有关东净寺的由来据资料记载早在日本人入据花莲初期，当时的盐水港制糖株式会社社长荒井泰次，发宏愿在花莲兴建寺院，乃于明治45年(1912年)，礼聘台北临济护国禅寺住持，日僧梅山玄秀禅师为开山师，驻花莲筹建佛寺。经过多年布教及努力以及荒井泰次的努力下，大正8年(1920年)3月在花岗山落成一座佛寺，称为大树山东台寺。

东台寺旁有另有一佛寺净光寺，此寺系日僧中岛俊康于大正3年开山，大正5五年落成，称净土宗大观山静光寺。

昭和7年，于今日进丰街兴建有一斋堂，称作玉莲寺。(此旧址为今圣天宫)台湾光复时，玉莲寺由张六妹接管花岗山的东台寺及净光寺，而在彼时原来玉莲寺部分庙地也被占用，于是将玉莲寺所有法器、经书都搬到花岗山的佛寺。民国36年正式合并成一寺，定名为东净寺，属曹洞宗月眉山灵泉寺支派。