中央对台工作领导小组成员具有强烈的功能性，是以现行台海形势决定参加人选，例如2000年陈水扁当选，中共中央决定新增中央政治局委员、中央军委副主席张万年加入领导小组，同时熊光楷推荐解放军现役少将王在希出任国台办副主任。这是继杨尚昆任中央对台领导小组组长之后，第二次由军方出任对台系统的实际领导权，目的是加强军队在对台问题上发言权。再如2008年马英九当选，原本紧张的两岸关系大为缓和，同年6月，中共中央决定新增商务部长加入小组，显示两岸经贸交流将成为当前中共对台工作的主旋律之一。