第三届部长级会议于1999年11月30日至12月3日在美国西雅图市召开。由于非政府组织的示威游行和干扰所产生的压力以及成员间在一系列重大问题上的意见分歧，会议未能启动拟议中的新一轮多边贸易谈判，最终以失败告终。

第四届

第五届

第五届部长级会议2003年9月10日至14日在墨西哥坎昆举行。由于发达国家在削减农业补贴和农产品关税问题上不肯做出实质性让步，会议无果而终。会议仅通过了《部长会议声明》。

第六届

第六届部长级会议2005年12月13日在中国香港开幕。此次会议是多哈回合谈判的重要组成部分。会议议题就是多哈回合谈判议题，包括削减农业补贴和农产品关税、降低工业品关税、发展问题、服务业开放、知识产权保护与贸易争端的解决、贸易便利化等。与会者围绕多哈回合议题经过6天谈判发表了《部长宣言》，在取消棉花出口补贴和农产品出口补贴以及向最不发达国家开放市场问题上取得了进展，但多哈回合谈判仍未全面完成。

第七届

第七届部长级会议2009年11月30日至12月2日在瑞士日内瓦举行。会议未能在推动多哈回合谈判方面取得明显进展，但继续承诺2010年结束多哈回合谈判。

第八届

第八届部长级会议2011年12月在日内瓦举行。会议正式批准俄罗斯加入世贸组织。由于各成员在一些谈判领域存在较大分歧，多哈回合谈判陷入困境。

第九届

第九届部长级会议2013年12月3日在印度尼西亚巴厘岛举行。此次会议是世贸组织总干事罗伯托·阿泽维多上任以来的首次最高决策机构会议。各方期待巴厘岛会议能在有限议题上达成一致，为推动更大规模的多边贸易协定奠定基础。7日上午在印度尼西亚巴厘岛闭幕，达成世贸组织首个全球贸易协定。会议上发布的巴厘岛部长宣言共包括理事会日常工作、多哈发展议程进展和巴厘岛会议后工作展望三大部分。多哈发展议程进展一项即为此前各方期盼的多哈回合谈判“早期收获”，包含贸易便利化、农业、棉花、发展和最不发达国家四项议题共10份协定。

第12届

世贸组织第12届部长级会议将于11月30日—12月3日在瑞士日内瓦举行。以世界贸易组织为核心的多边贸易体制是国际贸易的基石。此次世贸组织部长级会议，是在经济全球化发展的关键时刻召开的重要会议，各成员对会议成果充满期待，正进行密集磋商和认真准备。

第13届

世界贸易组织第13届部长级会议（MC13）于2024年2月26日到29日在阿联酋的阿布扎比举行，中国商务部部长王文涛将率中方代表团出席会议。2月27日，香港特区政府商务及经济发展局局长丘应桦出席世贸部长级会议并发言表示，多边贸易制度是推动国际社会共同努力达致可持续发展的最重要平台，而世贸对实现此目标至关重要。为促进谈判、力争在主要议题上取得成果，原定2月29日当晚举行的闭幕会议推迟至3月1日下午。当地时间3月2日凌晨，世贸组织第13届部长级会议在阿联酋首都阿布扎比正式闭幕。