中国畜牧兽医学会动物微生态学分会经由何明清、甘孟侯、杜念兴等教授专家60余人发起，并经中国畜牧兽医学会于1992年7月15日在京常务理事扩大会讨论通过批准成立，并于1992年11月2日在四川省雅安市四川农业大学正式成立并召开第一届第一次会员代表大会和学术讨论会,分会挂靠单位四川农业大学，何明清教授当选为第一届理事长。

开展国内外学术交流，提高动物微生态学的科学研究水平，促进动物微生态学学科和中国畜牧兽医事业、绿色生态养殖和安全食品进一步发展；为弘扬科学精神，普及科学技术知识，传播科学思想和科学方法，推广先进技术；编辑、出版、发行科技书籍报刊及相关音像制品；反映会员和科技工作者的意见和要求，维护其合法权益；举荐人才，表彰、奖励在科技活动中取得优秀成绩的会员和科技工作者。