明万历年间，邑人秦嘉楫在上海县城万军箭台上重建丹凤楼，仍悬“顺济庙”旧额，附设文昌阁、关侯祠。楼建成后，豪绅钱氏捐田40亩，众人又增田数百亩，作为该楼修祀之用。

清乾隆五十五年，李筠嘉增建前殿山门，嘉庆五年(1800年)，住持募建殿旁两庑和桐荫楼，后殿旁增建“绛雪”、“南阜”两堂和隐商楼。咸丰三年，清军镇压小刀会起义，丹凤楼大部分毁于战火。咸丰五年，住持凤朝阳募捐修建，经过三年修缮，略有恢复。咸丰十年，太平军进军上海，丹凤楼再度受创。事后，再次修建，前后两次共化费银3000余两。

清宣统年间(1909～1911年)，拆除城墙，修筑福佑路，波及雷祖殿。民国元年，丹凤楼改建东明小学校；8月，上海拆城筑路，拆除万军台，丹凤楼废。