雄安创新院建立新的管理体制和运行机制，实行理事会领导下的院长负责制，探索中科院、河北省、雄安新区在政策、土地、资金、技术、人才和项目等方面共同支持雄安创新院建设和运行管理新模式。雄安创新院以理事会为平台协商决策重大事项，并争取国家有关部委及社会支持，建立院内外开放合作、共同参与的协同创新机制；构建事业和企业管理相结合的新型人力资源管理制度，关键科技人才实行双聘制，推行多样化工资制度，探索试点基于全面预算绩效管理的综合预算管理制度，实行科研项目经费包干制和负面清单管理；坚持“孵化”企业但不“办”企业、参股而不控股的基本原则，试点职务权属混合所有制改革，允许单位和科研人员共有成果所有权。