中美洲航空的航线连接拉丁美洲和北美洲，主要飞行中美洲各国，并已经延伸至南北美洲。有三大航空基地（圣萨尔瓦多/圣何塞/利马）的中美洲和南美洲地区。中美洲航空航点遍及哥斯达黎加、危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜、巴拿马、北美洲、加勒比海群岛、南美洲等地超过20个国家、四十多个城市。凡IATA二字代码为TA、LR、GU的航班均为中美洲航空公司的航班。中美洲航空亦和美国航空（American Airlines）联营，提供旅客往返北美、欧洲和亚洲。中美洲航空成为拉美洲地区第三大航空公司。

中美洲航空有三个主要转运点：由哥斯达黎加的圣荷塞(San Jose)往返南美洲；由萨尔瓦多的圣萨尔瓦多(San Salvador)往返北美和墨西哥；以及由秘鲁的利马(Lima)往返南美各大城市。中美洲航空提供往返与美国、加拿大11个城市和中南美洲主要目的地的每日航班。同时它还是唯一一家提供古巴和北美洲航班的航空公司。南美洲境内路线以秘鲁的利马为主要飞行基地，航班延伸到中南北美洲各航点。