中立势力。

由藏身于尤卡坦大死区的游侠，旧特种军官学院历届首席之冠，师团长“死区行者”带领的师团。试图通过无休止的游击战拖垮共管区总督府，建立一个有别于第一军团的新政权。

曾经的近卫师团，在全军覆没后再度回归人世，在师团长“大灭绝者”的带领下，为万物带来终焉。

来自八荒六合，聚集天下耳目，是第一军团在余波战争时期就掌控的特务部队。仅对克里斯玛和“赫曼尼亚的蜘蛛”效忠。

世界建设兵团下属地球南方区域管理机构，是所有军团中军事实力最强大的，思想也最为保守。在世界兵团第一任总指挥被暗杀后，克里斯玛调查发现大量旧世界的残余势力试图推翻军团，因此他发动了“噤声战争”，其最终结果是，旧人合联、世合联、人解联、旧天命这些理念不同但还保有相当力量的各种旧势力，由最为独立的南方军团作为庇护所，将他们统合到一起，因此南方军团拥有了最强的军事实力，但也产生了非常复杂的派系斗争。 这些人不认同兵团的信念，只服从强大的领袖。而南方军团军团长拉维妮娅·阿维尼翁正是当时世界上最强的圣痕使，在余波战争中有突出贡献的她享有元帅头衔，被称为南方的军神，只要有她在，南方军就能作为最强军团存在。但拉维妮娅却在军团内战中去世，她的死直接引发了南方军团的分裂。

南方中央远征军针对所属辖区叛乱势力而成立的特殊机构。在南方军团中央远征军攻入赫曼尼亚后，虽然远征军司令部秘不发丧，但元帅已死的消息还是不胫而走。蠢蠢欲动的地方军们组成的南方临时议会在几个月后终于向远征军开战，中央远征军改组为战争仲裁委员会，委员会的三位元帅禁卫很快在多条战线展开反攻。在议会因为启蒙师团而节节败退时，委员会却在军团纪元43年春天展开了名为“春晓惨案”的大屠杀，南方人因此分裂为两派，军神之侍也不得不承认他们无法通过一场战争彻底统一南方，只得与联合战线东西对峙。因为委员会的三位强大领袖而被人习惯称为“三头同盟”，虽然自称代表正统南方军团和世界建设兵团本部，但事实上已经沦为了一个割据势力，其下属军队被称为“同盟军”。

南方军所属地方军阀组成的利益联盟。在元帅之死消息传开后，地方军掐断了对中央远征军的补给，并在几个月后组成南方临时议会，向委员会发起战争。在中央军展开反攻后，议会一度被逼到要将决策机关迁至南极的地步，但委员会却在此时遭遇了滑铁卢。临时议会接着这次胜利扩大影响力，集结了数倍于委员会的兵力，意图趁此机会发动反击，但从后方突然出现的启蒙师团打乱了他们的计划。在临时议会疲于应付启蒙师团之际，仲裁委员会因为“春晓惨案”而失去民心。南方临时议会通过一场不流血的政变，终止了激进的反攻计划。转而开始宣传“南方人要拥有自己的南方”，最终组成了南方军团大陆联合战线，与委员会东西对峙。简称为“南陆联合”，认为更能守护南方人生命财产安全的战线才是正统南方军团，其下属军队被称为“联合军”。

世界建设兵团下属地球东方区域管理机构，是所有军团中经济实力最强大的，但军队不堪一击。领袖是军团长兼大企业家莱恩·科马雷，是科学与商业方面的天才，远离地球，坐镇于太阳之上，曾经试图打造一支殖民星际的大舰队，不过失败了。军团内战后期意图向第一军团投降，但第一军团却突然战败，令东方军团成为全世界的笑柄。但东方军团的势力随着他们的经济活动在新秩序下蔓延全球，是内战真正的胜利者。其势力也在南方辖区内延伸，资助反对力量，制造骚乱，获取利润。

世界建设兵团下属地球西方区域管理机构，在军团内战中被死区歼灭全军，与主流社会间被死区隔开。

世界建设兵团下属地球北方区域管理机构。北方军团擅长生物技术，最早的标准化植入者改造手术就是北方军团研发的。与主流社会间被死区隔开，是直面死区的死区战线。其传送都市仍处于军管状态，需要特许流程才能进入。