1994年，当时仍在岭南学院的计算机科学系再分系，成立了科学计算与计算机应用系（主要由计算数学专业组成）和计算机科学系（主要由计算机软件专业组成）。

1996年初，应用力学与工程系与物理系、激光所组成了物理科学与工程学院。

1997年，科学计算与计算机应用系从岭南学院分出，与数学系、数学研究所、以及1998年10月成立的计算科学与计算机应用研究所组成了数学与计算科学学院。

2016年，“中山大学数学与计算科学学院（SYSU_MC）”正式更名为“中山大学数学学院（SYSU_MA）”。

截至2013年初，学院有专业教师88人，其中教授30人、副教授36人、高级讲师4人，讲师18人，95%以上具有博士学位；其中3人被列入国家人事部“百千万人才工程”第一、二层次人选，6人获得国家杰出青年基金项目；2人入选教育部“优秀青年教师资助计划”，1人被评为国家级教学名师，8人入选“新世纪优秀人才支持计划”。

根据2017年3月学院信息显示，学院下设数学系、统计科学系、科学计算与计算机应用系等3个系，数学与应用数学、统计学、信息与计算科学等3个本科专业。

根据2017年3月学院信息显示，学院有教育部高等学校特色专业建设点1个，广东省高等学校本科特色专业建设点2个，广东省名牌专业2个，广东省专业综合改革试点项目1个，国家理科基础科学研究和教学人才培养基地1个。

教育部高等学校特色专业建设点：数学与应用数学

广东省高等学校本科特色专业建设点：数学与应用数学、信息与计算科学

广东省名牌专业：数学与应用数学、信息与计算科学

广东省专业综合改革试点项目：统计学

国家理科基础科学研究和教学人才培养基地：数学与应用数学

根据2017年3月学院信息显示，学院有一级学科博士学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点2个，硕士专业学位点1个；国家重点学科（二级学科）2个，广东省重点学科（攀峰重点学科）1个，广东省重点学科（优势重点学科）1个。

在2012年教育部第三轮学科水平评估中，学院数学一级学科水平排名全国第9，统计学一级学科水平排名全国第7。

根据2017年3月学院信息显示，学院聘请了美国加洲大学伯克莱分校的陈省身教授，菲尔兹奖得主、美国哈佛大学丘成桐教授等国际著名的数学家为名誉教授；聘请了美国SyracuseUniversity教授、许跃生教授、加拿大Concordia大学C.Y.Suen教授等国内外著名学者20余人为客座（兼职）教授。各学术带头人均与欧美及港澳地区的学者有着紧密的联系，每年都有十几人次到美国、欧洲、香港等国家和地区进行学术交流和合作研究。学院与法国巴黎高师、俄罗斯圣彼得堡大学、新加坡国立大学、美国普渡大学、香港中文大学、香港科技大学、香港城市大学等有长期的联合培养、交流合作。

根据2017年3月学院信息显示，学院数学研究所、华南统计科学研究中心、计算科学与计算机应用研究所、复杂系统研究中心、计算机视觉研究中心等5个研究机构，其中有广东省重点实验室1个。广东省数学会挂靠学院。

广东省重点实验室：计算科学实验室

根据2017年3月学院信息显示，学院承担国家重大重点项目2项，杰青项目4项，重大研究计划培育项目3项，国际合作项目5项，教育部新世纪优秀人才支持计划8项，国家自然科学102项。

院徽设计理念：图案中心由“数学”和“计算”的英文字头M、C一气呵成，表现数学与计算科学学院师生正误分明、治学严谨的风范，兼收并蓄、博采众长的胸怀；四周由内向外逐渐拓宽的圆环，寓意数学与计算科学学院师生在学校的领导下，团结一心、不断进取的精神，稳步发展、跨入国际前沿的态势。