大多数的发生的免疫疾病主要可以分成两大项。一是免疫系统防卫上的缺陷，在这部分发生缺损，将无法产生适应免疫反应上的疾病（如慢性肉芽肿 chronic granulomatous disease）和自体免疫反应（autoimmunity），也就是免疫系统攻击自己的抗原（比方说红斑性狼疮systemic lupus erythematosus、关节炎rheumatoid arthritis或重症性无力症 myasthenia gravis等疾病）。另一个则是因为其他免疫系统发生病变，包括引起各式的过敏反应，例如对于无害分子化合物的产生反应（如气喘asthma、过敏allergies）或是反应过渡激烈。

艾滋病(AIDS)即是著名的免疫系统疾病，其由HIV病毒所引起。目前了解，艾滋病导因于因HIV病毒感染后，失去 CD4+（CD4阳性）T细胞（辅助T细胞）及巨噬细胞。