该校由东华三院于1961年创办，原称东华三院第一中学。1971年秋季，东华三院董事局辛亥年主席黄乾亨的父亲黄笏南慨捐50万元予东华三院，东华三院董事局特以该校命名为“东华三院黄笏南中学”，以作纪念。

东华三院学校校训为勤、俭、忠、信（释义：学习勤、律己俭、处事忠、交友信）。教学语言为英语。校园面积约四千平方米。共有二十五个课室，一座可以容纳一千二百人的礼堂，图书馆、电脑室、地理室、美术室、语言学习室、多媒体实验室、综合科学实验室、物理实验室、化学实验室及生物实验室。

东华三院黄笏南中学各个音乐团体，当中包括管弦乐团、弦乐团、高级组管乐团、中级组管乐团、敲击乐团及合唱团。于2007年，该校的高级组管乐团在香港青年音乐汇演管乐组比赛高级组中取得全埸总冠军之外，亦于校际音乐节的管乐团比赛中获得亚军；同年，弦乐团和管乐团代表香港到欧洲参加维也纳国际音乐节，弦乐团、管乐团得到了亚军。期后于2011年，东华三院黄笏南中学的管、弦和敲击乐团，赴斯洛伐克参与第三届欧洲青年音乐节比赛，其中敲击乐团首次参赛即获金奖，管、弦乐团亦同获铜奖。整体成绩在二十队参赛队伍中排第三。