2000年12月29日，中国科学院研究生院正式更名组建，并将中国科学院5个学部和作为学位授予单位各研究所的一级学科博士学位授权点、二级学科博士学位授权点、二级学科硕士学位授权点归入中国科学院研究生院。

2001年5月22日，新研究生院更名成立的揭牌仪式在北京玉泉路园区举行。

2003年11月，中国科学院党组作出了“中国科学院管理干部学院并入研究生院”的决定，原管理干部学院的干部培训、成人教育职能以及192人的队伍，均并入研究生院。

2012 年，中国科学院研究生院更名为中国科学院大学（简称国科大）。国科大实行“科教融合”的办学方针，与中国科学院所属科研机构在管理体制、师资队伍、培养体系、科研工作等方面高度融合。次年6月，中国科学院大学深圳先进技术学院在深揭牌成立。该学院是国科大第一个揭牌的专业学院。

2014年，国科大经教育部批准开始招收本科生，进行拔尖创新人才培养的积极探索。次年7月，中国科学院大学存济医学院成立。

2015年中国科学院大学（简称“国科大”）申请纳入国家“基础学科拔尖学生培养试验计划”通过专家评议。次年5月，中国科学院大学艺术中心成立。11月，中国科学院与深圳市人民政府签署在深合作办学备忘录，双方将合作建设中国科学院大学深圳校区。

2017年8月，中国科学院大学华北医院揭牌仪式暨合作推进会在华北石油总医院举行，标志着国科大首个直属附属医院正式成立。9月，中国科学院大学入选国家首批“双一流”建设高校。12月，中国科学院与福建省政府、福州市政府在福州签署共建中国科学院大学福建学院协议。

2018年1月，广州市人民政府、中国科学院大学、黄埔区政府、天河区政府签署框架协议，共建中国科学院大学广州学院。中国科学院大学广州学院设天河、黄埔两个校区。同年2月，与南京市人民政府共建中国科学院大学南京学院。4月27日，经国务院学位委员会批准，学校成为首批学位授权自主审核单位。10月14日，中国科学院大学建校40周年的纪念大会在雁栖湖校区举行，国科大在纪念大会上收获了一份来自星空的生日礼物——一颗小行星被正式命名为“国科大星”。11月，与重庆市人民政府携手共建的中国科学院大学重庆学院正式揭牌；中国科学院大学首个临床医学院在重庆揭牌成立。

2019年1月，国家级专业技术人员继续教育基地揭牌暨中国科学院大学继续教育学院成立。7月，成为中国高校行星科学联盟创始成员。7月，中国科学院大学北京临床医学院正式成立。9月，成为中国人工智能教育联席会创始成员、常务理事单位。11月15日，中国科学院大学与中国社会科学院大学在北京正式签订战略合作框架协议。

2021年1月4日，中国科学院大学南京学院揭牌；1月12日，中国科学院大学应急管理科学与工程学院揭牌。2020年9月29日，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位。

2022年2月，中国科学院大学的化学、材料科学与工程学科入选第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。9月，中国科学院大学正式批准成立国科大太原能源材料学院。

截至2022年12月，学校由京内四个校区（玉泉路、中关村、奥运村、雁栖湖）、京外五个教育基地（上海、武汉、广州、成都、兰州）和分布在全国的113个培养单位组成。学校共有直属教学科研单位75个，其中院系46个，其他各类科教机构29个。

截至2023年12月，共有博士学位授权一级学科点52个，硕士学位授权一级学科58个。此外，国科大还拥有16类专业学位授权点。根据全国第四轮学科评估结果，国科大30个学科被评为A类，其中A+学科18个。在2023年3月公布的ESI（Essential Science Indicators）最新数据中，国科大全球排名32位，位列内地高校第一位。在ESI全部22个学科排名中，国科大材料科学、化学、环境/生态学、植物与动物科学跻身ESI前万分之一行列；材料科学、化学、环境/生态学、植物与动物科学、工程科学、农业科学、地球科学、生物与生化、物理学、药理学与毒物学、微生物学、计算机科学等12个学科进入ESI前千分之一，22个学科进入ESI前百分之一学科。

截至2023年12月31日，中国科学院大学拥有专任教师3311人，各培养单位在岗研究生指导教师研究生指导教师13186人，其中博士生导师8482人，中国科学院院士253人，中国工程院院士39人。

截至2022年，中国科学院大学共有7个专业获得国家级一流本科专业建设点，3个专业获得省级一流本科专业建设点，1个国家级实验教学示范中心，5门课程入选首批“国家级一流本科课程”。并在上海、广州、武汉、成都和兰州都分布有教育基地。

截至2022年12月，国科大已经累计授予207832名研究生硕士、博士学位，授予1713名本科毕业生学士学位。国科大培养了新中国第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士，培养了全国约四分之一的“杰出青年基金获得者”。自1978年建校以来，所培养的学生有161名当选为两院院士。

作为环太平洋大学联盟（APRU）成员高校、中国教育国际交流协会“双一流”建设高校国际交流分会副会长单位及中澳一流大学合作机制首批加盟大学之一，学校设有中国—丹麦科研教育中心、中丹学院、国际理论物理中心（亚太地区）、卡弗里理论科学研究所等中外合作机构，并在斯里兰卡、缅甸、乌兹别克斯坦设立了国科大海外联合科教中心，通过实施中国政府奖学金、“中国科学院‘一带一路’国际科学组织联盟（ANSO）奖学金”和中国科学院大学国际学生奖学金等项目，培养知华、友华的外国高层次青年科技人才。

截至2023年12月，学校已与美国哈佛大学、麻省理工学院、哥伦比亚大学、斯坦福大学、英国剑桥大学等世界一流高校以及英国皇家科学院、法国国家科研中心、德意志学术交流中心、美国科学院等国际知名科教机构建立了合作交流关系，现有来自法国、德国、俄罗斯、美国、丹麦、巴基斯坦、肯尼亚等98个国家的国际学生在校攻读硕士、博士学位。同时，国科大实施本科生公派赴境外学习交流项目和博士生国际合作培养计划，近年来，国科大入选“国家建设高水平大学公派研究生项目”人数名列全国高校前茅。

截至2022年12月，中国科学院大学拥有分布在各研究生培养单位的23个国家重大科技基础设施、两个国家研究中心、73个国家重点实验室、191个中国科学院重点实验室、8个国家工程研究中心、17个国家工程技术研究中心、14个国家工程实验室，以及众多国家级前沿科研项目。

截至2023年6月，中国科学院大学两项课题入选国家社科基金重大项目立项名单，先后获得国家科技进步奖特等奖2项，一等奖1项，二等奖1项，获得军队科技进步一等奖2项，二等奖16项，三等奖8项；两次被四部委联合表彰“载人航天工程突出贡献集体”，36人次获载人航天突出贡献者荣誉称号。多个项目获北京市科学技术奖，其中，自然科学奖一等奖1项，科学技术进步奖一等奖1项，科学技术进步奖二等奖2项。

截至2024年8月，国科大图书馆以雁栖图书馆为主、玉泉图书馆为辅，使用面积合计近2万平方米。该馆在架中文图书38万余册，其中以学术图书为主，包括Elsevier、Wiley等国际一流出版社出版的图书近2万册；陈列四库全书等古籍类丛书、中外文工具书和百科全书等共4000多册；雁栖图书馆陈列中国科学院和中国工程院院士捐赠的珍贵图书和期刊文献等共5218册，雁栖馆一层第二书库、第三书库有备用图书，早期图书，藏书约25万册；成思危捐赠阅览室藏书近2万册；玉泉图书馆存有100余位院士捐赠的4000余册。陈列637种期刊，以及部分硕博论文等。

2023年12月，国科大图书馆正式启动了“马克思主义专区”图书建设，图书馆雁栖馆与玉泉馆均设置有马克思主义专区，其中雁栖馆的马克思主义专区部分位于图书馆二层南侧马克思主义专区书库（紧邻校史馆处）；玉泉馆的马克思主义专区位于二层服务台后方。截至2023年底，两馆马克思主义专区共有在架图书近3万册。

截至2024年8月，国科大图书馆现有中文期刊数据库3个、中文图书数据库2个、中文学位论文数据库2个。通过参团订购及全院开通，可即查即得期刊21819种（西文期刊7843种、中文期刊13972种，日文期刊4种）。参团采购的数据库可以访问的有154种，其中全文数据库124种，二次文献库15种，工具事实型数据库10个、数值型数据库4个，多媒体数据库1个。此外，该校自主订购了超星、万方、SIAM数据库等中外文数据库13个。自主订购数据库，可访问约170万种图书，7.5万种电子期刊以及1737.8万篇期刊会议及法律条文等文献。 图书馆在服务区放置有触摸屏电子阅报刊系统，包括150种报纸、200多种期刊，均为当月现刊，可以实时阅读报纸期刊。

截至2024年8月，中国科学院大学（校部）主办的刊物有：《中国科学院大学学报》《自然辩证法通讯》《管理评论》和《工程研究——跨学科视野中的工程》，共4种。

院徽图案分外环和中心两部分，外环上部为第一任院长郭沫若手书的“中国科学院”字样，下部为学校英文名称。环内是由六个晶体组成的一个物质结构图案，象征数学、物理、化学、天文、地学、生物六大学科融汇和结合的基础作用；中间自然形成一齿轮，象征基础科学凝聚、派生的技术科学的推进作用。外环、环内的六个晶体和中间的圆点为孔雀蓝色；中国科学院的中外文字和环内晶体之外的部分为白色。

院徽设计象征中国科学院作为国家自然科学和高新技术研究与发展中心，面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登世界科学高峰，为中国经济建设、国家安全和社会可持续发展不断做出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献。

博学笃志，格物明德

2003年6月26日，经研究生院院务会议讨论，一致赞同路甬祥院长提议的“博学笃志格物明德”为中国科学院研究生院校训。“博学”源自《中庸》，希望学校的学生通过刻苦学习和实践，获得广博的知识，不仅要有较全面又相对合理的知识结构，还要有远大的抱负和广博的胸怀；“笃志”源自《荀子·修身》，以崇高的理想及对科学事业心的不懈追求，投身于振兴中华的伟大实践而忘我地工作，就是今天“笃志”的含意；“格物明德”都源自《礼记·大学》，是自汉唐以来历代士人毕生追求的理想，对当代青年学生和知识分子同样有深刻的启示。

社团活动涵盖思想政治类、学术科技类、创新创业类、文化体育类、志愿公益类、自律互助类几大种类。学术科技类社团以学术研究和学习交流为主，定期举办学术论坛、研讨会、读书会等活动。文化体育类聚焦于文化艺术领域，以文艺比赛、体育竞技、健身课程等形式开展。志愿公益类社团是由志愿者组成的主要着眼于社会服务的组织，活动涉及社区服务、环境保护、教育支持、健康关怀等多个领域。创新创业类社团活动以科技创新和发明为主。

武汉教育基地小洪山记者团于2005年成立，主要负责中国科学院武汉教育基地各研究所的新闻宣传工作，并通过与相关社会媒体合作，增进小洪山记者团与外界媒体之间的联系，提高新闻影响力。记者团的工作以科研院所为划分依据，将记者团分为各个通讯小组。原则上，各小组负责各自所在研究所的新闻宣传工作，武汉教育基地的集体活动由武汉教育基地研会宣传部、记者团成员共同负责。

中国科学院大学鸿雁舞蹈团（以下简称舞团）隶属中国科学院大学团委，是由中国科学院大学广大舞蹈爱好者组成的群众性学生组织，由国科大艺术中心牛锡桐老师亲自指导排练，是一支正规的优秀的艺术团体，自成立之初便每年吸引许多热爱舞蹈的同学，一起为学校各类文艺汇演输送优质节目，是国科大具有品牌效应的学生组织。舞团以中国舞为代表性舞种，继承和发扬传统舞蹈文化，致力于提高学生们的文化修养与综合素质。经历时间的洗礼，舞团在不断探索与挑战中逐渐发展，逐步成长为一支更加优秀与专业的舞蹈团体。

国科大迷虹滑板社成立于2016年9月，致力于在果壳校内推广滑板运动和文化，为滑板爱好者提供一个相互学习和交流的平台。曾获校学生优秀社团表彰奖励，目前主要在雁栖湖校区开展活动。社团每学期定期举行畅游雁栖湖，万圣夜游雁栖湖两次常规活动。

截至2023年12月，学校由京内四个校区（玉泉路、中关村、奥运村、雁栖湖）、京外五个教育基地（上海、武汉、广州、成都、兰州）和分布在全国的113个培养单位组成。

玉泉路校区是中国科学院大学集中教学校区之一，位于北京地铁一号线沿线，是国科大建校并沿用的首个校区，承担着本科生和部分研究生的教学主体任务。校区南面与北京国际雕塑公园相望，北面与高能物理研究所相邻。玉泉路校区面积虽小，但这里环境幽静、交通便利、温暖精致，拥有五栋学生公寓，银行、超市、食堂、校医院、浴室、运动场、健身房等日用设施一应俱全。可满足4000余师生的生活需求。

中关村校区坐落在有着“中国硅谷”之称的中关村地区，涵盖计算技术研究所、物理研究所、化学研究所、国家纳米中心等多个中科院研究所，与清华大学、北京大学、北京航空航天大学等高校临近，科教资源丰富。中关村校区不仅“科学感”满满，也靠近五道口、新中关等商圈，为同学们的科研生活之余提供放松休闲的多样选择。

奥运村校区坐落于朝阳区大屯路，毗邻奥林匹克公园，涵盖生物物理研究所等十余个科研院所，学习氛围浓厚。

雁栖湖校区坐落在怀柔雁栖湖风景区，与APEC峰会会址隔湖相望，景色怡人，秀色可餐。该校区可容纳1万余名师生，主要用于进行研一同学的集中教学。

玉泉路校区礼堂是见证学校发展历史的标志性建筑。在1958年中国科学技术大学建校之前，礼堂就已经矗立在校园里。1951年礼堂开始建设，包括现在西侧的办公楼和人文楼。当时在这里建设的主体单位是现在的中央党校，当时中央党校叫马列学院，新中国成立后从延安迁到北京。玉泉路园区是马列学院的二分部，实际上直接使用的单位为中央联络部，该单位属于军事化管理的对外保密单位，规模近千人。

2015年9月12日，由中国科学院怀柔火箭试验基地改建成的“中国科学院与‘两弹一星’纪念馆”正式开馆。中国科学院对怀柔火箭基地原址进行改造，建设了“中国科学院与‘两弹一星’纪念馆”，旨在弘扬“两弹一星精神”，彰显老一辈科学家为“两弹一星”事业做出的重要贡献。试验基地始建于1958年，由郭永怀任院长的原1001设计院拆分后的推进剂、试车台部组建。1001设计院的另外两个部运载火箭总体、发动机部迁往上海，组建了上海机电设计院。试验基地的任务是探索和开发用于远程火箭的高能液体推进剂和发动机的地面试车工作。

作为国科大最显著的地标，钟楼全高50余米，位于学校西区图书馆东北部，与教一楼相连。楼顶部四面有时钟，中上部北、东、南三面有校徽，夜间蓝光熠熠。钟楼每逢整点就会鸣音报时，不过大家每天听到的都是电子钟报时，可不是每天都有人敲钟哦。