2011-2015年一度与中国足协杯正赛资格挂钩。2011年起，中国足球协会业余联赛同亚足联中国展望城市联赛冠军杯（2011-2012年）、中国足协杯资格赛（2014-）一起作为中国足协杯的资格赛。2016年起，足协杯资格仅限获得中乙联赛参赛资格球队，中国足协杯正赛参赛球队全部从中国足协杯资格赛中产生。

2014年开始，逐渐与上一级的中国足球协会乙级联赛形成升降级制度。

2024年9月1日，厦门壹零贰陆将在山西迎来首场比赛，对阵山西太理毅大球队；9月16日，厦门壹零贰陆则将在厦门迎来首场主场比赛。

2014年以前，参赛运动队可由机关、学校、企业、行业、部队等单位的人员组成，也可通过自由组合以俱乐部的形式参加比赛。

2015年开始，参加大区赛和总决赛的球队，实行俱乐部制，必须在当地工商或民政部门登记注册（参加中国足协杯的业余俱乐部需要在工商部门注册）。

赛事启动时中国足协的远景规划是在2004年构筑起中超、中甲、中乙、中丙（业余）四级竞赛体制，并在业余联赛和乙级联赛之间建立升降一体的全面衔接，故以“丙级”冠之，但此后就没有了下文，所以早期的中国足球协会业余联赛的优胜队伍并不能直接升入中国足球协会乙级联赛。

2014年开始，足协规定新参加中乙联赛的球队，经过准入审核，优先从2014中国足协业余联赛优胜队中产生。2015年更是明确规定，初次报名参加中国足球协会乙级联赛的俱乐部，将从中国足球协会业余联赛总决赛队伍中按成绩顺序优先产生。而参加大区赛和总决赛的球队，实行俱乐部制，必须在当地工商或民政部门登记注册(参加中国足协杯的业余俱乐部需要在工商部门注册)，并提交资质证明复印材料，方能参加大区赛和总决赛。在准入条件上，为业余足球联赛与中乙联赛的衔接，铺设了通道。

起初，由于中乙联赛扩军，所以中业联赛“只升”，中乙联赛“不降”。2017年增设升级附加赛，在中业联赛五六名和中乙联赛后两名之间进行，附加赛的成绩决定了中乙联赛后两名与中业联赛五六名在2018年中乙联赛准入资格审核的顺序，间接产生了中乙联赛球队的“降级”。

赛制上，分为预赛阶段（省市联赛）和决赛阶段（大区赛和总决赛）。

预赛阶段为会员协会省市联赛，由中国足协指导，地方会员协会主办。首届联赛仅在全国17个重点城市展开，2003年扩大到17个重点城市以外的15个已实体化的省级会员协会指定的城市举行，2004年以后向所有省级会员协会开放。

起初，省区一级预赛大都是由省区足协指定本省区内一城市举办由本市球队参加的市级联赛，例如济南赛区、荆州赛区、自贡赛区、鄂州赛区、福州赛区、中山赛区等，也少有采取集中赛会制，例如安徽赛区（2003年）、广西赛区（2004年）、广东赛区（2016年）等。随着各地业余足球的发展，在各省区逐渐形成成规模的覆盖全省区的主客场赛制联赛，例如浙江省足球超级联赛、广西足球超级联赛、广东省足球协会超级联赛、湖南省足球协会超级联赛、山东省业余足球超级联赛等，许多省区市都形成了稳定的省区市级联赛对接到中国足球协会会员协会冠军联赛大区决赛当中。

●17个足球重点城市及27个省区联赛（2019年）

决赛阶段分为大区赛及总决赛，由中国足协主办，地方会员协会承办。

●大区赛

大区实行赛会制，由足协授权会员协会成立大区业余联赛组委会，负责大区业余联赛的组织和管理。2002年分成四个赛区，2003年又分为八个大区，2005年合并为四个大区，2006年后又合并为南北两个大区（北区由西安市足协牵头，南区由江西省足协牵头）。2014年重新划分为四个大区。2017年大区赛分为南北两个区域，每个区域各4个赛区，南北合计8个赛区，每个赛区前两名晋级到全国总决赛。2019年大区赛仍分为南北两个区域，共10个组，每个组第1名和成绩最好的两个第2名直接晋级总决赛，剩余八个小组第2名通过附加赛决出剩余4个总决赛名额。

参加大区赛的球队必须是中国足协会员协会联赛的冠军或优胜球队（早期还存在由地方足协推荐的优秀球队代表参赛）：本年度会员协会主办的联赛顺利完成的，应推荐本年度的冠军或优胜球队；本年度会员协会主办的联赛尚未完成的，可推荐上一年度联赛冠军或优胜球队，或本年度积分榜排名前列的球队。本年度或上一年度未组织当地联赛的会员协会，不具备中冠联赛决赛阶段的参赛推荐资格。

●总决赛

最初实行赛会制，参赛队数从8支到16支不等。2017年开始，总决赛16支参赛队实行主客场双淘汰制比赛，1-4名和5-8名球队进入总决赛排位赛。2019年开始，总决赛南北区分别进行主客场单循环比赛后，进行排位赛。

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