2006年，湖南省人民政府以湘政函[2006]60号批复同意合并为湖南舜皇山自然保护区。

2009年9月18日，成立“湖南舜皇山国家级自然保护区”。

2021年6月25日，毛伟明省长主持召开湖南省政府专题会议研究通过了南山国家公园范围调整方案，新纳入了黄桑、新宁舜皇山、东安舜皇山三个国家级自然保护区和黄桑省级风景名胜区以及各保护地之间的链接地带。

2022年1月6日，南山国家公园范围调整优化和设立工作调度会召开，拟纳入南山国家公园范围的新宁崀山、绥宁黄桑、新宁舜皇山、东安舜皇山四个保护地管理机构主要负责人参加会议。南山国家公园试点范围调整后拟纳入绥宁黄桑、湖南舜皇山、新宁崀山、东安舜皇山。

湖南舜皇山国家级自然保护区位于湖南省西南部的新宁县境内，地处南岭山系越城岭中段和雪峰山系余脉之间，位于东经110°28′53″～111°18′34″，北纬26°15′06″～26°55′22″之间，东西长84.3 km，南北宽73.1km。保护区土地面积21719.8公顷，分为东西两片，是一个以国有林为主体的自然保护区，其中国有面积14306.7 hm，占65.9%，集体所有面积7413.1hm， 占34.1%。东部面积16937.0 hm，包括舜皇山林场全部、金子岭林场、紫云山林场、黄龙镇、回龙寺镇、靖位乡、清江乡和一渡水镇等乡（镇、场）部分林地；西部面积4782.8 hm，包括万峰林场、麻林瑶族民族乡和黄金瑶族民族乡等乡（镇、场）部分林地。

自然保护区的水平地带性土壤是红壤。土壤的形成主要受复杂的地形地貌，垂直分布的生物气候及不同植被类型的影响，并且由于自然景观的复杂多样加上东西坡自然条件的差异明显，使各土类之间交错分布和镶嵌的现象较普遍，成为保护区土壤多样性的一个具体表现。保护区土壤主要是以花岗岩和板页岩发育而成的山地红壤和山地黄壤。土壤的垂直分布差异明显，分为山地红壤、山地黄红壤、山地黄壤、山地黄棕壤、山地草甸土等5个土壤亚类。

自然保护区属中亚热带季风气候区，其气候属于中亚热带季风湿润气候类型。但是，舜皇山气候除具有亚热带和季风的性质外，同时受海拔高度、山地地形和森林等地理环境因子的综合影响，表现出明显的亚热带山地气候特征。

自然保护区年平均气温为15.0℃，最热月7月平均气温25.9℃，最冷月1月平均气温3.4℃，年较差22.5℃，极端最高气温33.8℃，极端最低气温－7.5℃，其平均气温年变化规律为单峰型。保护区年平均降水量为1360.6mm。每年5月雨量最多、最集中，平均为208.9mm，12月雨量最少平均为37.3mm。历年平均降水日数有179.3天，保护区年平均相对湿度为91%，保护区相对湿度的垂直变化明显，随着海拔高度的升高，相对湿度增大。保护区冬季盛行东北风，夏季盛行西南风，风向转换随季节明显不同，属季风气候区域。

自然保护区系湘江和资水上游的分水岭，主要河流有流入资江的夫夷水及其支流和流入湘江的紫溪河及其支流。夫夷水从广西资源县车田湾流入新宁县再经邵阳汇入资水，在新宁县流程约100km。夫夷水平均流量达78.14m/t，以HCO3-Ca型、HCO3-Ca·Mg水为主，pH值一般6.5-7.7，总硬度1.5-2.56德国度，矿化度0.108-0.150克/升，属低矿化、弱酸性至弱碱性和极软水至软水，紫溪河旱季测得pH值一般7.7，总硬度1.74德国度。

主要补给源为大气降水。保护区及其周边地区地下水划分为基岩裂隙水和碳酸岩裂隙岩溶水二大类。地下水水化学类型以HCO3-Ca型为主。

舜皇山植被属湘南植被区中的越城岭和南岭山地植被小区，具有典型的南岭森林类型。主要类型分为森林(针阔混交林、常绿阔叶林、常绿落叶阔叶混交林、山顶矮林、竹林)灌丛和草丛3大类型32种植被。

自然保护区维管束植物183科793属2233种，中国特有属分布较丰富，达39属之多，占种子植物707属的5.5%；种子植物在湖南的新分布种十分丰富，达50余种；自1978年至2004年植物学家在紫云山、舜皇山及其周边地区发现的植物新种新变种共29种。野生珍稀植物资源丰富，其中国家Ⅰ级保护野生植物6种：银杉、资源冷杉、伯乐树、南方红豆杉、红豆杉、银杏。国家Ⅱ级保护野生植物21种：金毛狗、篦子三尖杉、华南五针松、香榧、连香树、长柄双花木、半枫荷、香樟、闽楠、花榈木、野大豆、鹅掌楸、峨眉含笑、水青树、红椿、旱莲木、金荞麦、香果树、伞花木、榉树、二回原始莲座蕨。按国家环保局、中科院植物所1987年规定的《中国珍稀濒危保护植物名录》中的保护野生植物，湖南舜皇山自然保护区内分布有18种(国家重点保护野生植物名录中已列出的植物，在此不再重复)：独花兰、金刚大、银钟花、青檀、银鹊树、穗花杉、沉水樟、黄连、华榛、八角莲、天麻、天女花、红花木莲、乐东拟单性木兰、白辛树、木瓜红、铁杉、长苞铁杉。

有脊椎动物29目85科227种。其中哺乳动物8目22科40种；鸟类12目32科95种；爬行动物3目10科38种；两栖动物2目8科22种；鱼类4目13科32种。

1988年国家公布的保护野生动物物种名录中，自然保护区有Ⅰ级保护哺乳动物物种有2种，即云豹、林麝，Ⅱ级保护哺乳动物物种有7种，即黑熊、藏酋猴、穿山甲、水獭、斑林狸、小灵猫、大灵猫；Ⅰ级保护鸟类就有2种，即黄腹角雉和白颈长尾雉，Ⅱ级保护鸟类有15种，鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、赤腹鹰、蛇雕、灰背隼、白鹇、红腹锦鸡、褐翅鸦鹃、草鸮、雕鸮、斑头鸺鹠、红角鸮和长耳鸮；Ⅱ级保护两栖动物有2种，即大鲵和虎纹蛙。

昆虫有15目88科579属815种。舜皇山复杂多样的地形地势、温湿多雨的气候条件和丰富多彩的森林植物群落，均为昆虫的繁殖、生存创造了良好的环境条件。从地理位置看，舜皇山的昆虫应属典型的东洋区系，但由于境内地形复杂，且海拔相对高差较大，在海拔较高的山地部分也还保留有少量的北方种类。

2023年12月，在东安县舜皇山国家级自然保护区内，红外相机拍摄到国家级野生保护动物毛冠鹿、白鹇同框觅食的珍贵画面。自2021年以来，东安县通过布设在舜皇山国家级自然保护区的红外相机先后多次拍摄到毛冠鹿、白鹇、藏酋猴等多种国家级野生保护动物。

保护区内共有大型真菌203种，隶属于20目41科96属，其中全国新记录1种，湖南新记录77种。在这些形形色色的大型真菌中，有57种具食用价值，38种有药用价值，24种与不同树木形成外生菌根，105种木材致腐菌，19种有毒菌类。

①南岭山地的原生性亚热带常绿阔叶林森林生态系统

湖南舜皇山自然保护区地质构造古老、地貌独特、生境复杂多样，不仅有华南—南岭区系植物，而且有典型的南岭森林类型，还有本地的特有植物群落，植被类型复杂多样，具有典型的南岭山地中部原生性亚热带常绿阔叶林森林生态系统，是研究恢复与重建区域退化的森林生态系统的天然参照系统。

②具有全球性保护价值的银杉、资源冷杉

③国家珍稀、特有野生动植物物种资源及其栖息地

通过对珍稀、特有物种的有效保护，必将扩大其种群规模，丰富保护区的生物多样性，对我国物种基因库的扩大与保存具有重要意义。

④长江流域的重要水源涵养林地

湖南舜皇山自然保护区境内森林茂密，涵养水源能力显著，自然保护区是一座名副其实的天然水库，是湘江、资江上游的重要水源涵养林区。自然保护区范围内每年的河流径流量达1.12亿立方米，水能资源可开发量0.8万千瓦。

设置湖南舜皇山国家级自然保护区管理局，为具有行政管理职能的副处级全额事业单位，隶属新宁县人民政府管理。设置5个副科级内设科室：办公室、计划财务科、资源保护管理科、经营管理科、科教宣传科。下设四个保护管理站：紫云山管理站、舜皇山管理站、万峰山管理站和金子岭管理站。

湖南舜皇山自然保护区对新宁县甚至对于中亚热带地区的生态环境建设、维护生态平衡、保持生物多样性、促进社会可持续发展以及和谐社会的建设都具有十分重要的意义。因而，该自然保护区是中国自然保护区网络中的重要组成部分，并作为中国南岭山地中部的重要代表已经列入《全国自然保护区发展规划》中。