1969年11月16日，重庆军分区改为重庆警备区。

1983年5月又改为重庆军分区，隶属四川省军区。

1997年3月重庆恢复为中央直辖市后，重新组建的重庆警备区于1997年7月成立，林尊龙任司令员，陈开礼、王志学先后任政治委员。时辖万县、涪陵、黔江军分区及42个区（县、市）人民武装部等。

1998年8月，万县、黔江军分区改称万州区、黔江区军事部；撤销涪陵军分区，将原涪陵市枳城区、李渡区人民武装部合编为涪陵区人民武装部（副师级）；将渝中区等10个区的人民武装部扩建为副师级人民武装部。

1999年7月开始组建陆军预备役部队。

至2000年底，辖万州区、黔江区军事部，涪陵、渝中、大渡口、江北、沙坪坝、九龙坡、南岸、北碚、万盛、渝北、巴南等副师级人民武装部，31个区（县、市）人民武装部和预备役部队等。