皇家中非博物馆的前身是1877年布鲁塞尔世界博览会皇家比属刚果博物馆。1960年，更名为皇家中非博物馆。该馆的最近一次维修是在1958年。

2010年是该博物馆建馆百年。比利时联邦政府通过决议，由联邦政府房产专管局投资6600万欧元，对该博物馆进行大规模的翻修。翻修工程于2011年开始，2015年重新向公众开放。