中心设在中国药科大学，暂下设执业药师政策研究室、药师教育学院和《中国执业药师发展报告（蓝皮书）》编辑部。

执业药师政策研究室主要负责课题研究与管理，通过对热点与难点问题的专门研究，对全面深化医疗改革中的药学服务提供政策建议。

药师教育学院主要致力于储备药师的定向培养、在岗执业药师的能力与学历提升、高层次执业药师队伍的打造与培育、药师实践基地以及执业药师分级定标体系研究与建设等，为培养满足社会发展所需要的执业药师人才队伍搭建优质的实践平台。