2000年10月，农学院一分为三：园艺系分出建立园艺学院；土壤农化系、农业环保系、农业气象教研室、农业生态教研室、农业微生物教研室从农学院分出组建资源与环境学院；农学实验站划分到学校，成立东北农业大学植物类实验实习基地；余下各系成立农学院。

2003年，设立生物技术（植物）专业，共招生5届。

2009年，成立种子科学与工程专业。

2010年，开始招收植物生产类拨尖人才培养班。

2015年，开设植物科学与技术专业，共招生6届。

2016年，开设农学专业本硕博连读班。

2020年，申请开设智慧农业专业，2021年开始招生。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院有农学系、植物保护系、种子科学与工程系、植物科学与技术系4个教学系，开设农学、植物保护、种子科学与工程、植物科学与技术、智慧农业4个本科专业和1个农学专业本硕博连读班。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院有在职教工119人，博士学位教师90人，正高职38人，副高职45人。博士研究生导师31人，硕士研究生导师57人。其中国务院特殊津贴获得者1人、国务院学位委员会学科评议组成员1人、全国专业学位研究生教育指导委员1人，教育部高等学校教学指导委员会植物生产类教学指导委员会委员1人，中国作物学会马铃薯专业委员会秘书长1人，全国优秀教师1人，霍英东青年教师二等奖获得者1人，万人计划2人，科技部青年科技创新领军人才3人，农业部现代农业产业技术体系岗位科学家3人，农业科研杰出人才2人，龙江学者4人，教育部新世纪人才基金获得者2人，黑龙江省杰出青年基金获得者4人，香江学者1人，博士后国际交流计划1人，黑龙江省二级教授6人，黑龙江省特殊津贴获得者2人、黑龙江省长江学者后备支持计划获得者2人，黑龙江省新世纪人才4人，黑龙江省优秀青年基金获得者2人，黑龙江省教育厅骨干教师基金项目支持计划入选者9人，黑龙江省普通本科高等学校青年创新人才培养计划15人。

国务院特殊津贴获得者：王振华

全国专业学位研究生教育指导委员：邹德堂

国务院学位委员会第八届作物学学科评议组成员：陈庆山

教育部高等学校教学指导委员会植物生产类教学指导委员会委员：邹德堂

万人计划：韩英鹏、张淑珍

科技部青年科技创新领军人才：韩英鹏、张淑珍、陈庆山

国家自然科学基金优秀青年基金获得者：程晓非

农业部现代农业产业技术体系岗位科学家：韩英鹏、石瑛

农业科研杰出人才：杨德光、张淑珍

教育部新世纪人才基金获得者：张淑珍、陈庆山

黑龙江省特殊津贴获得者：陶波、邹德堂

黑龙江省级教学团队：有害生物防控教学团队

根据2021年8月学院官网信息显示，学院有国家特色专业1个，国家级一流本科专业建设点2个，黑龙江省级重点专业2个；国家级实验教学示范中心1个，国家级大学生校外实践教育基地1个，全国农业硕士专业学位研究生实践教育示范基地1个，黑龙江省实验教学示范中心1个；3门课程入选黑龙江省级在线课程，2门课程入选首批国家级一流本科课程，黑龙江省级在线课程5门，黑龙江省级虚拟仿真项目2个，6门微课分别获得第一和第二届全国高校植物生产类实验微课奖励。

国家级特色专业：农学

国家级一流本科专业建设点：农学、植物保护

国家级实验教学示范中心：植物科学与技术实验教学示范中心

国家级大学生校外实践教育基地：东北农业大学—黑龙江省农业科学院绥化分院

全国农业硕士专业学位研究生实践教育示范基地：东北农业大学黑龙江省农业科院耕作栽培研究所

黑龙江省级重点专业：农学、植物保护

黑龙江省实验教学示范中心：农学实验教学示范中心

根据2021年8月学院官网信息显示，学院“十三五”以来，教师承担各类教改课题10项。教师获省级各类教学成果奖24项，教师发表教学研究论文50余篇。《东北农业大学与黑龙江省农科院科教协同育人探索与实践》和《服务北方寒地现代化大农业乡村振兴战略校地协同模式与实践研究》入选教育部新农科研究与改革实践项目。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院有博士后科研流动站1个，二级学科博士点2个，一级学科点硕士点2个，二级学科硕士点5个，专业硕士学位授权领域2个，黑龙江省级重点一级学科2个。

博士后科研流动站：作物学

一级学科点博士点：作物学

二级学科点博士点：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种

一级学科点硕士点：作物学、植物保护

二级学科点硕士点：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学

专业硕士学位授权领域：农艺与种业、资源利用与植物保护

黑龙江省级重点一级学科：作物学、植物保护

根据2021年8月学院官网信息显示，学院党委2016年被评为黑龙江省高校工委“先进基层党组织”，2014获得校“文明单位标兵”，多次被评为校“三育人”先进集体；学院工会连续多年被评为校“工会工作先进单位” 和“模范职工之家”，农学院辅导员办公室被评为黑龙江省“团信息工作先进集体”、“学生工作先进集体”。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院有教育部重点实验室2个，农业部重点实验室1个，农业部观测实验站1个，农业部区域试验站2个，农业部创新中心1个，黑龙江省级科研平台7个，教育部创新团队1个，农业部创新团队2个，黑龙江省“头雁”团队2个，学院是全国马铃薯专业委员会和黑龙江省植物病理学会挂靠单位，国家农业部农药登记田间药效试验认证单位，农业部除草剂活性室内检测资质单位。

教育部重点实验室：大豆生物学教育部重点实验室、寒地粮食作物品种改良与生理生态教育部重点实验室

农业部重点实验室：农业部北方大豆生物学与遗传育种重点实验室

农业部观测实验站：农业部东北地区作物栽培科学观测实验站

农业部区域试验站：黑龙江省哈尔滨市国家级农作物品种区域试验站

农业部创新中心：黑龙江省国家水稻区域技术创新中心

教育部创新团队：大豆遗传育种与分子设计创新团队

农业部创新团队：玉米非生物逆境生理与调控创新团队、大豆抗病遗传育种团队

黑龙江省级科研平台：黑龙江省哈尔滨市国家级农作物品种区域试验站、黑龙江省大豆生物学重点实验室、北方寒地作物有害生物重点实验室、黑龙江省寒地玉米种质资源创新工程技术研究中心、黑龙江省营养健康大豆育种技术创新中心、地作物品种改良与生理生态重点实验室、大豆生物学重点实验室

黑龙江省“头雁”团队：大豆遗传改良与高产栽培创新团队、寒地粮食作物优质高效生产创新团队

校级科研平台：校作物品质分析中心、大豆研究所、玉米研究所、水稻研究所、小麦研究所、马铃薯研究所、农药研究所、经济与杂粮作物研究中心、经济作物研究中心等

根据2021年8月学院官网信息显示，学院“ 十三五”以来，承担国家转基因生物新品种培育重大专项、国家自然基金、国家重点研发计划“七大作物育种”重点专项及省部级科研课题170余项，研究经费达1.2亿元。获国家科技进步二等奖2项，黑龙江省科技进步一等奖1项、二等奖7项。获得发明专利35项，发表文章627篇，SCI收录275篇。

《中国马铃薯》设有遗传育种、栽培生理、土壤肥料、学术园地、经验交流、病虫防治、研究简报、综述、产业开发、品种介绍等栏目。期刊是北京大学《中文核心期刊要目总览》（1992年第一版）来源期刊，被《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》《CNKI中国期刊全文数据库（CJFD）》《台湾华艺中文电子期刊服务-思博网（CEPS）》《中文科技期刊数据库》《中国核心期刊（遴选）数据库》《英国农业与生物科学研究中心文摘（CABI）》《公共健康研究数据库》等收录和检索。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院与百博智慧平台联手推出“金陵讲堂”频道，每年派出2-3人出国留学或访学，5-10人参加国际会议及短期出国考察访问。邀请和接待了来自美国、加拿大、日本、韩国、英国及科研院所和高校的访问学者100多人次来院进行学术交流，派出5名科技副县（市）长、2名科技顾问和6名科技副乡（镇）长带着课题和项目到全省农业生产一线，与拜泉县、肇州县、嘉荫县、嫩江县、望奎县、大兴农场、852农场等建立了合作共建关系。通过新农村发展研究院在农垦建三江、红兴隆管理局建立了水稻、玉米、大豆技术集成与示范区。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院举办了家乡风采摄影大赛，开展“学党史，跟党走，强信念”精品团日大赛，联合学校后勤处举办“东农娃娃小手牵大手，共迎建党100周年”主题活动，开展“团团青春助农，助力乡村振兴”网络公益活动。