太平洋战争爆发后，中欧犹太协会成为日本占领当局与犹太难民联系的唯一代表机构。民国31年在日本占领当局的支持下，协会成立“仲裁庭”，负责审理犹太难民的诉讼案件。民国36年，这个法庭才为当时的上海市政府发觉而予以取缔。

中欧犹太协会有一个附属的妇女组织——妇女联盟，创办于民国29年，盟员多时达到1100余人，由格特鲁德、沃尔夫领导。这个组织由犹太妇女组成，为犹太难民提供服务，如探望病人、供给贫困者药品、烹制安息日和节日的伙食等。

由于欧洲犹太难民中还有相当数量的犹太教改革派教徒，民国29年以胡戈·亚历山大为领导的改革派犹太人从中欧犹太协会分裂出去，组织新的会社——中欧犹太自由派协会。该协会受到正统派犹太难民的反对。民国30年12月太平洋战争爆发后解体，归并与中欧犹太协会。民国31年4月17日，该会出版《犹太简讯》周刊，二战后改为《犹太之音》，民国37年停刊。