1993至1999年，随着经济体制和科技体制改革的不断深化，科技政策和管理研究受到各级政府和企业的广泛关注。研究所在结构调整的基础上，进一步深化改革，力图加强研究所发展能力建设，为国家宏观管理部门和中国科学院有关决策提供支撑。

2000年，研究所承担的中国科学院试点研究所评估工作和中国科学院自然与社会交叉科学研究中心建设工作纳入知识创新工程试点。

2002年，研究所整体进入知识创新工程试点二期研究所序列，迎来了创新发展新阶段。

2013年7月，习近平总书记视察中国科学院，明确提出要“率先建成国家高水平科技智库”。

2015年5月，中国科学院组建非法人实体中国科学院科技战略咨询研究院，挂靠中国科学院科技政策与管理科学研究所，统筹协调中科院科研院所、学部、教育机构相关研究资源、队伍和平台，探索建立持续开展战略研究的机制；11月，中国科学院被确定为党中央、国务院、中央军委直属的首批10家第一类高端智库建设试点单位之一，并明确试点的重点任务是建设战略咨询院；12月，中国科学院党组决定，以中国科学院科技政策与管理科学研究所更名的方式组建事业法人机构战略咨询院。

2016年1月，战略咨询院正式组建，通过整合中科院文献情报中心、地理科学与资源研究所等单位的相关研究力量，推进深化改革工作；10月，中央编办批准中国科学院科技政策与管理科学研究所正式更名为中国科学院科技战略咨询研究院。

2020年5月13日，作为第一批倡议方，与国家发展改革委等部门发起“数字化转型伙伴行动”倡议。

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院拥有研究员48人、创新研究员7人、副研究员60人、创新副研究员18人、离退休研究员18人。

研究员：陈安、陈劭锋、代涛、杜鹏、段异兵、樊春良、樊杰、关忠诚、郭剑锋、黄宝荣、姬强、冷伏海、李晓轩、李颖明、刘峰、刘海波、刘怡君、鲁晓、穆荣平、潘教峰、祁明亮、宋河发、孙晓蕾、谭显春、万劲波、王晓明、王小梅、王毅、王颖、温珂、吴静、肖尤丹、许保光、薛薇、杨多贵、杨帆、杨国梁、杨辉、余江、张赤东、张凤、张秋菊、赵兰香、赵作权、周建中、周立华、朱涛、眭纪刚

创新研究员：郭雯、李宏、林慧、裴瑞敏、孙翊、吴登生、周城雄

副研究员：阿儒涵、边文越、蔡圣华、陈芳、冯海红、高敏刚、顾佰和、郭京京、郭锐、韩淋、贺宁馨、洪志生、黄龙光、康大臣、康小明、冷民、李培楠、李倩倩、李强、李书舒、刘会武、刘扬、吕佳龄、莫建雷、乔为国、秦佩恒、邵雪焱、沈华、石彪、宋敦江、苏利阳、苏娜、孙德强、索玮岚、王芳、王光辉、王海名、王海霞、王建芳、王溥、王孝炯、夏炎、肖利、肖小溪、邢颖、徐芳、许金华、薛俊波、袁建霞、袁志彬、张超星、张丛林、张越、赵夫增、赵璐、赵西君、周秋菊、周志田、朱永彬、邹秀萍

创新副研究员：陈挺、郭建新、焦健、李慧敏、李振国、蔺洁、刘昌新、刘明熹、刘寅鹏、隆云滔、马宁、潘璇、田园、王红兵、王婷、杨斌、袁秀、张涵

离退休研究员：蔡晨、陈德泉、陈建明、池宏、范岱年、顾淑林、黄思明、计雷、李秀果、李真真、李之杰、连燕华、罗伟、王胜光、王铮、徐伟宣、张利华、朱斌

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院拥有3个决策服务单元、5个研究支撑服务单元、6个研究单元（研究所（部））、3个科学组织（国家一级学会）以及教育与传播部门等。

决策服务单元（3个）：重大任务集成部、中国创新战略和政策研究中心、智库建设研究部

研究支撑服务单元（5个）：学部咨询研究支撑中心、学部学科研究支撑中心、学部科学规范与伦理研究支撑中心、学部科普与教育研究支撑中心、综合集成部和第三方评估研究支撑中心

研究单元（研究所（部））（6个）：科技发展战略研究所、创新发展政策研究所、可持续发展战略研究所、系统分析与管理研究所、科技战略情报研究所、产业科技创新研究部

科学组织（国家一级学会）（3个）：中国科学学与科技政策研究会、中国优选法统筹法与经济数学研究会、中国发展战略学研究会

教育与传播部门：公共政策与管理学院（与中国科学院大学共建）、信息网络与传播中心

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院与国际上近30个著名的科研机构、大学形成战略合作伙伴关系，并创建了中俄科技与创新合作研究中心、中德联合创新研究中心、中芬科技与创新合作中心三个机制化合作研究机构，发起成立了近40家重要研究机构和著名大学参加的中英创新战略和政策研究网络。依托“一带一路”国际科学组织联盟（ANSO），组建专题联盟“ANSO创新与可持续政策联盟”。

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院拥有科技发展战略研究、科技和创新政策研究、生态文明和可持续发展战略研究、定量预测与预见分析、科技战略情报和数据平台等5大领域。

科技发展战略研究聚焦科技发展路线图、科研布局、科技安全、科技立法、科技体制、科技资源配置、科技评估、科技人才政策等研究。科技和创新政策研究聚焦创新驱动发展战略重大问题，开展创新发展理论方法、创新和创业政策、产业创新、区域创新发展、企业创新、知识产权管理等研究。生态文明和可持续发展战略研究聚焦生态文明体制建设重大问题，开展生态文明理论体系、可持续发展战略与政策、能源与应对气候变化、国土空间规划、区域发展政策、地缘政治和经济、地理过程模拟等研究。定量预测与预见分析重点是发展系统分析方法、工具和平台，开展定量预测与政策模拟、公共安全与应急管理、社会预警、大数据管理决策、经济与金融监测等研究。科技战略情报和数据平台建设重点是跟踪国际科技战略和动态，研判科技发展趋势与前沿，建设共享数据平台和监测分析平台等。

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院主办的刊物有《中国科学院院刊》（中英文版）、《中国管理科学》、《科研管理》、《科学学研究》等。

《中国科学院院刊》是中国科学院主管、主办的以战略与决策研究为主的智库类期刊，向中国国内外公开发行，其定位为“国家科学思想库核心媒体”，是中国科学院国家高端智库建设的重点媒体平台。该刊重点刊登两院院士和科学家就中国科技及经济社会发展的重大战略问题提出的研究报告，对重要前沿及交叉学科的发展现状与趋势进行评述。以科学家深厚的科学积累及高度的社会责任感，为国家宏观战略决策提供科学支撑，并更广泛、更有效地向社会和公众传播科学思想和科学精神。

《中国管理科学》是由中国科学院主管，中国优选法统筹法与经济数学研究会与中国科学院科技战略咨询研究院共同主办的学术期刊。期刊由华罗庚教授创办于1984年12月，原名《优选与管理科学》为季刊，1993年更名为《中国管理科学》并改为双月刊，2014年变更为月刊。

《科研管理》创刊于1980年，是中国国内外公开发行的学术刊物，是国家自然科学基金委员会管理科学部遴选和认定的管理科学A级重要期刊。是“中国学术期刊综合评价数据库”统计源期刊（CAJCED）、“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊ISTIC）、“中文社会科学引文索引来源期刊”（CSSCI）、“中国科学引文数据库来源期刊”（CSCD）；被“中国人文社会科学核心期刊”“中国学术期刊专题文献数据库”“中国核心期刊（遴选）数据库”和“中国期刊全文数据库”（CJFD）全文收录；被“中国学术期刊文摘”和“中国知识资源总库·社会科学期刊精品据库”收录。

《科学学研究》是中国科学学与科技政策研究会于1983年创办和主办的综合性学术期刊，由中国科学学与科技政策研究会，中国科学院科技政策与管理科学研究所、清华大学科学技术与社会研究中心合办。

据2023年3月研究院官网显示，中国科学院科技战略咨询研究院设有2个一级学科硕博士学位培养点、1个二级学科硕博士培养点、1个博士后科研流动站。

一级学科硕博士点（2个）：管理科学与工程、公共管理管理科学与工程、公共管理

二级学科硕博士点（1个）：情报学

博士后科研站（1个）：管理科学与工程

截至2021年3月，中国科学院科技战略咨询研究院有博士生导师27人、硕士生导师37人。

中国科学院科技战略咨询研究院的院徽为统一使用的中国科学院院徽。

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