1979年，中国科学院华东昆虫研究所更名为中国科学院上海昆虫研究所。

1999年，中国科学院上海植物生理研究所、中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所。

2015年7月，植物生理生态研究所获批独立成为中国科学院分子植物科学卓越创新中心。

据2018年7月植物生理生态研究所官网显示，研究所拥有1个国家重点实验室、1个国家研究中心、2个中国科学院重点实验室、科技部“创新人才推进计划”重点领域创新团队1支、中科院—国家外专局创新国际团队1支，建有光合作用环境生物学实验室。

国家重点实验室：植物分子遗传国家重点实验室

国家研究中心：国家植物基因研究中心（上海）

中国科学院重点实验室：中国科学院合成生物学重点实验室、中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室

中国科学院研究中心：中国科学院国家基因研究中心

截至2017年底，植物生理生态研究所共有在职职工470人。其中科技人员318人、科技支撑人员67人，包括中国科学院院士9人、美国科学院院士1人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员96人、副研究员及高级工程技术人员95人；国家“万人计划”领军人才入选者4人，中青年科技创新领军人才入选者5人，人社部“新世纪百千万人才工程”入选者5人，中国青年科技奖获得者2人，全国优秀科技工作者2人，中国科学院“百人计划”入选者31人，青年创新促进会会员17人，优秀会员2人，文献情报和期刊出版领域引进优秀人才1人，卓越青年科学家奖获得者1人，国家杰出青年科学基金获得者13人。

仪器设备

上海昆虫博物馆

据2018年7月植物生理生态研究所官网显示，研究所的上海昆虫博物馆馆内收藏昆虫标本100余万号，保藏着一大批濒危珍稀及检疫性昆虫标本。

昆虫标本馆是上海昆虫博物馆的组成部分，标本采集涵盖全国各地，收藏量达百万余号。其中土壤动物标本近40万号、模式标本1000余种，定名标本近万种；拥有5万余号西藏地区的标本。定名标本主要集中在原尾目、弹尾目、双尾目、缨尾目、蜻蜓目、蜚蠊目、等翅目、螳螂目、革翅目、直翅目、竹节虫目、同翅目、半翅目等，馆内还保藏着一大批濒危珍稀昆虫标本和一批国际、国内的危险性检疫害虫标本。还保存着一批制作精细的成套昆虫生活史标本以及昆虫各目有代表性的类群标本，其中包括农、林、卫生、城市绿化及经济建设活动中常见的重要昆虫类群。1997-1999昆虫标本馆参加了由中科院组织的“动物物种及标本信息系统”研究项目，已录入昆虫标本近4万号，计6目、44科、近1千余种，并建立了馆藏昆虫的科名库。

图书资料

人工气候室

人工气候室是由中国科学院二期创新工程投资4500万元的新建人工气候室于2004年建成，总建筑面积为6150平方米，共分四层，其中可控环境面积为1650平方米。一、二、三层为人工气候室，夹层为系统技术设备层，楼顶层为供冷热主机站和大型连栋弧顶自控玻璃温室。

人工气候室是由人工光照低温库、可变光谱培养间、密闭气体培养间、人工光照培养间、自然光照培养间、自然光照环境生态玻璃展示厅和弧顶自控玻璃温室组成，共计83可控环境单元。人工气候室系统配置为先进的集中供能（冷热）和再回收供热系统、集散空气调节系统、模拟组合补光系统、计算机总线闭环控制系统和动力驱动互备系统。

合并前两所的科研成果

1953—1998年间，原中国科学院上海植物生理研究所共获得各类奖91项，包括：中国国家发明一等奖1项、三等奖2项，国家自然科学二等奖4项、三等奖1项、四等奖1项，国家科学进步三等奖1项，全国科学大会奖7项，中科院一等奖9项、二等奖20项、三等奖19项、四等奖5项、五等奖2项，省、市、自治区和部委一等奖2项，二等奖4项，三等奖13项。

原中国科学院上海昆虫研究所历年来共获得科研奖项67项，其中获国家级一等奖2项、二等奖4项。

合并后植物生理生态研究所科研成果

2017年，植物生理生态研究所共发表SCI研究论文150余篇，包括Nature、Science、Nat Genet、Energ Environ Sci、Nat Commun、Mol Cell、Cell Res、PNAS、Dev Cell 、Plant Cell、PLoS Genet等国际学术期刊。

2017年，植物生理生态研究所共申请中国发明专利38件，PCT专利6件；申请计算机软件著作权1件；24件中国发明专利获得授权，4件PCT专利获授权。

2017年，韩斌院士团队与中科院遗传发育所、农科院水稻所相关团队经十余年合作，合作项目“水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计”获得2017年度国家自然科学奖一等奖（植物生理生态研究所为第二完成单位）；由李家洋、韩斌、钱前团队组成的“水稻分子遗传学团队”团队获得2017年度“求是科技成就集体奖”；由陈晓亚院士领衔的“植物次生代谢与抗虫”项目获得2017年度上海市自然科学一等奖。

《分子植物》（Molecular Plant）创刊于2008年，被SCI、Medline、CA、BA和FSTA等数据库收录。2013年6月20日公布的2012年度《期刊引用报告》，《分子植物》的影响因子上升为6.126，在国际植物科学领域期刊中排名第10位，连续三年在亚洲同领域期刊中排名第一。

《植物生理学报》（Plant Physiology Journal）创刊于1951年，为北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》“植物学类”核心期刊，在2014年版的“植物学类核心期刊表”中排名第6；是中信所“中国科技期刊引证报告（CJCR）”和中科院文献情报中心“中国科学引文数据库（CSCD）”来源期刊；被美国化学文摘（CA）、俄罗斯文摘杂志（AJ）、日本科学技术文献速报（JI）、荷兰Scopus和中国清华同方（CNKI）等数据库收录。2012年获华东地区优秀期刊；2013年获上海市期刊编校质量检查优秀奖。

据植物生理生态研究所2018年招生专业目录显示，植物生理生态研究所拥有学术学位二级学科博士点3个、学术学位二级学科硕士点5个、工程硕士领域1个。

学术学位二级学科博士点：动物学、微生物学、遗传学

学术学位二级学科硕士点：植物学、动物学、微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学

工程硕士领域：生物工程

截至2017年底，植物生理生态研究所在学研究生573人（其中硕士生213人、博士生360人）、在站博士后104人。

2002—2007年，植物生理生态研究所研究生获得中科院优秀博士学位论文奖13人、全国优秀博士学位论文提名3人、全国优秀博士学位论文奖3人。

植物生理生态研究所与中国国内外多所大学及研究机构建立了合作关系，如：中国科学院-英国约翰·英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心、上海生科院湖州工业生物技术中心、上海工业生物技术中心、湖州农业中心、SIBS-ETH木薯生物技术研究中心、SIBS-Keygene植物分子育种联合实验室等。

植物生理生态研究所标识以植物的绿色为主色调，中间为植物开花的艺术图案。

植物生理生态研究所组建有学生会、研究生羽毛球协会、排球协会等团体，先后组织或参加了乒乓球赛、环保宣传活动、党支部主题生活、趣味运动会、研究生春游、卡拉OK大赛、篮球赛、排球赛、夏令营等活动。