1959年1月1日，由郭沫若倡导创办的该报当时定名《科学报》。

“文革”期间，停刊。

1979年11月2日，复刊。

1989年1月，更名为《中国科学报》。

1999年1月1日，更名为《科学时报》。

2012年1月1日，使用复名《中国科学报》。2011年12月27日，中国科学院院长白春礼（左），中国工程院副院长谢克昌（右）为当天复名的《中国科学报》揭牌。

2013年10月17日下午，中国科学技术协会正式新增为《中国科学报》第四家主办单位。根据此前国家新闻出版广电总局的批复，同意将《中国科学报》主办单位变更为中国科学院、中国工程院、国家自然科学基金委员会和中国科学技术协会。新增中国科学技术协会为主办单位。至此，即将迎来创刊55周年的《中国科学报》的主办单位由原来的三家增加为四家。