1998年，工程学院由鱼山校区迁至浮山校区；港口、海岸及近海工程博士点获批；机械设计及制造、工业自动化、港口航道及治河工程、建筑工程四个本科专业分别更名为机械设计制造及其自动化、自动化、港口航道与海岸工程、土木工程。

2000年，工程热物理、防灾减灾工程及防护工程硕士点获批。

2003年，水利工程博士后流动站获批；控制理论与控制工程、水力学与河流动力学、管理科学与工程硕士学位点获批。增设船舶与海洋工程、工业设计和工程管理三个本科专业。

2005年，水利工程一级学科硕士点获批；设立新的海洋工程系，下设港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程两个专业。

2006年，工程学院由浮山校区迁至崂山校区；水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程和机械电子工程硕士点获批；设立自动化系，下设自动化本科专业。

2007年，港口、海岸及近海工程获批国家重点学科（培育）。

2008年，山东省海洋工程重点实验室获批；自动化系更名为自动化及测控系；港口航道与海岸工程批准为国家级特色专业。

2011年，机械工程、控制科学与工程、土木工程一级学科硕士点获批。

2012年，港口航道与海岸工程、机械设计制造及其自动化两个专业入选教育部“卓越工程师教育培养计划”。

2015年，轮机工程本科专业开始招生

2017年，水利工程一级学科博士点获批；船舶与海洋工程一级学科硕士点获批；李华军教授当选中国工程院院士。

2022年，工程学院搬迁至中国海洋大学西海岸校区。

学院师资力量雄厚，现有中国工程院院士1名，“国家杰出青年科学基金”获得者3名，“国家自然科学基金优秀青年基金”2名，“教育部新世纪人才支撑计划”7名，山东省泰山学者攀登计划1名、特聘教授1名，“山东省杰出青年基金”获得者1名。山东省教学名师1人，山东省突出贡献中青年专家2人。教职工总数170余人，教授34人(含博士生导师19人)，副教授48人，工程/实验系列教师23人。在读博士、硕士研究生600余名，本科生1400余名。

学校逐年加大实验室建设投入，我院已建成4个教学实验中心，实验室面积达6000余平方米，办学实力明显提高，其中机电工程实验中心被山东省教育厅评为省级一类实验室，港口海岸及近海工程实验室、现代管理信息系统实验室被批准为省重点实验室；建设工程检测中心、海洋数据信息分析与处理实验室、工程结构振动实验室均已通过计量论证，在保证教学的同时，明显提高了为社会服务和为国民经济建设服务的能力。

学院现有本科生1158人，博士、硕士研究生220人。自1983年起招收本科生以来，学院已培养本专科毕业生2610人，培养硕士研究生210名，博士研究生31名，博士后5名。他们中有的已成为交通、海洋工程方面的高级专家，有的已成为企业和政府管理部门的骨干，为祖国的现代化建设做出了重要贡献。

学院设海洋工程系、机电工程系、土木工程系、自动化与测控系，拥有港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程、轮机工程、机械工程、土木工程、自动化、工业设计、工程管理八个本科专业；其中港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程入选首批国家级一流本科专业，机械工程、土木工程、自动化入选首批山东省一流本科专业。学院拥有水利工程一级学科博士学位授权点和博士后流动工作站，水利工程、船舶与海洋工程、土木工程、机械工程、控制科学与工程等五个一级学科学术硕士学位授权点以及土木水利、机械、能源动力、工程管理等专业硕士学位授权点。

学院遵循“以学生为本，以教学为中心”的教育准则，注重学生个性培养、实践能力培养和特长发挥，不断深化教学改革。近五年全院共完成教改项目18项，获各类教学成果奖23项，其中省级教学成果奖10项，发表教学研究论文27篇，主持编写教材14部，参编教材15部，建设省级精品课程2项，校级精品课程共有6项。近五年学院教师的科技创新能力明显增强，承担科研项目的层次和数量明显提升，在为国家培养了大批工程技术人才的同时，还取得了一批高水平的科研成果，完成了一批国家“863”课题、国家自然科学基金和国际合作以及横向委托等科研项目。先后获得国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步奖5项，获得专利30余项，出版专著5部，被SCI、EI收录的学术论文百余篇。学院坚持教学科研并重，及时将科研成果转化为优质教学资源，重点培养学生的创新精神和实践能力，收到了明显成效。近五年来，本科毕业生在学术期刊上发表学术论文30余篇，申报、获准专利10余项。我校学生在全国大学生电子设计竞赛、机械创新设计大赛等科技创新实践活动中取得了优异成绩，获得国际比赛三等奖1项，国家级比赛奖项15项，省级比赛奖项25项。通过科技创新活动，进一步培养了学生的创新意识、动手能力和团队精神。毕业生一次就业率连年保持在96%以上。

2021年6月，中国海洋大学工程学院自动化及测控系教工党支部被授予“山东省先进基层党组织”称号。