1931年9月18日，东北爆发了震惊中外的九一八事变。九一八事变后，东北大学师生入关避难。后于北京借北平南兵马司税务监督公署为校址复学。1932年1月1日，在锦县的东北交通大学学生150人，逃到北平。1932年2月，东北大学借的北师大广安门校舍，收容了东北交通大学（锦州）学生150余人，并设立交通学院，以刘百昭兼代院长。3月，刘百昭院长辞职，聘曹国卿为文法学院院长，兼代理交通学院院长。6月，流亡北平的冯庸大学、东北交通大学并入东北大学，其所占原陆军大学校址，由国民党的军委会拨为东北大学总校校舍，彰仪门校舍为第一分校，南兵马司校舍为第二分校。同年7月1日迁入北平西直门里崇元观5号（原陆军大学校址）。7月，东北大学第五届学生231人毕业。1935年12月9日，在中国共产党北平临时工作委员会的领导下，北平学生数千人高呼“停止内战，一致抗日”、“打倒日本帝国主义”、“收复东北”等口号，举行了声势浩大的抗日爱国示威游行！东北大学、冯庸大学、东北商船大学、东北交通大学等流亡学生也在北平示威游行队伍中，很快大批警察宪兵迅速赶来。在街口严阵以待，水枪喷射出强烈的水柱，直冲衣衫单薄的学生们，随后警察冲进游行队伍中，挥动警棒驱散了游行队伍。东北大学撤退至内地后，刘百昭先生坚持带领东大师生辗转关内各地，直至抗战胜利后返回沈阳。