1645年，教皇英诺森十世发布通谕，禁止中国教徒参加在孔庙举行的祭孔和在祠堂、家中举行的祭祖礼仪，不准摆设牌位，但允许在死者的灵柩和祭台上放牌位、鲜花、点香燃烛。1656年3月23日，教皇亚力山大七世又发布通谕，指出尊孔“似乎是单纯的社会与政治的意义”，允许教友参加。这样罗马教廷在1645年和1656年先后发布的内容相悖的通谕，分别成为多明我会方济各会与耶稣会各执一词，互不相让的依据。礼仪之争愈演愈烈。

1704年11月20日，教皇克勒门十一世发布严厉的祭祖祭孔禁约，1721年1月18日才翻译为中文呈康熙帝御览。康熙大怒，朱批“以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”并指出：“指孔子道理为异端殊属悖理，且中国称天为上帝，大小之人皆一样称呼，并无别说。尔西洋呼天主为陡斯乃意达理亚国之言，别国称呼又异。”直至雍正登基后，实行全面禁教政策，1724年，雍正批准礼部发布禁教令通谕各省：着国人信教者应弃教，否则处极刑；各省西教士限半年内离境，前往澳门。全国教堂300座均被没收，改为谷仓、关帝庙、天后宫或书院。

鸦片战争之后，中国的大门被列强的枪炮打开，西方传教士又蜂拥而至，纷纷在中国建立教堂，充当了列强占领中国的“精神鸦片”，“礼仪之争”演化为一件件血腥的“教案”。在孔子故里出现了当地缙绅和百姓反抗外国传教士的“巨野教案”、“兖州教案”等，然而由于国家羸弱，清政府屈膝求和，都以中国人的失败而告终。“巨野教案”、“兖州教案”等一系列“教案”成为中国人心中永远的疼。

1887年前后，在山东巨野，传教士及其教徒肆无忌惮，横行乡里，敲诈勒索，作恶多端，清朝官吏畏之如虎，敬若上帝，百般袒护。百姓们饮恨吞声，积怨痛恨。11月1日夜，阴云密布。十多个手拿匕首、短刀的人，闯进磨盘张庄教堂，杀死了德国神甫能方济和韩理迦略。能、韩二人原本分别在阳谷和郓城一带传教，因去兖州天主教总堂参加”诸胜瞻礼”，路此天晚而宿。张庄教堂神甫薛田资，主让客先，安顿能，韩二人成了替死鬼。薛田资听到动静后发现情况不妙，仓惶逃往济宁，电告德国驻华大使并转德国政府。 11月13日，即教案发生后的第12天，德政府派军舰多艘，强行占领胶州湾，迫使清政府签订了丧权辱国的《中德胶澳租界条约》。惩办了山东巡抚李秉衡、兖沂曹济道锡良、巨野知县许廷瑞等近十名地方官；赔银20万两，并在巨野、济宁、曹州等地建造教堂及传教士防护住所。从此山东成了德国的势力范围。

兖州是山东南部的行政中心。清朝时孔子故里曲阜和孟子故里邹县都属它的辖区之内，接受儒家思想的熏陶较深，因此这里的人对“洋教”最为反感仇视。到十九世纪八十年代,外国人建的教堂已经遍布于山东各地时，兖州城内还是空白。但这更加激励了外国传教士，他们知道,兖州这个地方对于中国人来说“虽然不是耶路撒冷和麦加,但享有圣地的声誉”。天主教能在这里扎根的话,具有特殊的意义。光绪五年(1879)，德国传教士安治泰来到鲁南，他的传教工作受到强烈的抵制，甚至身上被抹满粪便，用绳子拴了游街，或者打得半死。但尽管百姓强烈反对，天主教在几年后还是有了很大发展，兖州有了受洗的教友。安治泰也因其出色工作被升为主教。1886年农历中秋节前，安治泰秘密地买下了兖州城内的一处宅院，准备作为传教工作中心。但此事很快被当地人发现了。于是兖州百姓在汤诰等人领导下，掀起了反‘洋教’的风潮。1890年旧历年底,德国领事司艮德一行人来到兖州，坚持索要以前买的两处宅地。百姓闻讯后,“连日聚议，四散流言”,准备与洋人斗争到底。地方官府见状也好言相劝司艮德，不要干犯众怒。但司艮德不听，这更激起了百姓的愤怒。他们在城内遍撒传单，约定在腊月十五那一天集会，痛击驱逐洋人。在德国人薛田资神父（济宁中西中学的校监，今济宁一中。词作家乔羽的母校）所著的《在孔夫子的故乡》一书中记载当时的情况是：“十五日终于到了。街上人群数也数不清，他们来回穿行，就像滚滚海水震荡起伏。息马地就像黄蜂窝一样，人们拼命往那里钻，那里是分发武器和策划阴谋的地方口。人们要分成四十八个团，每个团五百人.....中午，听到远处一阵剧烈的骚乱，越来越近，狂热的欢呼声和粗野的叫喊充满了整个街道。在一片锣鼓声中，队伍向着已被官署封闭的客栈冲来......”由于官府害怕出事，派了三十多人的卫队保护司艮德一行，他们才没有粉身碎骨。到了1895年，德国公使绅坷又出面重提在兖州建教堂的事，当时正逢中日甲午战争中国失败,总理衙门正式同意了在兖州建教堂的要求。1897年开始营建兖州天主教堂，1899年建成高21米的大圣堂。1901年建成主教楼等一批建筑物。历时十余年的“兖州教案”结束了。

1901年《辛丑条约》签订后，清政府痛定思痛，在各地开办学堂，一些学堂聘请了洋教习，中西礼仪之争依然十分激烈。1901年11月16日，山东办起了山东大学堂。《山东大学堂章程》条规第一节规定：“大学堂内恭祀至圣先师孔子，暨本省诸先贤先儒。每月朔望，由中学教习率领各班学生行礼，并由教习宣讲《圣谕广训》一条，诸生环立敬听。听毕，向教习三揖，诸生各相向一揖。礼成退班。”就是这项在当时被视为理所当然的条规，却引起了在华传教士的极为不满。美国监理会传教士林乐知1902年5月在广学会主办的《万国公报》上，发表了一篇题为《论山东大学堂条规之关系》的长文，对山东大学堂祭拜孔子的条规进行了猛烈的攻击。认为此条规坚持保教尊孔的宗旨，不符合信教自由的原则，中国官吏歧视教民，逼教民改从孔教。他甚至威胁说，英、俄、法、德、奥、意、美等国因奉基督教，实力强大，不能把各国惹恼了，否则将武力干涉。应实行民教平等，信教自由。

针对传教士对山东大学堂条规的攻击，时任山东巡抚的周馥进行了有力的反驳。周馥认为，中国人祭祖拜孔与西方人专拜上帝，是所见不同，不能强人从己，中西礼仪不同，其意则同，向孔子像跪拜是和西方脱帽鞠躬一样的礼仪。中国人祭拜孔子并不是民间自发的偶像崇拜，而是遵循国家法典。既然清政府以中学为体、西学为用为办学宗旨，京师大学堂首列祭孔明文，那么山东大学堂作为地方学堂要求其师生祭孔也是理所当然的。山东大学堂的祭孔条规并无歧视教民之意，而传教士不让入学教民祭孔，倒有使教民自别于非教民之嫌。清政府在兴办新式学堂中尊奉孔子，固然反映其维护专制统治、捍卫纲常名教的用意，但孔子作为中国最伟大的教育家，受到后代的崇敬也无可厚非，传教士完全从传播基督教的目的出发，对山东大学堂祭孔条规大放厥词，充分暴露其毁灭中国文化、用基督教征服中国的险恶用心。

纵观历时300多年的中西礼仪之争，是传教士内部对中国儒家文化及其表现形式的不同态度所决定的。这涉及到传教士在中国传教所面临的一个两难抉择：一方面，如果他们坚持基督教的“纯洁性”，坚决反对一切与基督教教义相违背的儒家思想和礼俗，必然会引起中国儒士的强烈反抗，增加基督教在华传播的困难。另一方面，如果他们走利玛窦式的“合儒”路线，基督教与儒学的冲突固然会大大减轻，但过分的附合或迁就儒学的伦理和礼俗，又会使基督教的“纯洁性”受到影响，最后可能变成一种带有中国文化特征的基督教，这同样是传教士所不愿看到的。总之，如何既能保持基督教的“纯洁性”又能减轻基督教与中国传统文化的冲突是困扰来华传教士的一个大问题。

民国成立后，儒学在政治上的统治地位结束了，祭孔作为国家大典也被取消了。五四新文化运动以后，儒学在中国人心目中的地位再一次下降。而基督教经过20世纪20年代“非基督教运动”的冲击，也不得不自我反省，改变传教策略。1939年11月8日，罗马教廷传信部向中国天主教会发布解除“礼仪之争”的禁令：1、由于中国国民政府申明无意发表宗教性的命令，因此尊孔仪式不含宗教意义；2、不应禁止天主教学校悬挂孔子肖像；3、如果信教师生被迫参加公共礼仪，可以用消极的态度参加；4、可以在亡者和亡者的肖像前行鞠躬和其他民间性的敬礼。至此，长达数个世纪的“中西礼仪之争” 终于结束了。

一、耶稣会士们在中国的实践受到他们在欧洲的同道们的怀疑，被指责为使基督教变得不纯洁。这其中的关键因素，除了耶稣会士们在翻译圣经的时候，努力把圣经中国化，以及他们自己以儒士为自己公开身份之外，最重要的是，他们允许中国信徒参与敬拜祖先的礼仪。耶稣会士们的批评者们指出，中国人的礼仪是具有宗教意义的，他们要信基督教，就必须放弃他们固有的那些礼仪。

二、 耶酥会士们为了自我辩护，被迫对中国进行进一步的描述。 他们出版了一系列书，对中国的各方面进行介绍。在其中，中国被作为另外一个不同的文明来对待。而他们描述的策略，也随着辩论的深入而有变化。

三、 在辩论中晚期出现的耶稣会文献，采用了17世纪刚刚兴起不久的antiquarianism的诸多研究成果。 他们就像研究古代希腊与罗马那样，用同样的民族志（ethnographic）术语来描述中国， 以使得他们的描述显得更为客观和有说服力。 他们把中国的祭祀鬼神，祖先的礼仪和日常交往礼仪放在一起，统称为ritus， 这是为了去掉这些礼仪的宗教内涵，而将它作为一种市民法上的习惯来对待。而值得一提的是，ritus是一个前基督教的罗马概念，教会并不用这个概念，但基督至少并不排除和拒斥这个罗马概念。就这样，通过一个古罗马的概念，耶稣会士们努力为中国的一系列习惯找到庇护。

四、 有一个耶稣会士甚至写了一部作品，设想两个根本不懂得基督教的中国人来到欧洲，他们对基督教会有什么样的反应。这个虚拟的故事显然有着论战的目的。其目的是为了说明，中国人并不是野蛮人，中国人只不过是一个跟欧洲不同的文明，对欧洲来说是理所当然的，对中国人可能就是非常反常的。这个作品出现比孟德斯鸠的《波斯人》都早了十来年。