事实上，中日两国在20世纪90年代就曾尝试通过共同研究解决两国间的历史问题。1995年，根据当时村山富市首相的提议，日本政府开始实施为期十年、以亚洲邻国为主要对象的“和平交流计划”。作为该计划的一环，日本政府在东京的日中友好会馆内设立了“日中历史研究中心”，而在中国社会科学院中设立了“中日历史研究中心”，组织中国学者在那一框架下进行历史研究。中国史学会会长、时任中国社会科学院近代史研究所所长的张海鹏告诉记者，中国社会科学院接受我国外交部的委托，从1998年至2004年间“协助”日方进行历史研究，研究主要以课题的形式进行，中日双方研究课题各自结集出版。在这次研究中，中方虽是以“协助”姿态出现的，却为此后的“共同”研究打下了基础。

中日共同历史研究始于2006年底。就在2006年8月15日，时任日本首相的小泉纯一郎第六次参拜靖国神社，引起中国民众的强烈不满，使中日关系降至冰点。2006年10月，新就任的日本首相安倍晋三来华访问，双边关系的“坚冰”开始融化。安倍晋三访华期间，与胡锦涛主席、温家宝总理会晤时都确认了年内启动中日共同历史研究的基本原则。同年11月16日，中国外交部长李肇星和日本外相麻生太郎就“中日共同历史研究实施框架”达成一致，决定中日两国学者基于《中日联合声明》、《中日和平友好条约》、《中日联合宣言》三个政治文件的原则，以“正视历史、面向未来”的精神，对中日历史进行共同研究。

中日双方分别委托中国社会科学院近代史研究所和日本国际问题研究所负责具体实施，各自成立了由10名学者组成的委员会，设置“古代及中世纪史”和“近现代史”两个小组，由步平研究员与日本东京大学教授北冈伸一分别担任中日两国首席委员。据步平介绍，共同研究首先要共同讨论并确立研究题目，双方围绕同一题目分别撰写研究论文。论文初稿形成后交换，在讨论会上就对方论文坦率地提出学术性的批评意见。双方学者在修改中接受可以接受的意见，同时把存有异议的地方记录下来。基本过程可以概括为“同一题目，交换意见，充分讨论，各自表述”。

这一阶段的中日共同历史研究共确定了16个题目——古代史7个，近代史9个。经过反复讨论和修改，此次发表的第一阶段的报告由涵盖古代史和近代史的13个题目的26篇论文组成（就同一题目，双方各作一篇论文）。涉及战后史的研究成果此次没有公布，据介绍，关于战后历史的各3篇文章还需要在第二阶段进一步研究。“近代史部分的问题是从中日两国的近代开端起（在中国以‘鸦片战争’为标志，在日本以‘黑船事件’为标志），按时间顺序确定的。为了使双方能够开展讨论，双方学者共同确定了在每篇论文中都必须涉及的关键词”。中国社会科学院近代史研究所《抗日战争研究》执行主编荣维木说。

“中日共同历史研究取得的进展，主要是从过程来看的。两国学者能够坐在一起进行冷静的讨论，这一事情本身就是有意义的。作为学术研究，肯定存在不同的认识，不可能追求完全的一致，这一点需要特别说明。中日两国人民有不同的生活环境、文化背景、历史渊源，两国学者在学术观点上存在差异是正常的。因此，我们所说的共同研究的结果，并不是完全同意对方意见的结果，而是就共同的题目，在充分讨论包括吸收了对方的意见后，各自发表的研究成果。这是学术研究，要遵从学术规范。”步平强调。

王建朗指出，中日在若干问题上存在着分歧，这些分歧大致可分为三类，其因应之策也各不相同。一是不能回避的大是大非的原则问题，对这些问题必须形成基本的共识，否则共同研究便失去了基础，失去了继续进行下去的意义；二是对历史进程或历史事件的解读，受各种因素影响，中日要在某些方面达成共识是相当困难的，对此，中方采取了争取共识而不强求共识的态度，同时，不懈地阐明自己的观点，不因共同研究而有所迁就；三是对一些历史个案的细节研究，一切皆以史料为依据，有几分证据说几分话。

承认1937年日本对中国的战争是一场侵略战争，并对侵略责任进行反省，这是实现中日邦交正常化的前提，也体现在1972年以来中日间的政治文件中。然而，日本社会对此一直存在着不同意见，右翼及保守势力始终否认侵略战争责任，得到一部分政治家的支持，因而引起战争被害国人民的强烈不满。

“近代以来，中日之间有过一段不幸的历史，日本的侵略扩张给邻国尤其是中国带来了巨大的灾难。然而，在日本，一些右翼分子和政客有意识地去淡化和抹杀甚至美化这段历史。这些错误的认识给中日两国关系带来了很大的负面影响，特别是伤害了双方国民的感情。”北京大学历史学系教授王新生说。

此次共同研究开始后，近代史组的双方学者一开始就需要对上述战争性质问题做出明确回答。中国学者认为：承认侵略战争责任，是中日关系继续发展的基础，“没有这样的认定，共同研究便失去了继续进行下去的基础”。日本学者也认为应坚持中日间政治文件的精神，确认侵略战争的性质并进行反省。他们还介绍说，日本社会中认为对华战争是侵略战争的人占多数。只是少数人的意见分贝很高，而有些政治家的发言极不负责任。“日本对中国发动的战争是一场侵略战争，这是一个基本的也是根本性的判断。”王建朗说。

“我们的研究已经给侵略战争定性，” 荣维木提出，“一般来讲，对于基本的历史事实，双方的了解程度与认识角度是比较一致或接近的，包括对一些标识性的历史事件的性质认定。”“历史研究的基本原则是尊重史实、实事求是，遵循这一学术研究的规范，是共同研究能够顺利进行的重要条件。而在研究方式与认识方法上，学者间可能会存在差异，这是可以理解的。比如，中方学者关注近代中日两国之间发生的一系列问题的原因与本质，而日方学者则倾向于探究那一问题发生的过程。这样的差异不可能在短期内得到解决。”

“日本的一些学者习惯于强调事件的偶发性、被动性，我们则认为，应当从诸多的偶然性中看到事物发展变化的必然性。例如，尽管导致某些事件发生的因素有可能是偶然的，但将一系列事件联系起来，就能够看出，日本对外扩张的政策性与计划性。正是日本不断的扩张态势造成了中日矛盾的激化。”王建朗说。

在学术研究中，也往往会出现针对同样的历史事实而认识与判断并不相同的情况。在承认日本的侵略史实的前提下，对于在短时期内难以形成共识的问题，中日学者通过各自的论文表述了各自的意见。

南京大屠杀典型暴露了日本军队的残忍与野蛮，也是刻在中国人民心中一道无法磨灭的伤痕。第五次中日联合舆论调查显示，76.3%的中国学生和75.3%的中国居民认为南京大屠杀是“公众认为最为重要的历史问题”。

战后国际审判中关于南京大屠杀的史实调查，曾在日本国民中产生了相当大的震动，也是引起战后日本社会思考战争责任的主要契机。进步的知识分子为此进行了深刻的反省。但右翼与保守势力中的一部分人则为了抵制日本社会的反省，制造了所谓 “南京大屠杀是虚构的”论调，还得到一些政治家的支持，大大伤害了中国民众的感情。“南京大屠杀受人关注并不只是被害人数问题，首要问题是关于这一大规模的反人道残暴行为性质的认定。在双方学者的论文中，对这一屠杀事件的性质的判断是一致的，都承认这是一次集体的屠杀事件。”荣维木说。

关于南京大屠杀的遇难人数，在战后对日本战犯的审判中均有涉及。东京国际审判法庭的判决书中说：“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。”而在南京审判中确认的遇难人数则在30万以上。“在讨论时，我们援引了东京审判和南京审判判决书这两个具有说服力的法律文件，这两个法律依据完全可以证明这是一场大规模的屠杀。在对事件的性质进行了这样的认定的前提下，讨论确切的遇难人数才有意义与可能，当然，那还需要更多的史料和更深入的工作，”荣维木指出。

步平还强调：“南京大屠杀是日本侵略战争罪行的典型表现，是战后审判的判决书予以认定的确凿无疑的历史事实。而日本右翼势力为了给日本的侵略罪行翻案，就想方设法否定南京大屠杀的存在。其主要手段就是在实证研究的幌子下通过质疑上述两个数字，将人们的注意力引导到具体数字的讨论上，通过对数字准确性的质疑而否认非人道的屠杀暴行的性质。这是一个从根本上混淆是非的陷阱，人们需要引起警惕。”

“此次的共同研究只是在促进相互理解方面走出了第一步。长时间形成的历史认识问题不可能通过一次研究就能解决。欧洲的德国与法国之间讨论历史问题，逐渐达成和解共同编写历史教科书，是从二战结束后就开始的，经过了60多年，所以中日两国间的共同历史研究需要继续走下去，”步平表示。

在共同进行历史研究方面，德国和法国走出了一条比较成功的道路。2006年起，由曾是宿敌的德法两国共同编写的教科书《1945年后的欧洲与世界》开始在欧洲发行，而两国也被国际社会认为是在解决历史认识分歧方面成功的典范。此外，日本与韩国之间的历史共同研究已经进入第二阶段。“几十年来，德法、德波之间在谋求共同历史认识方面作出的积极努力对于欧洲形成共同体的局面具有重要意义，对我们也很有借鉴意义。德法、德波的历史共同研究出发点和我们的出发点是一样的，但构建东亚的共同历史认识比在欧洲更困难。这方面的努力还要继续下去，”荣维木说。

王建朗指出，中日共同历史研究的目的之一，是要尽可能地缩小历史认识的分歧，求得更多共识。然而，如果指望短时期内中日共同历史研究能在改正日本民众的历史观上取得重大进展，这是一个不可能完成的任务。第一阶段中日共同研究的意义更在于彼此的了解更加清晰。中日共同历史研究为彼此的了解提供了一个机会。

“人们经常说的中日历史问题，其实包含了政治外交、民众感情与学术研究三个层面的问题，而且三个层面相互影响，呈现相当复杂的情况。解决这一问题，需要政治家、学者及媒体等各方面的共同努力与配合。中日共同历史研究是解决学术研究层面的问题，所以应当把学者间的相互理解作为贯穿始终的原则，尊重历史事实，缩小认识的鸿沟。我们不可能要求在短时间内双方的意见完全达成一致，重要的是两国学者尽量将有关问题的各方面历史资料汇集起来，呈现出真实的历史，建立一个沟通与交流平台。从学者间的相互理解开始，进而促进民间的相互理解，对消除两国关系存在的障碍产生积极的作用，这就是共同研究的主要目的。同时，跨越国境的历史认识的形成也对建立稳固的东亚各国间关系具有积极意义，”步平最后表示。