1978年5月，在中国社会科学院主持召开的全国民族研究发展规划会议上，决定成立全国性的蒙古史学会。1979年8月，在内蒙古自治区首府呼和浩特市召开学会成立大会，制定和通过了学会章程。章程规定，学会贯彻百花齐放、百家争鸣方针，采取各种形式，积极开展学术活动，定期组织学术讨论和学术交流，活跃蒙古史的研究；出版有关蒙古史的书刊资料；同国外蒙古史研究机构和学者建立友好联系,开展国际交流。学会吸收团体会员和个人会员。在成立大会上选举产生了理事会，翁独健教授当选为理事长。会址设在内蒙古自治区呼和浩特市。

1980年该会在内蒙古海拉尔市举行年会。1981年，年会在新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市召开，日本、美国和德意志联邦共和国的一些学者应邀出席。1983年，在云南昆明举行了学术讨论会。出版《中国蒙古史学会论文集》2辑,收论文90余篇，涉及蒙古族族源、社会性质、人物评价等方面，反映了蒙古史研究的水平。中国蒙古史学会在推动国内蒙古史研究中发挥了积极作用。