中心现有工作用房近10000平方米，其中实验室用房近3000平方米，设立了1间百级和7间千级净化实验室、HIV抗体初筛中心实验室；并拥有电感耦合等离子光谱仪、液质联用仪、气质联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、原子吸收光谱仪、原子荧光光度计、全自动电位滴定仪、全自动水质分析仪、全自动荧光免疫分析系统、全自动微生物分析系统、基因分析仪、全自动蛋白印迹仪、数码荧光生物显微镜、DNA扩增仪、23立方恒温恒湿培养间、高速冷冻离心机等一大批先进仪器设备，万元以上仪器设备原值4000万多元，全中心总固定资产9000多万元。具有承担食品、水质、公共场所、职业卫生、消毒监测、消毒产品、疾病控制、免疫规划、学校卫生等4000多个参数的卫生检测能力。在东莞市卫生局的直接领导下，组织实施市卫生行政部门制定的疾病控制计划，负责疾病、媒介生物的调研监测、预测、预报；对重大疫情、传染病暴发流行组织调查，制定控制的对策和措施；负责疾病预防和控制信息的收集、统计分析、综合评价、疫情报告；实施计划免疫接种计划，开展疾病防治工作；负责卫生工程设计监测及卫生工程、相关产品卫生学评价；承担突发事件、违法案件的现场卫生学调查和采样；开展疾病预防指导，从业人员健康检查及卫生技术培训；承担卫生行政部门、卫生监督机构和有关单位委托的专项抽检和产品检验任务，并指导各镇医院防疫科（组）的业务工作。