其书《文集》十五卷，又以家范、尺牍之类为《别集》十六卷，程文之类为《外集》五卷，《拾遗》一卷，年谱、遗书则为《附录》。祖谦理学思想集中在《家范》、《尺牍》、《读书杂记》、《师友问答》、《策问》诸篇目中。他主张“论学则宗孔孟，治则主尧舜”，认为无人本无二，“自人言之则曰性。自理言之则曰天道”。规约学者“以讲求经旨。明理、躬行为本”，强调治经史以致用，反对空谈阴阳性命之说。在对待理学内部朱子与陆九渊的争论上，祖谦对其采其调和折衷的态度，并不偏向于任何一方。上述诸论，实开浙东学派的先声。祖谦认为，对《诗》、《书》、《春秋》等，皆应多究古义。

需要注意的是，由于祖俭等人失于详辨，书中亦编入了部分他人之作，如《答项平甫书》，为傅梦泉子渊之作；《骂曹立之书》，是陆子静作等等‘研究参取时要仔细甄别。有《四库全书》本，《续金华丛书》本作三十九卷，题《东莱太史公文集》、《丛书集成初编》本作二十卷，题《吕莱先生文集》。