1963年4月30日，中医研究院成立广安门医院，针灸研究所将广安门医院作为临床基地。

1964年4月，为开展对经络的研究，中宣部从中国医学科学院、北京医学院、北京中医学院抽调一批学术骨干组建了“经络研究所”（现东直门内针灸所所址），由中国医学科学院实验医学研究所副所长张锡钧教授兼任所长。

1979年，中医研究院针灸经络研究所恢复更名为“中医研究院针灸研究所”。

1981年8月，经中国科学技术协会批准，针灸研究所创办《中国针灸》杂志，随后代管《针刺研究》杂志。

1983年，世界卫生组织（WHO）确认中医研究院针灸研究所为该组织所属传统医学（针灸）合作中心。10月13日，原“中医研究院国际针灸班”更名为“中国北京国际针灸培训中心”。

1987年11月，针灸研究所承办世界针灸学会联合会成立大会暨第一届世界针灸学术大会。

1991年，在国家科委批准下，针灸研究所创办了《世界针灸杂志》。

1994年，国家中医药管理局批准针灸研究所筹建部局级重点实验室——国家经络研究中心。

2001年，针灸研究所“针灸学科”被批准为国家中医药管理局重点学科。

2003年，针灸研究所的“针灸机能研究室”被评为国家中医药管理局三级实验室。

2008年，针灸研究所“针灸基础理论创新与方法学研究室”成为国家中医药管理局首批重点研究室。

2011年，针灸研究所获得“973计划”项目资助，成为首席科学家单位。

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所有在职科研、医疗、教学、管理人员160人，其中正高27人、副高51人、中级51人、初级16人；有中国中医科学院首席研究员6人，科技部“973计划”项目首席科学家1人，国家中医药管理局重点学科带头人1人，中国中医科学院学科带头人5人。

国务院特殊津贴专家：喻晓春

人事部首批重点资助的优秀留学回国人员：朱兵

“国家百千万人才工程”国家级人选：荣培晶

国家有突出贡献中青年专家：荣培晶

国家中医药管理局重点学科带头人：朱兵

中国中医科学院学科带头人：景向红、荣培晶、喻晓春、赵京生、张维波

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所下设9个基础研究室（中心）、中国中医科学院针灸医院、北京国际针灸培训中心和期刊中心。拥有国家中医药管理局重点研究室1个、三级实验室3个、重点实验室1个，是中国针灸学会学科与学术工作委员会、科普工作委员会、经络分会、文献专业委员会、砭石与刮痧委员会以及针灸技术评估工作委员会等的挂靠单位。

国家中医药管理局重点研究室：针灸基础理论研究室

国家中医药管理局三级实验室：针灸研究所机能研究室、腧穴结构研究室、针灸医学工程研究室

所属基础研究室（中心）：经络研究中心腧穴结构研究室、针刺手法研究室、针灸标准化研究中心、针灸基础理论研究室、针灸机能研究室、针灸生化与分子生物学研究室、针灸循证医学中心、针灸医学工程研究室

根据2020年4月研究所官网显示，腧穴结构研究室配备有多台普通和荧光显微镜操作系统，激光共聚焦显微镜成像和分析系统（Olympus， FV1200， 日本），恒冷箱（Thermo， Microm International FSE， 德国）和平推冰冻切片机（Thermo， Microm International GmbH， 德国），脑立体定位仪和微量注射系统以及手术显微镜等形态学研究所使用的常规设备。针灸医学工程研究室配备实验设备和相关实验技术，包括小动物活体成像技术、激光多普勒和散斑血流成像技术、高光谱成像技术、红外热成像技术、组织灌注评估系统、生物流阻/组织液压测量系统等。

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所与许多国家建立了友好交往，接待了来自100多个国家和地区2万余名外宾的来访或到北京国际针灸培训中心学习，并派出专家教授上百人次赴30余个国家进行讲学、访问或医疗实践活动。

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所参与和主持的项目共有130余项成果分获国家级、省部级、学会和院级科技进步一、二、三等奖。

《针刺研究》创刊于1976年，是由国家中医药管理局主管、中国中医科学院针灸研究所与中国针灸学会联合主办的针灸学术杂志。开辟的主要栏目：机制探讨、临床研究、针刺麻醉、经络与腧穴、理论探讨、思路与方法、文献研究等。被中国国内三大核心数据库收录（中国科学引文数据库核心库、中国科技核心期刊、中文核心期刊），另外，还被美国国立医学图书馆包括MEDLINE在内的MEDLARS 数据库系统、美国化学文摘、波兰哥白尼文摘、世界卫生组织西太平洋地区医学索引、日本科学技术振兴集团数据库等国外数据库收录。

《中国针灸》杂志创刊于1981年，月刊，由中国科学技术协会主管，中国针灸学会、中国中医科学院针灸研究所主办；在国家中医药管理局举办的全国中医药优秀期刊历次评比中，均获一二等奖；多次获得中国科协精品科技期刊工程项目资助；近年来，连续被评为“中国精品科技期刊” “RCCSE中国权威学术期刊”“百种中国杰出学术期刊”“中国国际影响力优秀学术期刊”，并获“中文报刊海外发行最受海外读者欢迎TOP50”“中国期刊海外发行百强排行榜”“中国医药卫生最美期刊奖”等；被三大核心等数据库（中国科技期刊核心库、中文期刊核心库、中国科学引文数据库核心库、中国学术期刊综合评价数据库、中文生物医学期刊文献数据库、中国生物医学期刊引文数据库、中国中医药文献数据库等）收录，另被美国生物医学数据库《医学索引》（IM/MEDLINE）、《化学文摘》（CA），日本科学技术文献快递（JST），波兰《哥白尼索引》（IC），WHO西太区《医学索引》（WPRIM）等收录。

《世界针灸杂志》（World Journal of Acupuncture-Moxibustion，WJAM）由世界针灸学会联合会、中国中医科学院针灸研究所和中国针灸学会共同主办，为国家级期刊，已被中国科学引文数据库（CSCD）核心库和汤森路透的“新兴资源引文索引”（Emerging Sources Citation Index，ESCI）数据库收录，2018年起成为爱思唯尔集团的全流程合作期刊。

中国针灸博物馆创建于20世纪50年代，2003年改名为“中国针灸博物馆”，以收藏历代针灸铜人、铜人图经、明堂图为重点，兼收反映针灸学术发展的器物、文物图谱及古籍善本等。基本陈列分针灸文献、针灸图像、针灸器具三个专题。

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所设有学术学位二级学科硕士点2个、学术学位二级学科博士点2个，此外还设有2个博士后科研流动站。

学术学位二级学科硕士点：中西医结合基础、针灸学

学术学位二级学科博士点：中西医结合基础、针灸学

博士后科研流动站：中西医结合基础、针灸学

国家中医药管理局重点学科：针灸学

根据2020年4月研究所官网显示，中国中医科学院针灸研究所有14名硕士生导师及14名博士生导师。截至2017年12月，研究所培养博士研究生53人，硕士研究生177人。博士后出站7名。

截至2017年12月，中国中医科学院针灸研究所培养的研究生中8人获“国家奖学金”、10人获“优秀学位论文奖”、5人获优秀毕业生奖；2名导师分别荣获“岐黄中医药传承发展奖”和“岐黄中医药传承发展青年奖”，1名导师获“一方优秀导师奖”。

中国中医科学院针灸研究所形象标识由同心圆组成，外环外研究所中英文全称，内环为“A”字母（代表针灸的英文首字母）、象形“针标识”（代表针灸的针）及“Since 1951”（代表创立时间）构成。

朱琏精神：对党无限忠诚、对针灸事业一片痴心、心怀天下、服务大众

2021年9月18日，被文化和旅游部认定为第五批国家级非物质文化遗产代表性项目针灸（程氏针灸）保护单位。