为了全面落实党的宗教信仰自由政策，弘扬佛法，抵制境外宗教敌对势力和国外分裂主义势力的渗透破坏，培养爱国爱教的宗教人才，十世班禅大师和赴朴初先生提出了成立中国藏语系高级佛学院的倡仪。这一倡议得到了党中央的批准。1987年2月10日成立了中国藏语系高级佛学院筹建组，9月1日学院正式成立。十世班禅大师亲任第一任院长，原中国佛教协会会长赵朴初先生为高级顾问。我国藏传佛教培养活佛的教育将由经院式教学改变为新式的课堂集体教学(即学院式教学)。

学院的教学课程设置，除特设专业外大体上分三大类：各占比重为佛学课60%，语文课20%，时事政策课20%。佛学课程本“求教理教义的大同，存习修侧重的小异”。讲授的教理典籍有：《入菩萨行论》、《菩提道次第广论》、《增提道炬论释》、《修心七事论本注》、《宝性论》、《了义明灯》、《宗义宝蔓》、《现观庄严论疏》、《兰色手册》、《喻法论·聚宝》、《密集金刚本注四释广论》、《上师五十颂》、《三百佛随许法》。佛教史学有《土观·教派源流》、《藏蒙佛教史》、《宁玛派源流》、《噶举派源流》、《萨迦派源流》、《格鲁派源流》、《觉囊派源流》。语文课有《藏文文法》、《藏文正字法》、《藏文修辞》、《藏文诗词理论学》、《藏文书法》及《汉语文》。时事政策课讲授了《宗教政策》、《民族政策》、《统战政策》和有关法律规及《西藏历史与现状》等。