康熙三十六年（1697）举一甲二名进士，授翰林院编修，馆阁文字，多出其手。

康熙三十八年（1699），科场案狱发生，严虞惇的儿子、侄子全都在该科获中，而主考官李蟠、姜宸英，全是严虞惇同科鼎甲，由于是同年好友，涉嫌舞弊。照当时街巷的街帖说，严虞惇“为人居间，过付贿银”，因此受到降级处分，革职闲居，家居数年。后数年，圣祖南巡，虞惇献诗十章，温旨召问，赐御书一幅。

康熙五十年（1712）严虞惇起用，升为大理寺寺丞。而后，出任四川乡试副考官。同年五月，以大理寺丞外任四川乡试副考官，不久，充任大理寺少卿。因为给内务府杀人移狱被诬者平反，降为大理寺副职。当时，碰到通仓盗米案，有人想借此案，泄私怨将无辜人加罪。严虞惇尽力坚持不可，制止了栽赃冤案。又坚持查清内务府杀人移狱事，严虞惇先上书大理寺少卿邰观，指出数种可疑状况，又出其不意执问案中人，旁敲侧击，令其吐露实情，此狱才得定案。严虞惇累迁任升为太仆寺少卿。以后外任，先后典试湖北、四川乡试，主持公允，人称为朝廷拔取了人才。