1985年8月，为进一步加强边防工作，加强边防干部队伍专业化建设，提高办事效率，更好地服务于经济建设和对外开放基本国策，国家对边防体制进行改善和调整：①将全国的边防检查、边境管理、机场安全检查和民航班机乘警业务从武警总部划出，归公安部边防局管理。边防局由公安部党组直接领导，由武警总部代供。各边境省（自治区）公安厅均按照此原则调整和加强省、地、县各级公安部门的边防机构。内地省（自治区、直辖市）的安全检查机构、航空乘警和边防检查机构由省（自治区、直辖市）公安厅（局）领导，由武警总队代供。②公安部边防局按照分级管理、分级指挥的原则，负责国家和地方口岸的出境入境检查与管理、边境管理、边防会谈会晤、边防涉外事务以及机场安全检查和民航班机乘警等项工作。③边防派出所划归县（旗、市）公安局领导，为公安局的派出机构。④武警总部司令部设边防处，负责指挥一线边防部队和海巡大队的巡逻、警戒等执勤任务。水面船艇学校由武警总部领导。直属特警大队的管理训练由武警总部负责。

1990年，公安部成立现役办公室，武警边防部队划归公安部统一领导管理。公安边防部队实行统一领导与条块结合、以条为主的体制。在部队管理建设上，贯彻执行中国人民解放军条令条例，坚持从严治警，按照革命化、专业化、正规化要求和公安机关特点进行管理和建设。公安部设立边防管理局，设领导机关；在有公安边防任务的省（自治区、直辖市）建立了公安边防总队（边防局），地、县两级设立公安边防支队（边防分局）和公安边防大队（边防科），形成了三级领导管理体制；在国家开放口岸设立边防检查站，在地方口岸设立边防工作站，在边境前沿乡镇设立边防派出所，在沿海省（自治区、直辖市）建立公安边防海上巡逻支队。随着国家改革开放的不断深入，出境入境的人员、交通运输工具不断增多，跨境犯罪和国际恐怖活动日益加剧，武警边防部队的任务越来越繁重。武警边防部队将适应形势任务需求，继续实施科技强警战略，全面加强自身建设，不断提高遂行任务能力。

1994年1月，重要城市边防检查站升格为副师级建制，改称边防检查总站。

1998年1月1日，根据《国务院关于北京等九城市实行边防检查职业化改革试点方案的批复》（国函〔1997〕76号），北京、上海、天津、海口、深圳、珠海、厦门、汕头、广州的边防检查工作改编为职业制人民警察，分别设立副厅级的边防检查总站，归公安部出入境管理局垂直领导。

2001年4月，中组部、中央政法委、公安部党委联合下发《关于改进公安武警边防部队领导管理体制的通知》，依据形势任务发展变化和加强部队建设需要，将公安武警边防部队领导管理体制，由过去的“分级管理，分级指挥”调整为“统一领导管理与分级指挥相结合”，加大了集中统一领导管理力度，进一步明确了对部队建设、边防工作的领导职责。

2018年3月，中共中央印发了《深化党和国家机构改革方案》，公安边防部队不再列武警部队序列，全部退出现役。公安边防部队转到地方后，成建制划归公安机关，并结合新组建国家移民管理局进行适当调整整合。现役编制全部转为人民警察编制。

基本任务是：执行国（边）界武装警戒，维护边境地区的治安秩序，保护国界安全；对边民往来和渔船、民事实施边防治安管理；在国家口岸和地方出境入境口岸对过境人员、交通工具实施边防检查和监护；防范打击偷渡、走私、贩枪、贩毒和恐怖等跨境犯罪；开展涉外边防合作。