1999年，按照中国科学院“知识创新工程”试点工作战略布局要求，由原中国科学院兰州冰川冻土研究所、原中国科学院兰州沙漠研究所、原中国科学院兰州高原大气物理研究所整合为中国科学院寒区旱区环境与工程研究所。

2016年6月24日，为统筹整合中国科学院西北生态环境资源研究力量，经中国科学院党组研究决定，组建中国科学院西北生态环境资源研究院。

2020年11月10日，中国科学院西北生态环境资源研究院与甘肃省武威市人民政府“生态保护和高质量发展协同研究院地战略合作”签约仪式在西北研究院举行。

2022年5月20日，中国科学院西北生态环境资源研究院与河西学院科技合作框架协议签约仪式暨合作交流座谈会在河西学院举行。

2023年3月15日，皋兰县人民政府和中国科学院西北生态环境资源研究院签署共建皋兰县寒旱农业与生态联合实验室框架协议。

据2023年7月研究所官网数据，中国科学院西北生态环境资源研究院拥有中国科学院院士5人，中国工程院院士1人，国际冻土协会终身成就奖获得者1人，沃尔沃环境奖首次中国科学家获得者1人，“国家杰出青年科学基金”获得者9人，“四青”人才8人，何梁何利奖获得者4人。

中国科学院院士（专职）：程国栋、印象初、秦大河、姚檀栋、赖远明

中国工程院院士（专职）：冯起

国家杰出青年科学基金获得者：姚檀栋、赖远明、吴青柏、冯起、李新荣、赵文智、康世昌、杨保、张明义、车涛

“四青”人才获得者：陈仁升、何志斌、左小安、孟宪红、李宗省、苗运法、董志文、于海鹏

（注：名单可能不全或有偏差）

据2023年7月研究所官网数据，中国科学院西北生态环境资源研究院拥有2个国家重点实验室，1个国家数据中心，7个中国科学院重点/工程实验室，17个甘肃、青海、宁夏等省级重点实验室/工程中心，9个国家级野外观测研究实验站，17个中国科学院和研究所级野外观测研究实验站。

国家重点实验室：冻土工程国家重点实验室、冰冻圈科学国家重点实验室

国家数据中心：国家冰川冻土沙漠科学数据中心

中国科学院重点实验室：中国科学院沙漠与沙漠化重点实验室、中国科学院内陆河流域生态水文重点实验室、中国科学院寒旱区陆面过程与气候变化重点实验室、中国科学院高原生物适应与进化重点实验室、中国科学院藏药研究重点实验室、中国科学院盐湖资源综合高效利用重点实验室、盐湖盐矿绿色开发工程实验室

省级重点实验室/中心：甘肃省祁连山生态环境研究中心、宁夏自治区六盘山特色农业工程研究中心、高分辨率对地观测系统甘肃数据与应用中心、青藏高原特色生物资源工程研究中心、青海盐湖资源综合利用技术研究开发中心、甘肃省寒区旱区逆境生理与生态重点实验室、甘肃省遥感重点实验室、甘肃省极端环境微生物资源与工程重点实验室、甘肃省油气资源研究重点实验室、甘肃省极端环境微生物种质资源库、青海省寒区恢复生态学重点实验室、青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室、青海省藏药药理学和安全性评价研究重点实验室、青海省作物分子育种重点实验室、青海省藏药研究重点实验室、青海省动物生态基因组学重点实验室、青海省盐湖资源化学重点实验室、青海省盐湖地质与环境重点实验室

野外观测研究实验站：沙坡头沙漠研究试验站、天山冰川试验研究站、奈曼沙漠化研究站、临泽内陆河流域研究站、青藏高原冰冻圈观测研究站平凉陆面过程与灾害天气观测研究站、皋兰生态与农业综合试验站、阿拉善荒漠生态水文试验研究站、玉龙雪山冰川与环境观测站、青藏高原北麓河冻土工程与环境综合观测研究站、祁连山冰川与生态环境综合观测研究站、敦煌戈壁荒漠生态与环境研究站、若尔盖高原湿地生态系统研究站、黑河上游生态水文试验研究站、那曲高寒气候环境观测研究站、中国科学院黑河遥感试验研究站、乌拉特荒漠草原研究站、青海海北高寒草地生态系统国家野外科学观测研究站、三江源高寒草地实验站、海东生态农业试验站、武威现代农业实验站、阿尔泰山冰冻圈科学与可持续发展综合观测研究站、甘河工业园区盐湖资源综合利用中试基地、大兴安岭冻土工程与环境观测研究站、干旱区盐渍化研究站

（注：名单可能有偏差）

2021年5月21日，中国科学院西北生态环境资源研究院帮扶办被甘肃省人民政府表彰为“全省脱贫攻坚先进集体”。

2022年4月，中国科学院西北生态环境资源研究院北京冬奥会雪务保障技术团队获第26届“甘肃青年五四奖章”。

据2023年7月研究所官网数据，中国科学院西北生态环境资源研究院累计获奖成果120余项，包括新疆维吾尔自治区科学技术奖、甘肃省科学技术进步奖、甘肃省自然科学奖等。

《冰川冻土》是由中国科学院主管，中国科学院寒区旱区环境与工程研究所和中国地理学会主办的是中国冰、雪、冻土和冰冻圈研究领域学术期刊。研究主要包括：冰、雪、冻土（含人工冻土）的性质、过程及其控制；冰冻圈的资源与环境；冰冻圈各组分的动态变化及相互作用；冰冻圈与大气圈、水圈、生物圈、岩石圈和人类活动之间的相互作用；寒区水文水资源；寒区生态与建设；全球变化；寒区工程与减灾、防灾；先进技术在寒区开发与研究中的应用。

《高原气象》（双月刊）是全国性大气科学期刊之一, 创刊于1982年，由中国科学院主管，中国科学院西北生态环境资源研究院主办及科学出版社出版。设有学术论文、短论、研究简报、学术讨论及综合评述等栏目。主要刊登大气科学领域的各个方面，涵盖天气气候方面的理论、观测和预报预测方法、全球气候变化、大气物理、大气化学和大气雷电等学科。主要以从事气象及相关的水文、农业及地球环境等学科领域的科技人员、业务人员及高等院校师生为主要读者对象。

《沉积学报》创刊于1983年，由中国科学院西北生态环境资源研究院、中国矿物岩石地球化学学会沉积学专业委员会和中国地质学会沉积地质专业委员会联合主办。主要报道沉积学、沉积矿产、地球化学以及相关分支学科、交叉学科的基础和应用基础研究的创新性研究成果和高水平论文，介绍沉积学研究的新技术、新理论及中国国内外沉积学论著，同时也报导有关学术活动、学科研究动态及学术思想的讨论和争鸣。读者对象主要为沉积学、地质学及相关学科领域的科研工作者、高校教学工作者、专业工程技术人员等。

《地球科学进展》由中国科学院西北生态环境资源研究院和国家自然科学基金委员会地球科学部联合主办的综合性、学术性刊物。主要栏目有综述与评述；研究论文；院士论坛；发展战略论坛；科技重大计划进展；IODP研究；学科发展与研究；探索与争鸣；全球变化研究；可持续发展研究；生态学研究；新学科·新发展·新技术；基金项目管理与成果介绍；研究简报等。

《黄金科学技术》创刊于1988年，由中国科学院主管、中国科学院资源环境科学信息中心主办的综合性科技期刊。注重宣传和报道中国国内外关键金属矿产（黄金及稀贵金属）地质、采矿、选冶等全产业链多学科交叉领域的重要创新成果和关键技术。被中国科学引文数据库（CSCD）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）等中国国内外数据库收录。设有矿产勘查与资源评价、采选技术与矿山管理、冶炼技术与装备研发等栏目，并围绕学科前沿问题设立特色专栏，集中报道前沿成果和进展。

《中国沙漠》是以沙漠科学研究为主的综合性学术刊物，侧重报道中国国家自然科学基金项目和国家科技攻关项目在沙漠科学方面的研究成果，以及沙漠学及相邻学科研究的前沿理论；注重区域性和综合性、可持续发展研究，关注资源研究与全球变化等重大课题在沙漠学科上有创新的新思想、新观点和新学说；促进沙漠科学研究和整治水平进一步提高以及中国国内外学术水平的交流。

《遥感技术与应用》是综合性学术刊物，主要刊登中国国内外遥感理论、技术及应用研究领域的学术论文与综述，优先报道中国国内外遥感研究与应用的新技术、新理论、新方法和新成果，推动高新技术在地球科学研究及社会发展中的应用，重点介绍国家自然科学基金项目、交流国家攀登计划、攻关计划工作等科研成果。

《天然气地球科学》为中国科学院西北生态环境资源研究院主办的综合性、学术性刊物。设有综述与评述、天然气地质学、天然气地球化学、天然气勘探、天然气开发、非常规天然气、天然气与环境、天然气资源与经济、研究前缘等栏目。

《Journal of Natural Gas Geoscience》（天然气地球科学英文版）是中国科学院兰州文献情报中心与中国石油勘探开发研究院廊坊分院共同主办的双月期英文电子学术期刊，主要刊登天然气地质、天然气地球化学、天然气地球物理、天然气田工程、非常规天然气、天然气与环境、天然气与经济等方面的原创性研究论文和综述文章。

《Sciences in Cold and Arid Regions》（旱寒区科学）创刊于2008年，是由中国科学院西北生态环境资源研究院、科学出版社及中国地理学会共同主办的国际性学术刊物，以天-地-生系统和人-地系统交叉研究为特色，主要报道寒冷、干旱极端环境下地球表层系统的过程和格局研究的成果。

《甘肃科学学报》1989年创刊，双月刊，是甘肃省的综合性自然科学学术性刊物，中国国内外公开发行。由甘肃省科学院主管，甘肃省科学院和中国科学院西北生态环境资源研究院联合主办。学报设有七个栏目：数理科学；生物医学；环境化学；工程技术；建筑科学；交通运输；经济管理。

据2023年7月研究所官网数据，中国科学院西北生态环境资源研究院是国务院学位委员会首批博士、硕士学位授予权单位，是中国科学院博士生重点培养基地，共有一级学科博士点6个、二级学科博士点15个、一级学科硕士点8个、二级学科硕士点16个、专业硕士学位类别授权点1个、专业硕士学位领域授权点1个。

学术学位一级学科博士点：地理学、大气科学、生态学、地质学、土木工程、图书情报与档案管理

学术学位二级学科博士点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、气象学、大气物理学与大气环境、生态学、矿物学、岩石学、矿床学、地球化学、构造地质学、岩土工程、防灾减灾工程及防护工程、寒区工程与环境（自设）、情报学

学术学位一级学科硕士点：地理学、大气科学、生态学、地球物理学、地质学、土木工程、工程、图书情报与档案管理

学术学位二级学科硕士点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、气象学、大气物理学与大气环境、生态学、固体地球物理学、矿物学、岩石学、矿床学、地球化学、构造地质学、岩土工程、防灾减灾工程及防护工程、寒区工程与环境（自设）、情报学

专业硕士学位类别授权点：资源与环境

专业硕士学位领域授权点：生物与工程

中国科学院西北生态环境资源研究院的院徽从logo整体造型来看，其中是1955年为沙坡头沙漠研究试验站建站日期，也是文献情报中心（原中国科学院兰州图书馆）成立时间，即1955年为西北研究院各单元往上追溯的最早建立日期，表明了西北研究院历史悠久、底蕴深厚﹔年份下方以书的造型为背景，既代表着文献情报中心，又代表着那些扎根西部、不畏艰险、乐于奉献、追求卓越的知识分子和的科研工作者。

从logo整体造型来看，内圈共有5种颜色代表西北研究院由5个单元组建而成。上方蓝色区域代表高原大气中间的白色区域代表冰川冻土；下方绿色区域代表着寒区旱区生态与农业，条纹状取自盐湖造型，黄色的区域代表沙漠，褐色的部分代表油气地质。设计中不同的颜色基本涵盖了该院的研究方向，如冰川、冻土、沙漠、高原生态、盐湖、油气地质、高原大气和资源环境信息等。

从logo深层寓意来看，下方黄色区域中的5个小区域代表盐湖，也代表西北研究院的5个单元，条纹状既像铁路又像阶梯，“铁路”寓意着该院在青藏铁路和包兰铁路建设中所取得的突出成就，获得2项国家科技进步特等奖，“阶梯”既寓意着书籍是人类进步的阶梯，代表文献情报中心，同时也寓意着西北研究院整合后在新的起点上，围绕服务国家“丝绸之路经济带”和西部大开发战略，进一步攻坚克难、团结协作、继往开来、勇攀高峰，向着更高、更远、更深、更广的方向发展。

2023年5月13至14日，中国科学院西北生态环境资源研究院举办第十九届公众科学日活动。该届活动主题为“遇见科学预见未来”。