2001年，中国科学院昆明动物研究所进入二期创新。

2005年，中国科学院昆明动物研究所进入创新三期。

截至2022年底，中国科学院昆明动物研究所共有在职职工418人。高级专业技术职称145人，其中正高级职称52人。有中国科学院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者11人，国家优秀青年科学基金获得者10人，国家海外高层次人才引进计划青年项目6人，“国家高层次人才特殊支持计划”科技创新领军人才7人，青年拔尖人才1人，科技部中青年科技创新领军人才4人，国家人力资源和社会保障部百千万人才8人，中国科学院杰出技术人才2人 ，中国科学院海外高层次人才引进计划20人，云南省高端人才12人，云南省海外高层人才21人，云南省科技领军人才4人。

中国科学院院士（专职）：张亚平、季维智

国家杰出青年科学基金获得者：姚永刚、徐林、王文、宿兵、赖仞、毛炳宇

国家优秀青年科学基金获得者：张登峰、王国栋、刘振、张晓明

据2023年11月研究所官网数据，中国科学院昆明动物研究所设有生物多样性中心、进化发育中心、灵长类中心、资源利用中心4个研究中心，共计44个学科组；拥有多个国家或院级科研与技术平台，与香港中文大学联合共建生物资源与疾病分子机理联合实验室，并拥有2个野外观测台站。

国家重点实验室：遗传资源与进化国家重点实验室

中国科学院共建重点实验室：中国科学院、云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室

云南省重点实验室：云南省畜禽分子生物学重点实验室、云南省动物生殖生物学重点实验室

所属联合实验室：中国科学院-英国安东格里亚大学生态学与环境保护中心、中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室

所属研究中心或实验室：中国科学院昆明灵长类研究中心、西南生物多样性实验室

野外观测台站：云南无量山西黑冠长臂猿监测站、云南大山包黑颈鹤监测站

据2023年11月区域中心官网数据，中国科学院昆明动物研究所所属的昆明生物多样性大型仪器区域中心拥有同位素质谱仪、超高效液相色谱质谱联用仪、人工气候室、全自动旋光仪、圆二色光谱仪、气相色谱/质谱联用仪、气相色谱仪、X射线单晶衍射仪、超低温探头超导核磁共振波谱仪、液相-离子阱色谱质谱联用仪、超高效液相色谱/三重四极杆串联质谱联用仪、三扇型磁质谱仪、高效液相色谱仪、X射线单晶衍射仪等多个仪器设备。

据2023年11月区域中心官网数据，中国科学院昆明动物研究所所属的昆明动物博物馆标本馆与研究所同期建于1959年初，保存有大量云南及西南地区的动物标本，是博物馆的基础和重要组成部分。

标本馆贮藏面积2111.12平方米。储藏区包括兽类库、鸟类库、两栖爬行库、鱼类库和昆虫库，标本保存方式有：浸泡、干壳、剥制、冷藏等。标本馆现馆藏各类动物标本约95万号，其中模式标本超500种/亚种5,161号，涵盖了云南“动物王国”和临近省区几乎所有生态类型的动物标本。

展示馆大楼建筑面积7350平方米，展出和公共服务面积约6000平方米。展示馆展出各类动物标本两万余号，包括国家一二级重点保护动物90余种，还有许多珍稀种、濒危种、观赏种、药用种、资源种及食用种类等。

据2023年11月研究所官网数据，中国科学院昆明动物研究所先后与美洲、欧洲等多个国家的科研机构开展合作，并积极参与中国科学院“中非联合研究中心”和“东南亚生物多样性研究中心”的建设，进一步拓展了与非洲和东南亚的合作。

2020年6月16日，中国科学院昆明动物研究所与昆明市延安医院举行战略合作协议签约仪式。

2023年7月7日，昆明市园林绿化局与中国科学院昆明动物研究所，举行了涵盖动物保护、动物医学等多个领域的科技合作签约仪式。

2022年5月，昆明动物研究所生物安全三级实验室获得“中国科学院青年五四奖章集体”称号。

中国科学院昆明动物研究所主要研究方向是动物多样性资源与保护；肽类分子探针与候选药物；肿瘤与干细胞；衰老机理与动物模型；灵长类动物表型与遗传等。

截至2022年12月，中国科学院昆明动物研究所积极承担国家重大科技专项、973、863、中科院战略性先导专项和自然科学基金等多项重大科研任务，先后获得国家自然科学二等奖5项，技术发明二等奖1项，科学技术进步奖3项，并多次获得省部级及中国科学院重要奖项，授权专利352件。

2022年11月11日，中国科学院昆明动物研究所科研团队完成了一份云南蝴蝶名录，共收录6科356属1300种云南蝴蝶。

2022年12月，中国科学院昆明动物研究所研究了1.4万年前的云南马鹿洞“蒙自人”，属于“走出非洲”定居于亚洲东部的早期现代人，与最早的美洲原住民有遗传联系。

《Zoological Research》（《动物学研究（英文版）》）创刊于1980年，是中国科学院昆明动物研究所和中国动物学会共同主办的中国国内外公开发行的动物学类学报级双月刊。2014年开始改为英文刊。主要发表灵长类动物与动物模型；动物资源保护与利用；动物多样性与进化。根据《中国科学院文献情报中心期刊分区表》于2022年12月发布的数据，该刊位于动物学1区。

据2023年11月研究所官网数据，中国科学院昆明动物研究所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，设有一级学科博士学位授权点1个、二级学科博士学位授权点4个、二级学科硕士学位授权点1个、专业硕士学位授权类别1个，并设有1个一级学科博士后科研流动站。

博士后科研流动站：生物学

一级学科博士学位授权点：基础医学

二级学科博士学位授权点：动物学、神经生物学、遗传学、细胞生物学

二级学科硕士学位授权点：生物化学与分子生物学

专业硕士学位授权类别：生物与医药

截至2022年底，中国科学院昆明动物研究所共有在学研究生437人（其中硕士生224人、博士生213人），在站博士后23人。

据2023年11月研究所官网数据，中国科学院昆明动物研究所拥有博士生导师46人，硕士生导师51人。

据2023年11月研究所官网数据，中国科学院昆明动物研究所先后获2篇全国百篇优秀博士论文，15篇中国科学院优秀博士论文，8人次获中国科学院院长奖学金特别奖、41人次获中国科学院院长奖学金优秀奖，100多名研究生获院级各类奖励。

中国科学院昆明动物研究所所徽整体以绿色为主，代表其尊敬自然，爱护环境的的科学态度。所徽外圈分别由研究所的中英文名组成，内圈为一个猴子的图像，一方面表现其关爱动物，与动物和谐相处的理念，另一方面，表现出其研究的方向主要在动物领域。

2023年9月17日，中国科学院昆明动物研究所联合中国科学院昆明分院，举办以“灵长类动物演化大揭秘——灵长类动物进化遗传科学研究资源科普化传播与展示”为主题的全国科普日活动。