1937年，迁往湖南省衡阳的南岳，后又迁到广西阳朔。

1939年，迁到重庆北碚。

1944年5月，国立中央研究院动植物研究所分立为动物研究所、植物研究所。

1950年2月，将原中央研究院动物所、北平研究院动物学研究所、原中央研究院植物研究所藻类部门合并，组建中国科学院水生生物研究所，所址上海。

1954年9月，中国科学院水生生物研究所迁至武汉。

2001年，中国科学院水生生物研究所进入中国科学院知识创新工程试点序列。

2011年，中国科学院水生生物研究所整体进入中国科学院“创新2020”试点工程。

2015年，中国科学院水生生物研究所率先进入特色研究所。

2018年，中国科学院水生生物研究所通过验收，正式进入运行阶段。

2022年5月22日，由中国科学院水生生物研究所与武汉市政府共建的“武汉长江江豚繁育保种技术研究中心”在水生所白鱀豚馆揭牌成立。

2023年12月8日，中国科学院水生生物研究所增选为海南省种业实验室第二届理事会成员单位。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所拥有在职职工343人，其中科技人员306人，中国科学院院士5人，发展中国家科学院院士3人，研究员及正高职称人员88人，副研究员及副高职称人员108人。

中国科学院院士（专职）：陈宜瑜、曹文宣、朱作言、赵进东、桂建芳

发展中国家科学院院士（专职）：朱作言、赵进东、桂建芳

国家杰出青年基金获得者：桂建芳、赵进东、吴振斌、聂品、张承才、何舜平、谢平、殷战、胡炜、缪炜、孙永华、徐镇

国家优秀青年基金获得者：孙永华、陈隽、罗大极、金俊琰、熊杰、宋康、李顺、陈善楠

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所设有6个研究中心，拥有4个国家级平台、8个省部级实验室及研究中心、4个野外台站；拥有淡水鱼类博物馆和淡水藻种库，以鲸类动物保护和研究为目的的水族馆-白鱀豚馆，及分析测试中心平台、水生生物数据分析管理平台。

国家重点实验室：淡水生态与生物技术国家重点实验室

国家工程技术研究中心：国家淡水渔业工程技术研究中心

国家工程实验室：湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室

国家种质资源库：国家水生生物种质资源库

中国科学院重点实验室：中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室、中国科学院藻类生物学重点实验室

农业农村部重点实验室：农业农村部淡水养殖病害防治重点实验室

农业农村部遗传育种中心：农业农村部鲫鱼遗传育种中心

湖北省工程技术研究中心：湖北省水体生态工程技术研究中心、湖北省水产动物营养与饲料工程技术研究中心、湖北省稻田综合养殖工程技术研究中心、湖北省水生植物资源与利用工程技术研究中心

所属研究中心：水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心、藻类生物学及应用研究中心

所属野外台站：三峡水库香溪河生态系统试验站、长江上游珍稀特有鱼类保护及赤水河河流生态观测试验站、湖北东湖湖泊生态系统国家野外科学观测研究站、青海湖高原湖泊湿地生态环境科学观测野外台站

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所下属分析测试中心拥有仪器设备208余台（套），总价值17153万元。仪器设备主要归属6个技术平台，分别为蛋白组学技术平台、光学和电子成像技术平台、化学分析和生态技术平台、分子与细胞生物学技术平台、基因组技术平台、水生态渔业资源技术平台。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所下属水生生物博物馆收藏有水生生物标本，其中包括中国淡水鱼类标本一千余种，40余万尾；来自中国国外34个国家和地区的鱼类标本600余种；藻类标本2万多号；以及各类群的无脊椎动物标本。在淡水鱼类博物馆中对外展览标本有活化石矛尾鱼、国家一级保护动物中华鲟、白鲟、白暨豚、和二级保护动物江豚、山瑞鳖、大鲵、胭脂鱼和扬子鳄等。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所先后派出科技人员近800人次到近30个国家和地区进行合作研究、进修或短期访问，同时接待了来自近40个国家和地区的专家2200多人次进行学术交流、合作或进修。研究所作为核心成员加入大的国际合作研究计划，如美国的“Tree of Life”研究计划，还发起和引领多边国际合作，如淡水豚类联合调查项目、主办“水环境保护与水污染治理”国际培训班，“海峡两岸人工湿地研讨会”“第十届世界华人鱼虾营养学术研讨会”“第七届亚太藻类论坛”等。

2022年11月24日，中国科学院水生生物研究所与昆明市人民政府举行框架合作协议签约仪式。

2022年12月23日，中国科学院水生生物研究所与雅安市人民政府签署框架合作协议。

2023年11月17日，中国科学院水生生物研究所与武汉产业创新发展研究院签署战略合作协议。

2023年12月26日，中国科学院水生生物研究所与黑龙江省农业农村厅签署战略合作框架协议。

2022年5月，中国科学院水生生物研究所被评选为2022年科学家精神教育基地，序号第97。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所自成立以来，共取得各类科研成果近600项；自1981以来有130多项获国家和省部级奖励。编著出版专著120多部，发表论文近4000余篇。自2001年进入中国科学院知识创新工程试点以来，研究所共发表SCI收录论文953篇，获得省部级及以上科技奖励20项，其中国家科技进步奖2项，省部级一等奖5项，省部级二等奖6项。同时，还主持编写出版专/编著41本，获授权专利75项（其中发明专利60项，实用新型15项）。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所共有200项成果获得奖励，出版著作165部，发表论文8301篇。研究所所发表论文2183篇，其中SCI收录1385篇。申请专利204项，获得授权107项，出版著作11部，获得省部级以上奖励6项，桂建芳院士获2015年湖北省科学技术突出贡献奖。

《水生生物学报》是由中国科学院主管，中国科学院水生生物研究所、中国海洋湖沼学会主办的水生生物学领域的综合性学术刊物，创刊于1955年，为16开本月刊，中国国内外公开发行。针对水生态环境不断恶化和水质性缺水日趋严重这一中国和世界性重大问题，主要刊登与水生态的评价与治理，水生物的生化、遗传、病理、毒理和分类区系，水生物的育种、培养、开发利用和病害防治，渔业生物学及有关湖沼学的综合调查与研究等相关的研究论文及综述，该刊连续被评为中国精品科技期刊、中国国际影响力优秀学术期刊、RCCSE中国权威学术期刊、湖北省优秀期刊、湖北省精品期刊。该刊获中国科协精品科技期刊工程项目、中国科学院科学出版基金、湖北省科协“科技创新源泉工程”项目资助，入选《中国学术期刊影响因子年报》Q1区期刊。

《Water Biology and Security》（水生生物与保护）是由中国科学院水生生物研究所主办，科爱出版社出版的一本覆盖水生生物多样性与保护、水环境与生态安全、渔业与水产品安全等领域的综合性英文学术刊物，2022年2月创刊号出版，被DOAJ、Scopus等国际数据库收录。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所是国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予权单位，拥有二级学科博士学位授权点5个、二级学科硕士学位授权点6个、专业硕士学位授权类别2个和2个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：生物学、环境科学与工程

二级学科博士学位授权点：水生生物学、遗传学、环境科学、水产养殖学、海洋生物学

二级学科硕士学位授权点：动物学、水生生物学、遗传学、环境科学、环境工程学、水产养殖

专业硕士学位授权类别：生物与医药、资源与环境

中国科学院水生生物研究所从1956年开始培养研究生，到1965年已招收培养研究生20名。截至2020年9月，中国科学院水生生物研究所已培养毕业研究生1994人，其中博士毕业生1209人，硕士毕业生785人。

据2024年3月研究所官网数据，中国科学院水生生物研究所拥有在学研究生569人（硕士生263人，博士生311人），在站博士后97人。

中国科学院水生生物研究所的所徽由抽象的水生动物、水生植物组成的“水生”字样及中国科学院水生生物研究所中、英文名称组成，该徽既是水生所名称的代表，又简单地概括了水生所的研究领域。图案中左侧“SSS”既是汉字“水”的象形写法，也是“水生所”汉语拼音（Shui Sheng Suo）的字首字母，同时又象征着水生所科技工作者所踏遍的江河，最左边的“S”与左下方黑点及圆的边缘一起，组成一“鱼”形，又象水中的低等生物；右侧的植物形象组成“生”字，也代表了水生所在植物学领域的研究工作。“水”和“生”所代表的生物之间相互连接，象征着水生所多学科的综合优势以及各学科之间的有机融合。有水有草，生物多样，也正是水生所科技工作者多年奋斗的目标——和谐平衡的水生生态环境。

2024年1月30日，中国科学院水生生物研究所举办了“迎新年、写春联、送祝福”书法比赛。