1949年11月1日，中央人民政府人民革命军事委员会成立，中共中央军委卫生部改归中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部建制，成为中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部卫生部，业务工作仍由卫生部直接向中央人民政府人民革命军事委员会请示报告，形成双重隶属关系。1952年10月1日，中央人民政府人民革命军事委员会明确卫生部的所有关系归中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部，正式启用中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部卫生部印章。

1954年10月11日，总参谋部发出关于军委总部更改名称的通知，中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部改称中国人民解放军总后方勤务部。卫生部遂改称中国人民解放军总后方勤务部卫生部。1960年10月1日，根据总参谋部1960年4月19日《关于修改某些机构、职务名称事的通知》，中国人民解放军总后方勤务部改称中国人民解放军总后勤部，即日起启用新印章。卫生部遂改称中国人民解放军总后勤部卫生部。