黄药师的青年到晚年，从江湖上人人忌惮的“大魔头”到万民称颂的抗敌老英雄，黄药师走完性格自我完善的“天路历程”，此种前后反差极大的性格变化，在小说中由于作者的精心处理，丝毫不显得生硬牵强。黄药师受心地淳厚的爱婿郭靖的影响，他对女儿黄蓉超逾生命的爱，对昔日自毁爱徒的愧疚，以及老年心态的渐趋平和都为转变提供可能性。

《九阴真经》中所载的武功，奇幻奥秘。纵然因此而招致杀身之祸，无数江湖人仍然趋之若鹜。天下的英雄豪杰都要抢夺《九阴真经》，桃花岛主黄药师也参与其中。之后约定在华山论剑，谁的武功天下第一，经书就归谁所有。最后那经书终究落在王重阳手中。王重阳把这部《九阴真经》放入一只石匣，压在蒲团下面的石板底下，武林也沉寂下来。

王重阳死后，留下遗言，要将《九阴真经》的上卷与下卷分置两处，万一有错失，也不致同时落人奸人的手中。王重阳的师弟周伯通将真经的上卷藏妥之后，身带下卷经文，要送到南方雁荡山去收藏，途中却遇上黄药师。黄药师本就冲着《九阴真经》而来。几人谈话之中，黄药师的妻子央求周伯通借经书一观，说她不懂半点武艺，只是心中好奇。周伯通不肯，黄药师与其夫人便有意激将周伯通。

随后周伯通说与黄药师两人比赛打石弹儿：周伯通要输了，就把经书借给冯衡瞧瞧。若周伯通赢了，黄药师便把桃花岛的宝物软猬甲给周伯通。当下三人说好，每人九粒石弹，共十八个小洞，谁的九粒石弹先打进洞就谁胜。黄药师用计暗运潜力，三颗弹子出去，把周伯通余下的三颗弹子打得粉碎，黄药师自己的弹子却完好无缺。周伯通心中也不禁对黄药师的功夫很佩服，便只得把经书借给黄夫人观看，且声明天黑之前必须归还。冯衡当着周伯通之面，接过经书，走到一株树下，坐在石上翻阅起来。黄夫人从头至尾慢慢读一遍，足足一个时辰。冯衡将《九阴真经》交还给周伯通时说此经不是真的《九阴真经》，周伯通看去当即一怒之下将《九阴真经》下卷给撕毁。在周伯通走后，冯衡便将《九阴真经》默写下来交由黄药师保管。

有一次，冯衡无心地对梅超风说起之前黄药师得到一部《九阴真经》。陈玄风知道后，煽动梅超风，合伙将《九阴真经》偷出来。两人逃出桃花岛，为练习经上的阴毒武功，不得不做些伤天害理的事，在江湖上得个“黑风双煞”的恶名，受到天下武林的围剿。梅超风叛逃之后，黄药师又伤心又愤怒，几位弟子前去劝慰，黄药师不但没有领情，反而迁怒于众弟子，将他们一个个打断脚骨，逐出桃花岛。冯衡想安抚黄药师，苦忆《九阴真经》，终至心力交痒，难产而死。自冯衡去世后，黄药师脾气变得愈发怪诞、自闭。尽管梅超风的背叛行为给黄药师惹来无穷无尽的麻烦，黄药师却从未对梅超风有过任何惩处和埋怨。

老顽童周伯通天真烂漫，只因一句戏语，便被黄药师打得重伤呕血，并被黄药师扣在桃花岛软禁十五年。黄蓉离开桃花岛不知所踪，黄药师为寻回女儿不得不打破誓言离岛前去寻找女儿，之后太湖归云庄发现女儿黄蓉、逆徒梅超风和陆乘风等人，在见到梅超风和陆乘风为裘千尺假传自己身死的消息而落泪后，最终决定重新收陆乘风为徒。黄药师让梅超风将见过练过《九阴真经》的人杀死，带回其他师兄弟及其家属，废除武功便考虑原谅她。

黄药师在经过临安牛家村时，偶然碰到陆冠英等人，将几人从沙通天、彭连海等人手中救下，让沙通天等人从自己胯下钻过去就原谅他们。几人中的尹志平见状非但不从，还开口对黄药师进行辱骂。黄药师虽然不满，但最终还是留尹志平一命，将其丢出店外。

全真七子在被误导后，以为周伯通被黄药师所杀，便带着全真弟子前去找黄药师报仇。期间几人要杀黄药师的消息被梅超风得知后，全真弟子来到牛家村与展开交战，就在梅超风不敌之时，黄药师随即加入，以一敌七。就在黄药师与全真七子对峙期间，欧阳锋在一旁进行偷袭，最后被梅超风所挡下，而梅超风这舍命挡下攻击也让黄药师原谅她，并决定重新收其为徒。

随着王重阳离世多年，江湖中的后起之辈对上一次的天下五绝排名并不满意，便再一次在华山进行比武，争夺武林第一的位置，黄药师在这次比武中使出落英神剑掌、奇门五转等多套武功下还是不能将郭靖击败，最后服输，承认郭靖的武功才是“天下第一”。黄药师在华山论剑后，亲自为郭靖黄蓉两人主持婚礼，几个月后给两人留下一封书信后便离岛而去。

蒙古大军入侵中原，将襄阳城包围之时，黄药师带着他的幼徒程英一起前往支援。战斗中黄药师通过自己的智慧和兵法带领宋兵征战蒙古军，期间还布下“二十八宿大阵”，最后击败蒙古敌军，保卫了宋朝，成为宋朝的抗敌英雄。

黄药师眼界极高，见识又广，上知天文，下通地理，又精于阴阳五行与八卦术数，他寓武功于艺术之中，又在艺术中从容地展现他的武功绝技。（小说家曹正文 评）

从江湖上人人忌禅的“大魔头”到万民称颂的抗敌老英雄，黄药师走完了其性格自我完善的“天路历程。（南开大学教授宁宗一 评）

黄药师是一位具有开创性的大师，更是一名顶级的化学家。（教授蒋志如 评）