中国海监第六支队依照有关法律法规，负责福建海域的巡航监视、执法监察工作。

(一) 组织辖区内的巡航监视、执法监察工作；

(三) 负责所属海监船舶的安全工作；

(四) 管理海监船舶、岸基设备、监察设备和海监队伍的武器装备工作；

(五) 参与建设、管理海洋执法监察技术支持系统和福建海洋监视网；

(六) 按规定负责对支队海洋监察员进行年度考核；

(七) 根据分局委托权限实施海洋倾废管理工作；

(八) 按地方法规授权，依法实施海洋环境保护工作；

(九) 承办东海分局和东海总队交办的其他事项。