1964年11月4日，民航总局以政干字第549号文件转发空军首长命令，批准高级航校469名尉级军官退出现役。11月15日，学校以（64）政干字第21号文转发民航总局，首先命令，批准学校132名军士退出现役；1965年7月10日，民航总局政治部以（65）政干字第307号转发国防部长命令，批准41名校级军官退出现役，至此，全学校现役军人全部退出现役，12月22日，民航高级航校第四团正式成立，12月24日，学校司、政、后（66）司人字第19号文件联合发出通知，决定将第三团第六飞行大队调往四团组建第七飞行大队；三团机务大队二中队及三中队部分人员调往四团组建四团机务中队。

在此期间，“十年动乱”开始，分院正常的教学、工作、生活秩序被打乱，飞行训练被迫中断，教育质量明显下降，分院建设遭到很大破坏。

4.重新列入军队序列时期

1969年10月31日，民航总局党委就进一步改革民航体制和制度向军委办事组并转呈毛主席、党中央、国务院写了请示报告，鉴于民航具有管理飞行的特点，需要高度的集中，统一的指挥，严密的纪律，很有必要把民航作为空军的运输航空兵来建设。11月20日，国务院、中央军委向各省、市、自治区、各总部、各大军区、海军、空军转发了由毛主席亲自批准的《民航总局党委关于进一步改革民航体制和制度的请示报告》。1971年5月14日，空军司令部（71）司军字第111号文件通知，民航高级航校改名为“中国人民解放军第十四航空学校”，分院更名为“中国人民解放军第十四航空学校第三训练团”，部队代号为：“空字137部队”。

6月29日，三团的新番号、代号、印章从1971年7月1日起正式启用。原代号、证件一律停止使用。

1972年2月28日，根据民航总局批示并参照空军轰炸机航校编制，学校司令部就十四航校编制以（72）司军字第03号文件上报民航总局。按照新编制，学校继续保留四个训练团。

1973年4月2日，成指司令部遵照空军司令部（73）司通字第58号文件“关于调整部队代号的通知”精神，将三团代号改为空字584部队。从6月1日开始启用。原代号作废。

5.分院体制的第三次改变

1980年5月17日，国务院、中央军委以国发（1980）127号文件通知民航总局，民航从1980年3月15日起不再由空军代管，成为国务院的直属局。通知明确指出，民航总局是国家管理民航事业的行政机构，统一管理全国民航的机构、人员和业务，逐步实现企业化的管理，民航的方针、政策、规定等重大问题，由民航总局拟定，报国务院审批。民航飞行学校列入大专院校序列。10月11日，教育部以（80）教计字第383号文通知，学校正式更名为“中国民用航空飞行专科学校”，第三训练团改为“中国民用航空飞行专科学校第三分校”。

民航实行义务工役制以来，因受服役年限的限制，影响技术骨干的稳定和劳动生产率的提高，义务工役制与固定工制并行，存在不少矛盾。鉴于以上情况，国务院、中央军委批转了民航总局、国家劳动总局关于改革民航义务工役制的请示，从1980年起，民航不再补充义务工。

为了在大批义务工退出现役以后，能保证飞行训练以及各项工作的正常进行，搞好技术衔接，学校根据民航总局（80）民航第23号文通知，学校及几个分校于1980年6月、11月分两批招收固定工。1981年3月、11月分两批改工，其余部分义务工分三批退役。至此，完成了学校及分校劳动制度的重大改革。

1981年6月30日，民航总局（81）民航计劳字第147号文件印发民航飞行专科学校组织系统表（试行），从此，学校由历来的司、政、后三大部变为一部一室七处和纪、工、团，辖四个分校。

1981年秋季，学校首次参加全国高考招生，招收了第一批（27期）大专班学生、三分校也担负着大专班学生的飞行训练任务。它标志着学校正式由中专过渡为大专。

为了使飞行教学真正达到大专水平，分院始终把教育训练放在分院全盘工作的中心任务来抓。经过几年不断探索和总结，教学制度比较健全，教学大纲、教材等已基本定型，教学工作逐步走上了正规，从根本上改变了多年来存在的“教材一期一变”的混乱现象，保证了训练计划在实施过程中的稳定性和严肃性，促进了教学质量的提高。从已毕业的三期大专班飞行学生情况看，飞行基本驾驶术掌握得比较扎实，教学质量有明显提高，受到了接收单位的普遍好评。

1986年12月，学校提出了更改学校校名，实行本科、专科分层次办学的申请。提高办学层次，将飞机驾驶专业从现行的三年制专科改为四年本科，加强学生的基础理论和驾驶技术基本功训练，已是大势所趋，势在必行。1987年12月15日，国家教委批准了学校由专科学校升格为本科学院，校名由“中国民用航空飞行专科学校”改为“中国民用航空飞行学院”。三分校由“中国民用航空飞行专科学校第三分校”改为“中国民用航空飞行学院第三分院”。　

6.分院体制的第四次改变

学院为了在现有基础上形成更大的训练能力，除增加训练飞机和配套的训练装备、设施外，根据训练机型的特点和机场、天气条件，对训练布局做了进一步的调整，确定在川外建设一所分院。在民航局领导和地方政府的大力支持下，学院派出得力干部，克服重重困难，几经周折，在河南洛阳市抓紧建设，并以原三分院与原民航洛阳航空站合并，组建了院站合一的洛阳分院。1993年11月，投资1.2亿元的洛阳分院建成并于当月23日正式开飞。从此，洛阳分院既担负着飞行教学训练，又保证航空运输生产的双重任务。建院至今，飞院洛阳分院已累计完成飞行教学训练37余万小时，安全起降160余万架次，为国家培养了3600多名飞行人才，是全国民航安全飞行的红旗单位之一。目前，分院正向着实现第42个飞行安全年的目标迈进。在航空运输生产方面，航站开航至今，已开通了洛阳至北京、广州、成都、上海、深圳等多条航线，保障航班飞行1.7万余架次，运送旅客85万人次，运送货物1.1万吨，为民航和洛阳经济的发展做出了积极贡献。

中国民用航空飞行学院洛阳分院，现有教职工500多人，其中飞行教师100余人，执管66架初教机、10架中教机、2架高教机，全年可完成7万余小时的训练任务，年培养飞行员600名左右。分院成立以来，已累计完成飞行教学训练超过143万小时，起降超300万架次，有1.4万余名中国和外国的民航飞行人员在分院毕业或学习过。2023年8月28日，分院实现自建院以来的第60个安全飞行年，再次刷新世界通航业界作为独立运行机构最好的安全运行纪录。分院先后被中华全国总工会、国家安监局、国家民航局等各级组织授予“全国模范职工之家”“全国厂务公开先进单位”“全国工人先锋号”“全国青年安全生产示范岗”“全国民航安全飞行先进单位”“全国民航先进集体”“民航先进基层党组织”等称号。

分院执管的洛阳北郊机场是中原经济区建设重要航空港、国家一类航空口岸，飞行区等级为4D级。机场在分院管理下，训练飞行和航班飞行同场安全顺利运行，机场利用率居于全国民航前列。2018年旅客吞吐量达131万人次。2018年机场冬春季每周航班起降200余架次，通航城市包括大阪、曼谷等20余个。机场还多次出色完成党和国家领导人以及外国元首来洛、重大军事活动和军事飞行以及抢险救灾飞行等保障任务。