中国领导人开始关注严重的环境问题。1998年三月，国家环境保护总局正式升格为国务院直属机构，被认为反映出中国政府把环境保护放于更重要的位置。这几年中国强化环境保护法例，并在根治环境破坏上取得一些进展。1999年，中国在环境保护的投入占GDP的1%，预期以后亦会继续增加。中国亦计划于第十个五年计划期间减少一成排放。北京市更是将大量的金钱投资在污染控制上，以成功地办好2008年夏季奥运。

中国环境保护事业自20世纪70年代起步，不断取得新进展，经历了从无到有、从小到大、不断探索、逐步发展的过程，其历程可以大体分为三个阶段。

这一阶段，通过不断加强制度建设和开展重点地区污染治理，中国环境保护事业逐渐走上法制化轨道。

1973年8月，第一次全国环境保护会议在北京召开。1978年12月，中共中央批转了国务院环境保护领导小组第四次会议通过的《环境保护工作汇报要点》。1979年9月，《中华人民共和国环境保护法（试行）》颁布，第一次从法律上要求各部门和各级政府在制定国民经济和社会发展计划时必须统筹考虑环境保护，为实现环境和经济社会协调发展提供了法律保障。《中华人民共和国水污染防治法》（1984年5月）、《中华人民共和国大气污染防治法》（1987年9月）、《中华人民共和国草原法》（1985年6月）、《中华人民共和国水法》（1988年1月）等环保单项法律法规相继制定颁布。1989年12月，《中华人民共和国环境保护法》正式颁布实施。从此，环境保护法律开始成为中国环境保护工作的重要保障，成为中国社会主义法律体系的重要组成部分。1990年，国务院印发《关于进一步加强环境保护工作的决定》，强调严格执行环境保护法律法规，依法采取有效措施防治工业污染，全面落实环境保护目标责任制、城市环境综合整治定量考核制、排放污染物许可证制、污染集中控制、限期治理、环境影响评价制度、“三同时”制度、排污收费制度等八项环境管理制度，并把实行环境保护目标责任制摆在了突出位置。

这一阶段，中国环境保护国际合作领域取得显著进展。1984年，国务院环境保护委员会成立，环保参与国际合作的力度进一步加大。中国与30多个国家签署了环境合作协定，签署15个核安全与辐射环境合作协定，参加了亚太经合组织、亚欧会议、东北亚环境合作等区域环境合作会议和行动。1992年，中国环境与发展国际合作委员会（简称“国合会”）成立，环境保护参与国际合作的深度和广度进一步拓展。国合会成为利用国际智力资源为中国政府科学决策服务的国际合作平台，促进了中国与世界各国政府及国际组织在环境保护经验方面的“双向共享”。1992年6月，国务院总理李鹏应邀出席联合国环境与发展大会首脑会议并发表重要讲话。同年8月，中共中央、国务院批准了《中国环境与发展十大对策》，发布《中国21世纪议程——中国21世纪人口、资源与发展白皮书》。1993年3月，全国人大环境与资源保护委员会成立并提出“中国环境与资源保护法律体系框架”，中国环境资源立法进入一个新的阶段。

随着经济快速发展，中国环境保护制度、机构和措施不断发展完善，以环境保护是基本国策为核心的环境保护理论体系,以排污收费制度、“三同时”制度、环境影响评价制度为主体的环保制度和以《环境保护法》为基础的法制体系相继建立，为下一阶段大规模环境治理奠定了基础。

上世纪90年代初，中国进入第一轮重化工时代，城镇化进程加快，城市生活型污染加剧，环境污染的结构型、复合型和压缩型特征开始形成。伴随经济粗放式快速推进，工业污染和生态破坏总体呈加剧趋势，农业面源污染问题凸显，一些地区环境污染和生态破坏已经制约了经济社会可持续发展，甚至对公众健康构成威胁。

这一阶段是强化执法、全面治理污染和保护生态的重要时期。在1992年开始正式编制全国环境保护年度工作计划的基础上，从“九五”时期正式开始编制国家环境保护五年规划，将环境保护规划纳入国民经济和社会发展总体规划中。环境保护由单纯工业污染治理扩展到生活污染治理、生态保护、农村环境保护、核安全监管、突发环境事件应急等各个重要领域，并逐步参与到国民经济和社会发展的综合决策中。1998年4月，作为国务院直属机构的国家环保局升格为国家环保总局。同年6月，国家核安全局并入国家环境保护总局，内设机构为核安全与辐射环境管理司（国家核安全局），核与辐射安全监管成为环保部门重要职能。为了更好地协调有关部门共同推进环境保护，由国家环境保护总局牵头，分别建立了相关部际联席会议制度。2001年3月，全国生态环境建设部际联席会议第一次会议召开。7月，国家环保总局建立全国环境保护部际联席会议制度。2003年8月，经国务院批准，由国家环境保护总局牵头正式建立生物物种资源保护部际联席会议制度。

在这一阶段，国家提出污染防治抓重点流域区域，以重点带全面，推进全国环境保护工作的总体思路。1994年6月，国家环保局、水利部和沿淮的河南、安徽、江苏、山东四省共同颁布中国大江大河水污染预防的第一个规章制度——《关于淮河流域防止河道突发性污染事故的决定（试行）》。1995年8月，国务院颁布了中国历史上第一部流域性法规——《淮河流域水污染防治暂行条例》，明确了淮河流域水污染防治目标。在相关法律法规推动下，仅1996年，淮河全流域就有4000多家“十五小”企业被关闭。1996年开始实施的《中国跨世纪绿色工程规划》按照突出重点、技术经济可行和发挥综合效益的基本原则，对流域性水污染、区域性大气污染实施分期综合治理。到2010年，共实施项目1591个，投入资金1880亿元。先后确定了“九五”期间全国污染防治的重点地区，即“三河”（淮河、辽河、海河）、“三湖”（太湖、滇池、巢湖）、“两控区”（二氧化硫控制区和酸雨控制区）、“一市”（北京市）、“一海”（渤海），集中力量重点解决影响群众生活、危害身体健康、制约经济社会发展的环境问题。同时提出了“一控双达标”的环保工作新思路，即实施污染物排放总量控制，工业污染源排放污染物要达到国家或地方规定的标准；直辖市及省会城市、经济特区城市、沿海开放城市和重点旅游城市的环境空气、地面水环境质量，按功能分区分别达到国家规定的有关标准。

20世纪90年代，中国污染治理从以末端治理为主向关注污染源头治理转变，清洁生产和循环经济得到快速发展。1997年国家环保局发布了《关于推行清洁生产的若干意见》，要求各地环保部门将清洁生产纳入已有环境管理政策。2002年6月，第九届全国人大常委会第二十八次会议通过《清洁生产促进法》。此外，通过综合运用环保规划、推行ISO 14000环境管理体系认证、强化环境影响评价，逐步建立生产者责任延伸制度等手段，环境管理全过程控制不断得到完善和加强。

1998年11月，国务院印发《全国生态环境建设规划》，启动了一系列生态保护重大工程。1999年开展退耕还林、还草工程试点，优先在生态敏感、生态安全地位重要区域开展退耕还林。2000年国家投资千亿元的天然林保护工程全面启动，重点保护长江上游、黄河中上游和东北天然林资源。2000年12月，国务院办公厅印发《全国生态环境保护纲要》。2002年3月，国务院批复《全国生态环境保护“十五”计划》。2003年5月，国家环境保护总局发布《生态县、生态市、生态省建设指标（试行）》，进一步深化生态示范区建设。

21世纪初，中国部分流域水污染从局部河段向全流域蔓延，重大污染事件集中爆发，加强防范突发环境事件成为这一阶段环境保护的重要内容。2002年3月，国家环保总局开始组建环境应急与事故调查中心。面对日益增多的突发环境事件，国家制定和完善了一系列涉及重点流域敏感水域水环境、大气环境、危险化学品（废弃化学品）应急预案以及核与辐射应急方案等一系列相关环境应急预案。2005年，中国政府制定《国家突发环境事件应急预案》，对突发环境事件信息接收、报告、处理、统计分析，以及预警信息监控、信息发布等提出明确要求。

与此同时，中国环境保护投入迅速增加，环境保护投资占GDP比例不断提高。“九五”期间，中国环保投资是“八五”期间的2.7倍，达到3516.4亿元。1999年，环保投入占GDP比例首次突破1.0%。“十五”期间，环保投资占同期GDP比例1.19%。环保投资的增长，加快了城市环境基础设施建设，提高了城市污水和垃圾处理率。随着各级政府对污染防治工作重视程度的提高和环保投入不断增加，污染防治工作开始由工业领域逐渐转向城市，城市环境综合整治工作取得积极进展。

2005年以来，中国开始进入环境污染事故高发期，环境事件呈现频度高、地域广、影响大、涉及面宽的态势，环境污染损害人体健康问题日益突出，环境问题引发的群体性事件呈加速上升趋势。2005年至2009年，先后发生吉林松花江重大水污染、广东北江镉污染、江苏无锡太湖蓝藻暴发、云南阳宗海砷污染等一系列重大污染事件，对区域经济社会发展和公众生活造成严重影响，环境问题越来越成为重大社会问题。

2005年12月，国务院发布《关于落实科学发展观加强环境保护的决定》，确立了以人为本、环保为民的环保宗旨，成为指导中国经济社会与环境协调发展的纲领性文件。“十一五”规划纲要针对中国资源环境压力不断加大的形势，提出了建设资源节约型、环境友好型社会的战略任务和具体措施。2006年4月，国务院召开第六次全国环保大会，提出“从重经济增长轻环境保护转变为保护环境与经济增长并重，从环境保护滞后于经济发展转变为环境保护和经济发展同步推进，从主要用行政办法保护环境转变为综合运用法律、经济、技术和必要的行政办法解决环境问题”的“三个转变”的战略思想。从此中国环境保护进入了以保护环境优化经济发展的全新阶段。2007年10月，党的十七大把首次生态文明建设作为一项战略任务和全面建设小康社会新目标明确下来。2009年，中国环境宏观战略研究提出了积极探索中国环保新道路的重大理论和实践命题。2011年，国务院召开第七次全国环境保护大会，印发《关于加强环境保护重点工作的意见》和《国家环境保护“十二五”规划》，为推进环境保护事业科学发展奠定了坚实基础。

虽然某些城市的空气质素亦有改善，但据估计，每年因空气污染死亡的人数达35.8万人 。根据中国自行评估，在有记录空气质量资料的338个城市中，三分之二被认为受污染，而其中的三分之二被评为中等或严重污染。在中国，跟空气污染有关的呼吸及心脏疾病是排在前列的致死原因。全国三成地方会下酸雨。中国政府的环境规管被认为落后美国20年，落后欧洲20到30年。而因为汽车使用增加，烟霞问题亦日益恶化。

借鉴北京奥运会、上海世博会和广州亚运会空气质量保障的成功经验，推进珠三角区域环保合作，实施区域大气污染联防联控措施。大运会举办期间，主办地深圳空气污染指数小于30，空气质量为优，圆满完成了“绿色大运” 空气质量保障任务。

全国几乎所有的河流都被认为或多或少受污染了。全国一半人口没有清洁的用水。90%的城市水体被严重污染。缺水也是一个问题：例如华北的缺水问题严重威胁到经济上的可持续发展，也令政府开始大规模从长江引水到华北城市，包括北京和天津。

发生于十一月十三日的2005年吉林化工厂爆炸导致大量硝基苯流入松花江。由于致癌物质过多，整个三百八十万人口的哈尔滨市从该月二十一日到二十六日停止供水，但官员其实是在二十三日才承认停水是因为水源被严重污染。

2007年5月至6月，由于太湖沿岸严重的工农业和生活污染、生态系统结构恶化导致蓝藻暴发，江苏省无锡市近百万市民无法提取饮用水，经历着一场严重水危机。2010年2月9日中国政府发表的第一次污染普查报告指出农药与杀虫剂是水污染的重要来源。

水资源的相关事项由几个不同的政府部门负责：负责水污染的是国家环境保护总局；水资源本身是水利部的工作范围；下水道由建设部负责；而地下水是由国土资源部负责。

长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河和辽河七大水系总体为轻度污染。204条河流409个地表水国控监测断面中，Ⅰ-Ⅲ类、IV-V类和劣V类水质的断面比例分别为59.9%、23.7%和16.4%。主要污染指标为高锰酸盐指数、五日生化需氧量和氨氮。其中，长江、珠江水质良好，松花江、淮河为轻度污染，黄河、辽河为中度污染，海河为重度污染。

长江水系 水质总体良好。105个国控监测断面中，Ⅰ-Ⅲ类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为88.6%、6.6%、1.0%和3.8%。

黄河水系 总体为中度污染。44个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为68.2%、4.5%、6.8%和20.5%。主要污染指标为五日生化需氧量、石油类和氨氮。

珠江水系 水质总体良好。33个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为84.9%、12.1%、1.0%和3.0%。

松花江水系 总体为轻度污染。42个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为47.6%、35.7%、4.8%和11.9%。主要污染指标为高锰酸盐指数、氨氮和五日生化需氧量。

淮河水系 总体为轻度污染。86个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为41.9%、32.5%、9.3%和16.3%。

海河水系 总体为重度污染。62个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为37.1%、11.3%、11.3%和40.3%。主要污染指标为高锰酸盐指数、五日生化需氧量和氨氮。

辽河水系 总体为中度污染。37个国控监测断面中，I-III类、IV类、V类和劣V类水质断面比例分别为40.5%、16.3%、18.9%和24.3%。主要污染指标氨氮、高锰酸盐指数和石油类。

西南诸河 水质总体良好。17个国控监测断面中，I-III类和劣V类水质断面比例分别为88.2%和11.8%。与2009年相比，水质无明显变化。

西北诸河 水质总体为优。28个国控监测断面中，I-III类、V类和劣V类水质断面比例分别为92.8%、3.6%和3.6%。与2009年相比，水质明显好转。

三峡库区 水质总体为优。库区6个国控断面中，2个断面水质为I类，其余均为II类。

南水北调东线工程沿线 总体为轻度污染。10个国控监测断面中，I-III类、IV类和劣V类水质的断面比例分别为60.0%、30.0%和10.0%。主要污染指标为高锰酸盐指数、五日生化需氧量和石油类。与2009年相比，水质有所好转。

化学肥料的过量使用已经导致中国土壤严重酸化。中国农业土壤40%遭侵蚀，如不改善，会让中国发生粮食危机。导致农业土壤质量退化的主要原因是氮肥使用过度，其余原因包括工业污染，重型机械杀伤。

截至2011年，中国在役核设施安全运行，在建核设施质量得到有效控制。运行核电厂、研究堆、核燃料循环设施、放射性废物贮存、处理和处置设施以及放射性物品运输活动均未发生二级及二级以上的安全事件或事故，运行和在建核设施的事件、不符合项得到了及时处理。

全国核设施和核技术利用项目数量不断增加，辐射环境质量总体良好。环境电离辐射水平保持稳定，核设施、核技术利用项目周围环境电离辐射水平总体未见明显变化；环境电磁辐射水平总体情况较好，电磁辐射设施周围环境电磁辐射水平总体未见明显变化。

中国积极参与有关气候变化的对话以及其他多边环境谈判，亦表示认真面对环境问题的挑战，又推动发达国家加大协助发展中国家的力度。 中国签署了管制运送与弃置有毒废料的《巴塞尔公约》、《蒙特利尔议定书》以及《濒临绝种野生动植物国际贸易公约》等。中国也签署了《京都议定书》，虽然在现行条文下中国无需减少排放。

对于工业污染，穷人受害最深，而这几年污染问题已严重到引发骚乱。工厂发展及建设过程不民主及贪污是问题原因之一。 2007年，厦门民众因担忧政府拟建的对二甲苯（PX）化工厂可能带来严重环境影响，于6月1日及2日上街示威；当地政府后来决定缓建。

2014年6月4日上午环保部在国新办发布《2013中国环境状况报告》，数据显示，2013年，京津冀、长三角、珠三角等重点区域及直辖市、省会城市和计划单列市共74个城市按照新标准开展检测，结果显示，74个城市中仅海口、舟山和拉萨3个城市空气质量达标，空气相对较差的10个城市有7个在河北。