网络空间安全学院在网络信息安全和量子信息安全方面承担了国家重大研究计划、国家自然科学基金委创新群体项目、中科院量子空间中心的量子科学试验卫星项目、中科院战略先导科技专项，国家高技术研究发展计划主题项目、科技部重点研发计划、科技部973计划项目、国家自然科学基金委重大科研仪器设备研制专项、以及国家自然科学基金重点项目和面上项目等，并与国家有关部门在科研与人才培养方面有着紧密的合作。