文献馆一方面旨在对近代以来广东积累的西方思想文化资源及其与中国文化交融的初步成果进行充分利用和深入发掘，同时以西学东渐过程的系统理论研究为总体方向，统合和规整现有的中山大学各个学科的研究力量。通过对西学东渐方面文献资料的系统收集，力图在若干年内首先构建一个西方哲学理论东渐的专门研究乃至西学东渐的一般研究的文献中心，而后经过长期的发展，努力形成中山大学人文社会科学的一个特色理论研究方向，构造人文社会科学研究的一个聚合点。另一方面，致力于为国内外相关领域的研究者和研究活动提供一个研究、交流、合作的场所。

文献馆自成立以来，设立专门网站“中山大学西学东渐网”，（原名为“中国西学东渐网”网站）大力购置各类文献资料，计划每年召开一个国际学术会议，出版一本《西学东渐研究》刊物。目前，已购买近4000册新书和古旧书，举办国际学术会议3次，已出版1本《西学东渐研究》，另有2本已交出版社。