1991年7月17日，中国免疫学会完成社团登记，正式具备了社团法人资格。

1992年3月14日，中国免疫学会一届第三次常务理事会在北京医科大学图书馆举行。决定将“命名委员会”更名为“免疫学名词审定委员会”。

1996年9月，中国免疫学会加入周培源基金会。

1998年7月21日，中国免疫学会第三届会员代表大会在甘肃兰州召开。实到正式代表177名。会议经无记名投票选举出新一届理事会理事67名。通过了第二届理事会工作报告及学会章程等相关文件。随后，召开了中国免疫学会第三届理事会第一次全体会议，以无记名投票选举出了19名常务理事和新一届领导班子，通过并宣读了名誉理事名单。

2002年12月6日，中国免疫学会第四届会员代表大会在河北省石家庄市召开。实到138人，经全体代表无记名投票选举，选出该届理事76名。审议并通过了中国免疫学会章程及相关条例。随后，中国免疫学会第四届第一次理事会议召开。经新当选的理事投票选举，选出21名常务理事及新一届领导班子。

2006年11月3日，中国免疫学会第五届会员代表大会在江苏省镇江市召开。大会实到135人，通过无记名投票，选举产生了中国免疫学会第五届理事会理事83人，并通过了学会章程报告。随后，中国免疫学会第五届一次全体理事会议召开。经到会理事无记名投票，选举产生了中国免疫学会第五届常务理事，共21人。理事长、副理事长、秘书长，共7人。

2010年12月18日，广西壮族自治区免疫学会第一次会员代表大会于在广西医科大学召开。共有85人会员代表参加了会议。经民主选举产生了第一届理事会，赵永祥担任理事长。

2010年10月23日，中国免疫学会第六次全国会员代表大会在北京召开。全国各省市免疫学会推荐的163名会员，代表中国免疫学会3657名会员参加了大会。与会的全体会员代表通过无记名投票的方式，选举产生了中国免疫学会第六届理事会。新一届理事会由108理事组成，其中常务理事32人。曹雪涛院士任第六届理事会理事长，沈倍奋院士、马大龙教授、龚非力教授、田志刚教授、何维教授任副理事长，秘书长由何维教授兼任。

2014年10月18日，中国免疫学会第七次全国会员代表大会在济南市召开。194名全国会员代表参加了该次会议。通过了《中国免疫学会章程（修订稿）》。选举产生了107名理事，35名常务理事。田志刚教授当选为理事长，曹雪涛院士当选为秘书长。

2016年11月28日，中国科协科技社团党委正式批复同意中国免疫学会成立党委及组成人选。中国免疫学会党委正式成立。

2017年10月26日，中国免疫学会第七届四次理事会在天津召开。审议了关于调整第七次全国会员代表大会换届时间的议案。同日召开了第七届七次常务理事会会议，讨论了中国免疫学会建会30周年庆典方案。

2023年11月30日，民政部发布2023年全国性社会组织评估等级公告，该单位被评为4A级全国性社会团体。

中国免疫学会的最高权力机构是会员代表大会，其职权是：

（一）决定该会的工作方针和任务；

（二）审议理事会的工作报告和财务报告；

（三）制定和修改章程；

（四）选举和罢免理事、监事；

（五）制定和修改会费标准；

（六）通过各项提案；

（七）决定终止事宜；

（八）决定其他重大事宜。

会员代表大会须有三分之二以上的会员代表出席方能召开，其决议须经到会会员代表半数以上表决通过方能生效。制定和修改章程，须经到会会员代表三分之二以上表决通过，不得以鼓掌方式进行表决。

会员代表大会每届4年，每4年召开一次。因特殊情况需提前或延期换届的，须经理事会表决通过，经业务主管单位审核同意后，报登记管理机关批准。延期换届最长不超过1年。

理事会是会员代表大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导该会开展日常工作，对会员代表大会负责。

理事会的职权是：

（一）执行会员代表大会的决议；

（二）选举、罢免副理事长、理事长，聘任、解聘秘书长；

（三）筹备召开会员代表大会；

（四）向会员代表大会报告工作和财务审计报告；

（五）决定会员的吸收和除名；

（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和终止；

（七）决定学会副秘书长、各机构主要负责人的聘任；

（八）领导该会各机构开展工作；

（九）讨论制定该会活动计划、内部管理制度、决定举办学术活动；

（十）讨论决定其他重大事项。

理事会须有三分之二以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事三分之二以上表决通过方能生效。

理事会每年至少召开1次会议；情况特殊的，可采用通讯形式召开。

该团体设立常务理事会。常务理事会由理事会选举产生，人数不超过理事人数的三分之一，在理事会闭会期间行使第十八条一、三、五、六、七、八、九项的职权，对理事会负责。

常务理事会须有三分之二以上常务理事出席方能召开，其决议须经到会常务理事三分之二以上表决通过方能生效。常务理事会至少每半年召开1次会议，特殊情况可采取通讯形式召开。

该团体设立监事会，监事任期与理事任期相同，期满可以连任。监事会由3-9名监事组成。监事会设监事长1名，副监事长1名，由监事会推举产生。监事长和副监事长年龄不超过70周岁，连任不超过2届。

该团体的负责人、理事、常务理事和该会的财务管理人员不得兼任监事。

监事会的职权是：

（一）列席理事会、常务理事会会议，并对决议事项提出质询或建议；

（二）对理事、常务理事、负责人执行该会职务的行为进行监督，对严重违反该会章程或者会员代表大会决议的人员提出罢免建议；

（三）检查该会的财务报告，向会员代表大会报告监事会的工作和提出提案；

（四）对负责人、理事、常务理事、财务管理人员损害该会利益的行为，要求其及时予以纠正；

（五）向业务主管单位、行业管理部门、登记管理机关以及税务、会计主管部门反映该会工作中存在的问题；

（六）决定其他应由监事会审议的事项。

监事会每6个月至少召开1次会议。监事会会议须有三分之二以上监事出席方能召开，其决议须经到会监事二分之一以上通过方为有效。

监事应当遵守有关法律法规和该会章程，忠实、勤勉履行职责。

监事会可以对该会开展活动情况进行调查；必要时，可以聘请会计师事务所等协助其工作。监事会行使职权所必需的费用，由该会承担。

据2023年9月中国免疫学会官网显示，学会下属专业分会11个，工作委员会6个。

该会会员种类包括个人会员和单位会员。个人会员包括普通会员、高级会员、学生会员、外籍会员。

各类会员条件：

凡承认该会章程，有加入该会的意愿，并符合下列会员条件之一者，均可自愿申请为该会会员。

（一）普通会员：在临床研究、教育科研及药厂等部门从事免疫学工作并具备下列条件之一者：

1. 具有初级或中级职称，从事免疫学相关学科的科技和教学工作者；

2. 从事免疫学相关学科研究工作的博士后；

3. 具有高等院校本科或专科毕业学历，在免疫学领域工作三年以上的人员。

（二）高级会员：

1. 具有副高以上职称，从事免疫学相关工作者；

2. 从事免疫学相关学科管理工作的领导干部。

（三）学生会员：未参加过工作的没有职称的高等院校、科研院所免疫学相关专业的大学生、硕士生、博士生。

（四）外籍会员：凡在学术上有较高成绩，对中国友好，并愿意与该会交流和合作的外籍专家、学者，经该会理事会或常务理事会讨论通过并报业务主管单位备案后可吸收为外籍会员。外籍会员可优惠获得学会出版的学术刊物和有关资料，可应邀参加该会在国内主办的学术会议并获得相关的其他服务。

该章程以下规定不含外籍会员。

（五）单位会员：与该会专业范围有关的科研、教学、生产等企事业单位及有关学术性团体。

（一）提交入会申请书；

（二）经理事会或常务理事会讨论通过；

（三）由理事会或理事会授权的机构发给会员证。

（一）有选举权、被选举权和表决权；

（二）对学会工作有批评建议权和监督权；

（三）优先参加该会的有关活动；

（四）优惠取得学会有关学术资料；

（五）优先参加该会举办的评选优秀论文和奖励活动、访问、考察活动及国际交流活动；优先在该会主办的期刊上发表稿件，参加该会举办的培训教育及学术会议，可优先减少收费；

（六）入会自愿、退会自由。

（一）遵守该会章程；

（二）执行该会决议；

（三）维护该会合法权益；

（四）完成该会委托的工作；

（五）积极参加该会组织的各项活动；

（六）按时缴纳会费；

（七）遵守国家有关的科学技术保密制度。

（一）会员退会应书面通知该会，并交回会员证；

（二）会员不按规定缴纳会费视为自动退会。

会员如有严重违反该会章程的行为，经理事会或常务理事会表决通过，予以除名。

（一）开展免疫学学术交流，活跃学术思想，促进学科发展；

（二）依照有关规定编辑、出版、发行免疫学科技刊物，音像制品；

（三）依照《中华人民共和国科学技术普及法》，弘扬科学精神，普及免疫学科学技术知识，传播科学思想和科学方法；

（四）举荐科学技术人才，按照规定经批准，表彰奖励优秀科学技术工作者；

（五）积极开展国际间的学术交流，加强同国外免疫学学术团体和科技工作者的联系和交往；

（六）推动建立和完善科学研究诚信监督机制，促进科学道德建设和学风建设；

（七）有序承接政府转移职能，对国家经济建设中涉及免疫科技的重大决策开展科学论证、科技咨询、提出政策建议；接受委托承担项目评估、成果鉴定，参与技术标准制定、专业技术资格评审和认证等任务；

（八）开展继续教育和培训工作；

（九）开发和推广医药卫生和医学免疫科学技术成果，提供技术咨询和服务；

（十）反映该学科科技工作者的意见和诉求，维护科技工作者的合法权益；

（十一）举办为会员服务的其他事业和活动。

业务范围中属于法律法规规章规定须经批准的事项，依法经批准后开展。

（一）会费；

（二）捐赠；

（三）政府和社会资助；

（四）在核准的业务范围内开展活动和提供服务的收入；

（五）利息；

（六）其他合法收入。

2022年5月，中国免疫学会被评为“优秀抗疫学会”并授予奖牌。

2021年12月3日，中国免疫学会入选中国特色创新学会拟支持学会名单。

中国免疫学会学术奖是由中国免疫学会于2008年设立，该奖项是为了表彰在免疫学相关研究领域中做出突出贡献的专家，分别为终身成就奖、杰出学者奖、青年学者奖。

中国免疫学会每年召开“全国免疫学学术大会”、及举办不同针对性的继续教育活动，吸引和团结广大免疫学领域科技工作者，会员规模近万人，是全球第一大免疫学会。在国际合作与交流方面，不断打造中德、中美、中英、中日韩高层论坛，成功主办了国际免疫学会联合会（IUIS）官方大会，积极打造“一带一路”动物疫病联合防治研究中心，在IUIS持续担任执委职务，负责亚洲-大洋洲免疫学联盟（FIMSA）秘书处工作。

中国免疫学会的宗旨是认真贯彻党的基本路线，以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为行动指南，充分发扬民主，倡导献身、创新、求实、协作的科学精神。

1994年12月26日，在北京召开的中国免疫学会第二届二次常务理事扩大会议中，通过了中国免疫学会会徽。会徽由学会中文名字“中国免疫学会”和大写英文名字“CHINESE SOCIETY FOR IMMUNOLOGY”形成一个外围圆环。