该研究院下设有大陆研究所（第一研究所）、国际经济研究所（第二研究所）、台湾经济研究所（第三研究所）、能源与环境研究中心、经济展望中心等，主要以研究台湾经济、大陆经济与国际经济为主，同时在能源与环境经济、各种经济模型建立等方面颇具知名度。由于该院具有浓厚的官方背景，长期扮演国民党政权的主要智库角色。民进党执政之初，由于该研究院政治立场偏蓝，受到民进党当局的有意打压与排挤，官方委托案件与支持减少，财务一度出现困难。2002年，陈水扁当局任命国民党副主席萧万长出任中华经济研究院董事长，被认为是收编萧万长与有意“绿化”中华经济研究院的重要举措。此后，该院的官方委托项目增加，财务情况也有大的改善。 萧万长任董事长后，邀请陈添枝出任中华经济研究院院长。陈添枝是知名学者，同时兼任“蒋经国学术交流基金会”执行长、“经济部顾问”与陈水扁“总统府国策顾问”等职，其在学界、商界、政界关系广泛，尤其是与民进党关系日益亲近。萧万长于2003年6月出任“总统府经济顾问小组召集人”，陈添枝也以中华经济研究院院长身份成为其成员之一，共同协助陈水扁“拚经济”与“拚选举”。