1949年11月，中央国家机关党委的前身是中央人民政府直属机关党委会（简称政府党委），遵照中央政治局“关于在中央人民政府内组织中国共产党党委会决定”。

1950年01月，正式成立。

1955年04月，经中央批准改名为“中共中央国家机关委员会”。

1965年，中央国家机关各部门成立了政治部，经中央同意撤销了中央国家机关党委的机构。

1980年05月，中共中央批准成立了中央国家机关临时党委。

1982年06月，召开中央国家机关第五届党的代表大会，正式恢复了中央国家机关党委。

2018年3月，中共中央印发了《深化党和国家机构改革方案》，将中央国家机关工作委员会和中央直属机关工作委员会职责整合，组建中央和国家机关工作委员会，作为党中央派出机构；不再保留中央国家机关工作委员会。