东舞鹤是日本在日本海沿岸唯一的军事据点，因此以1901年设置的舞鹤镇守府为中心，很快地就发展成一个军事都市。在第二次世界大战前与战争期间，日本皇室曾多次搭乘铁路列车拜访东舞鹤，因此东舞鹤车站内有少见的贵宾室设计。然而1996年时伴随当时的路线高架化工程，东舞鹤车站也一同改建成为今日的高架车站型式。

至于原本中舞鹤线等支线撤除之后留下的停车侧线，则在车站改建的同时一并拆除，并打算用来作为高层住宅大楼的用地。

停在同一个月台两端的舞鹤线（远端）与小滨线（前景）列车

东舞鹤车站为高架车站设计，站内配有岛式月台一座与两条乘车线。东舞鹤车站同时是舞鹤线与小滨线两条铁路线的终点站，在这里两条路线的轨道虽然是互通的，但实际上并没有任何从舞鹤线直行进入小滨线的列车。由于这缘故，同一条乘车线的两端会同时有不同路线的列车停靠，其中小滨线那头的列车在抵达东舞鹤后会回头朝敦贺方向离去，而来自舞鹤线绫部车站与西舞鹤方向的列车，抵站后则是回头朝原本的方向离去。