中国小鲵是一个距今3亿年的古老物种，与恐龙处于同一发展时代。1889年，一名外国人Günther最早在湖北宜昌发现它，定名为“中国小鲵”，堪称珍贵的“生物活化石”，被誉为研究古生物进化史的“金钥匙”。

中国小鲵是Günther于1889年以湖北省宜昌市2号标本而命名的，此后100多年间再未发现新的标本，直到2005年王熙等在模式标本产地发现该物种的新标本，通过对新标本的形态特征的再描述；指出Günther于1889年所描述的2号标本为中国小鲵的亚成体。在这116年间（截至2005年），关于中国小鲵及其同物异名的报道较多。Pope记载了福建武夷山小鲵为中国小鲵，曾晓茂等和蔡春抹等依据此观点，对其核型和胚胎发育进行了相关研究；费梁等根据武夷山的卵袋标本特征预测其可能为一个新种，但由于尚未发现成体，其分类地位难确定，故在《中国动物志·两栖纲（上卷）》中暂保留为中国小鲵；同时，Chang和Boring等认为浙江温岭的小鲵也应为中国小鲵；此后蔡春抹将义乌的小鲵描述为新种——义乌小鲵，并将浙江所有的小鲵归为义乌小鲵，但赵尔宓等认为义乌小鲵应是中国小鲵的同物异名；而顾辉清将浙江安吉的小鲵描述为新种——安吉小鲵。Fu等根据地理分布模式和明显的形态特征的不同将宜昌地区的小鲵订为中国小鲵，而东南部种群订为义乌小鲵。