进入组织

“你是外派的探员吗？通讯部门的？我们的人事记录上没有你的名字。”

―保罗·贝拉米对丹尼尔·克洛斯

第二天，丹尼尔在一个奇怪的地方醒了过来。汉娜告诉他这里是刺客在费城的一个据点。她说他们找不到丹尼尔的屋子，据点里也没有人认识他，丹尼尔并不是这个据点的人。

之后，他们见到了保罗·贝拉米，他是这个据点的总管。贝拉米说他无法在刺客组织内的任何人事记录上找到丹尼尔的信息。而丹尼尔则不断地声明他完全不知道“刺客”和“圣殿骑士”是什么东西，却吃惊地发现他身上的刺青原来是刺客组织的标志。

这时，丹尼尔又陷入了一次幻觉，这次他还说出了在他记忆中尼古拉曾说过的话。贝拉米便问他通古斯是什么意思，丹尼尔试图离开，但却被两名站在旁边的刺客阻拦。三个人便打了起来，丹尼尔将两名刺客打倒后，贝拉米将自己的袖剑架到了丹尼尔的脖子上。丹尼尔只得回到一间小屋内。

当晚，丹尼尔愤怒地在房间里乱砸家具，引起了汉娜的注意。丹尼尔告诉她自己将药物留在了公寓里，他想把它拿回来。汉娜起先拒绝了丹尼尔，但后来还是同意了，并给他拿了一件白色的带兜帽外套，让他悄悄地过去。来到公寓后两人才发现，药物已经没有了——因为丹尼尔之前就将药全部丢掉了。丹尼尔陷入了绝望，而汉娜建议丹尼尔不要再禁锢他脑海里的事物，将它们释放出来

找到目标

“汉娜……不要紧……我看到了一切……我看到了时间的模样。我找到了我存在的目的，我知道我该干什么了，我必须去找导师。”

―丹尼尔在经历幻觉之后

在讨论了一下丹尼尔在组织内所扮演的角色后，汉娜问丹尼尔是否还记得幻觉里的事件。丹尼尔站了起来，来到了窗户边，在水雾上画出了一把权杖，尽管他并不知道这是什么。

这时，贝拉米冲进了房间，告诉他们威廉·迈尔斯刚刚打电话告诉他，根据资料显示，1908年有一个刺客小组在通古斯行动，只有一个幸存者。这名幸存者就是丹尼尔的曾祖父，他后来移民到了美国。听到了“尼古拉·奥列洛夫”这个名字后，丹尼尔又一次陷入了幻觉，回忆起了尼古拉前往通古斯取回权杖的行动。贝拉米催促着丹尼尔，要他向自己描述幻觉的细节，但丹尼尔只是瞪了他一眼。

丹尼尔冲出了房间，一边经历着1908年的事件，一边来到了屋顶上。汉娜和贝拉米都追了上去，希望他能下来。这时，丹尼尔的幻觉达到了高潮，他的脑海里同时出现了伊甸苹果、尼古拉·特斯拉、伊述和他自己的出生。随后他就瘫倒在地上，汉娜连忙赶过去扶起他。丹尼尔则说自己没事，他找到了自己的目标，他必须见到导师。

与导师的会面

“有些人觉得我这是在浪费时间，但我知道我不能就此放弃搜寻。”

―丹尼尔·克洛斯

在接下来的两年中，丹尼尔一直在搜寻着导师的所在，他走遍了每一个刺客据点。在这些地方，他从他的刺客同伴那里获得帮助和指导。2000年11月5日，丹尼尔终于如愿以偿。

当他在自己的公寓里休息时，两名蒙面人冲了进来，丹尼尔无法抵抗，被他们注入了麻醉剂。第二天，丹尼尔发现自己已经来到了位于迪拜的导师据点。

虽然刚醒来时他还有些疑惑，但丹尼尔很快就推理出了面前这个人的身份。丹尼尔发现，导师一直在追踪他的动向，也知道丹尼尔的那些幻觉，导师还认为丹尼尔是一名宝贵的人才。导师接下来则跟丹尼尔介绍了“导师”这一身份的来历、传承和含义，最终告诉丹尼尔他将是自己的继承人。接下来，导师则告诉丹尼尔，组织经过这么多年的演变后已经改变了自己的行事方式，对于那些充满欲望的掌权者的处置方式不再是简单的“杀死”。

导师接下来将自己的袖剑传给了丹尼尔，并告诉他，虽然袖剑现在已经变成一种仪式性的物品，但它依然可以致命。袖剑一来到丹尼尔的手中，丹尼尔立即有一种想要使用它的冲动。丹尼尔将袖剑带到了手臂上，当初韦迪克在他的脑海里植入的程序也悄然启动。

丹尼尔冲动地杀死了导师。丹尼尔一出手就开始后悔，他不明白自己为何做出这种事情。在听到门外传来的声音后，他赶忙从玻璃窗中跳出，跳入了下面的海水中。上岸后，他只好前往一个还会接受他的地方——Abstergo。

回到Abstergo

“我必须得承认，在看到我们的小伙子慢慢长大并继承我们的工作时，我感到了一种近似父亲的自豪感。他心中对他那死去的父母的情感已经完全湮灭，现在他将Abstergo当成了他的家。”

―韦迪克给艾伦·里金的一封邮件中提到

11月21日，丹尼尔终于回到了Abstergo在费城的研究基地。一来到Abstergo后，丹尼尔就要求他们让自己使用阿尼穆斯。直到有在一个不幸的秘书遭到了攻击后，韦迪克才意识到事情的紧急性。丹尼尔用Animus自由地探索着尼古拉·奥列洛夫的记忆，这也使他平静了下来。

丹尼尔很快被带离了阿尼穆斯并被绑在了手术台上。在斯特恩斯以及其他高级Abstergo员工的监督下。宋医生给丹尼尔注入了SK-345。丹尼尔无意识地说出了他过去两年间曾拜访过的刺客组织的秘密藏身点。Abstergo随即发动了“大清洗”，刺客组织几乎覆灭。

接下来的14个月中，丹尼尔依旧呆在他的阿尼穆斯中，探寻他的下一个祖先因诺肯季·奥列洛夫的记忆。2002年，由于丹尼尔的大脑活度过于混乱，宋医生中断了丹尼尔的阿尼穆斯。她告诉丹尼尔过去了多少时间，以及他因刺死导师而被圣殿骑士成员们视为英雄的事。丹尼尔回到了Abstergo设施内的一个公寓里，很快出血效应又出现了，他又进入了因诺肯季的记忆。

一日，宋在离开基地时丹尼尔找到了她，但当丹尼尔看到她的脸时，出血效应使他将宋与尼古拉的妻子——安娜·奥列洛夫所混淆。他请求宋让他回到阿尼穆斯，却遭到了拒绝。然而丹尼尔却偷偷的拿走了宋的钥匙卡——存放阿尼穆斯房间的钥匙卡。丹尼尔经过了许多台阿尼穆斯，不少被捕获的刺客正在被探寻记忆，甚至连保罗·贝拉米也躺在那里。他选择了台没人的机器躺下，这台阿尼穆斯经过了进化，丹尼尔也获取了更多有关他祖先的记忆。

丹尼尔再次被宋医生叫醒，她也对丹尼尔表达了自己的失望之情。丹尼尔道了歉并询问宋是由有关于他和奥列洛夫家族关系的文件。宋告诉他别再沉溺于他的过去以及家族的事，Abstergo的所有人都很关心他，他可以将Abstergo当做自己第二个家。当晚丹尼尔从回忆中惊醒，他探寻到尼古拉为了训练因诺肯季所展现出来的无情，丹尼尔看着文件中尼古拉的照片，然后将它捏成一团。

早年圣殿工作

“我们是在这个愤世嫉俗、困惑时代最后的文明的堡垒。我们清洗他们的窝点，将他们赶得东躲西藏。现在是时候将他们赶尽杀绝了，我将会向你们展示该怎么做。”

―丹尼尔在训练新成员时

丹尼尔随后加入了圣殿骑士的行列，他被委任训练Abstergo的员工以及新成员，来对抗刺客组织的残党。通过宋医生定期的检查和药物治疗，丹尼尔克服了出血效应。除此之外，他还收到了经过Abstergo改良的导师袖剑。

之后，丹尼尔会见了韦迪克以及其他一些圣殿骑士高层，他们给了丹尼尔一个新的任务，而训练新人的工作则交给了罗斯柴尔德。

韦迪克通过一封邮件告诉了丹尼尔任务的具体内容。很快，丹尼尔来到了莫斯科，寻找藏在波修瓦大剧院地下的伊凡雷帝图书馆内的先知手札。假装去看剧院内表演的歌剧，很快丹尼尔就找到了隐藏在下水道中的门，通往图书馆的门。进去之后，一个刺客守卫想向丹尼尔打招呼，不料却惊吓了丹尼尔，险些遭到袖剑的攻击。丹尼尔假装是来轮换守卫的刺客，而那个刺客守卫也告诉了丹尼尔手札的位置。

趁守卫不注意，丹尼尔打开了由艾吉奥·奥迪托雷撰写的先知手札，并通过耳机将手札的内容——密涅瓦所说的话——讲给了韦迪克，并提到了“戴斯蒙德”这个名字。之后，丹尼尔杀死了守卫，打电话给了清理小队，带着手札离开了图书馆。

之后，丹尼尔来到了莫斯科当地的一个教堂内，他坐在了一位年长女性的旁边。然而丹尼尔不知道，这位女性正是他的姑姥姥娜迪娅·奥列洛夫。但是娜迪娅却注意到了丹尼尔和自己儿子的相似之处。经过一番交流，娜迪娅说丹尼尔并不来自俄罗斯——通过观察丹尼尔挂在脖子上的十字架的不同。在丹尼尔离开之前，娜迪娅表达了希望他再来的意愿。

成为圣殿大师

韦迪克：“听着，丹尼尔，听好了。你知道这训练计划对我们来说是多么重要。我们训练出了很多有前途的新人，并且…”

丹尼尔：“去他妈有前途的…”

韦迪克：“听着！你现在是最适合这项工作的人。你是我们的顶级成员，并且已经训练了十年了。”

—在到达罗马后，韦迪克对丹尼尔说

丹尼尔随后成为了圣殿骑士内殿团的一员，并被授予了圣殿大师。

2011年，丹尼尔带领了一队圣殿骑士袭击了一处刺客藏身点。然而当队伍抵达那里时，只有汉娜·米勒在那里，她留了下来阻挠圣殿骑士前进，并想带丹尼尔回到刺客组织。但她的妄想失败了，丹尼尔最终杀死了她。

2012年后期，丹尼尔卷入了发生在丹佛的一起事件。虽然没有收到太大的伤害，但他后来拒绝继续在那工作。在这期间，丹尼尔负责找到戴斯蒙德·迈尔斯，并被授权允许由随从他的Abstergo员工捕获。戴斯蒙德逃离Abstergo后，丹尼尔非常沮丧，然而他却不知道，除了塞壬计划计划之外，韦迪克有别的打算。

9月12日，丹尼尔率队进攻了刺客在加拿大惠斯勒的藏身点，但有一名刺客设法逃脱了。

一个月后，10月13日，丹尼尔用非常不安的语气给宋医生打了电话，他非常关心塞壬计划失败以及露西·斯提尔曼被杀的消息。尽管非常不安，丹尼尔决定和宋医生在里顿豪斯广场见一面来舒缓自己的情绪。

几天之后，丹尼尔打电话给韦迪克，愤怒的指责他又一次丢失了戴斯蒙德和他的小队，并且告诉韦迪克自己已经摸清了塞壬计划。丹尼尔表示自己希望到罗马加入韦迪克的行列。韦迪克同意了，并说他会用到丹尼尔的专业知识。然而到了罗马，丹尼尔却被西奥多·里佐分配去训练更多的新成员。 尽管丹尼尔坚持表示自己要去追踪戴斯蒙德，韦迪克却说他是能正确训练新成员的人并表示这些日子只会持续两天。丹尼尔不情愿的同意了，但他仍参与了搜寻戴斯蒙德的行动。

10月22日，丹尼尔在Abstergo基地的食堂和三名新人发生了肢体冲突，整个小队都去阻止他，导致有七人被送院治疗，包括三名新人以及四名Abstergo特工。这之后里佐发了封邮件给韦迪克，他表示自己清楚丹尼尔在组织中的地位，但仍请求让丹尼尔离开。韦迪克回绝了他的请求，并告诉里佐，继续让丹尼尔训练新人。第二天，丹尼尔偷偷地离开了Abstergo基地。韦迪克告诉里佐，他们会跟踪丹尼尔的行踪，因为他会带他们找到戴斯蒙德和他的小队，因此韦迪克让里佐做好支援丹尼尔的准备。

三天之后，10月26日。里佐率领Delta小队在佛罗伦萨与丹尼尔取得了联系。里佐通知韦迪克丹尼尔正在追踪他们的目标，韦迪克则叫里佐服从丹尼尔的命令。第二天，丹尼尔和Delta 1-10号队员准备在佛罗伦萨的机场伏击戴斯蒙德和他的小队。然而他们不知道，他们反而被哈兰·T·坎宁安手下的刺客伏击了。枪战发生了，丹尼尔很找到了戴斯蒙德小队，他冲了上去。然而戴斯蒙德的小队对丹尼尔使用了他们的伊甸苹果，导致丹尼尔双膝发软跪地，大脑剧烈疼痛，然后，丹尼尔开始攻击自己人，Delta 1（即西奥多·里佐）-3号队员因此阵亡。

追踪戴斯蒙德·迈尔斯

丹尼尔对于自己在Abstergo期间丢失戴斯蒙德·迈尔斯的事实感到非常懊悔，但他也追踪戴斯蒙德一行来到了纽约。当戴斯蒙德计划从曼哈顿一间办公室内取走第一文明能量源时，丹尼尔出现，并用手枪胁迫他。但戴斯蒙德非常轻松地就将丹尼尔缴了械，并在逃走前用能量源将他击倒。

一段时间之后，丹尼尔追随戴斯蒙德来带了巴西的一个武术比赛，在这里的一个女性持有另一个能量源。丹尼尔先接触了这位女性，并在戴斯蒙德到来时将其和其丈夫打死。丹尼尔试图带着能量源逃跑，却被戴斯蒙德阻止并再一次被打倒，戴斯蒙德带着能量源逃走了。

死亡

“我们别浪费时间了，你无处可逃而我手上有枪。说到这…现在可是21世纪，而你竟然只带着一把小刀防身就到处跑？太蠢了。好了，戴斯蒙德，游戏结束了。”

―丹尼尔对戴斯蒙德说，在刺客突袭Abstergo基地时

在巴西圣保罗的事件不久后，丹尼尔再次回到了Abstergo在罗马的基地。沃伦·韦迪克委派Abstergo特工在埃及开罗将戴斯蒙德的父亲威廉·迈尔斯绑架并囚禁在这里，希望以此让戴斯蒙德带伊甸苹果来交换。戴斯蒙德来到基地后，在基地埋伏的丹尼尔在韦迪克的阿尼穆斯研究室又一次和他相遇，并命令戴斯蒙德交出苹果。

然而就在他正要射击戴斯蒙德时，丹尼尔的出血效应出现了。他开始说俄语，恐慌并开始逃跑。戴斯蒙德追了上去。最终戴斯蒙德在虚拟战斗训练计划室追上了丹尼尔并用袖剑将其刺死。

2012年12月17日下午4点19分，丹尼尔·克洛斯葬于意大利罗马。

“它是一件礼物，克拉克小姐。一件由搜捕会带来的，奇妙的礼物。现在让我打开他瞧瞧里面有什么。”

―沃伦·韦迪克谈论丹尼尔，在将其送入阿尼穆斯前

丹尼尔独特的血统吸引了Abstergo的注意，因此他被公司的血统发现与获得部门抓获。

丹尼尔只知道他的祖先是奥列洛夫家族—一个与刺客组织紧密相连的家族。丹尼尔的高曾祖父安德烈·奥列洛夫迁往了俄罗斯并加入了俄国民意党，为了将俄罗斯拜托帝国主义统治。他的儿子，尼古拉被迫追随他的道路。尽管专注于刺客的工作，尼古拉并不像他父亲一样对刺客事业抱有大的热情。之后，尼古拉迎娶了安娜，一位俄罗斯女性。并拥有了自己的女儿，娜迪娅。之后，在1917年尼古拉与安娜迁往美国开始了新生活，随后他们的儿子因诺肯季出生了，即丹尼尔的祖父。

“我听到很多声音，但我不知道他们在说什么，听起来像是欧洲那边的语言。有个女人……有的时候我还会看到一些很古老的东西。马和马车什么的。不是每次都是幻觉……有的时候感觉起来就像是在回忆过去。”

―丹尼尔对他的医师描述自己的“幻觉”

由于那些无法理解的“幻觉”，丹尼尔常常精神异常并且情绪不稳定。这种混乱使他变得粗鲁而且不合群，有时甚至升级为暴力。

在得知导师的存在后，丹尼尔决心要见到他。为此他不听他人的劝告，环游地球寻找导师的地点。在杀死导师后，丹尼尔对自己的行为非常震惊。知道自己已经不可能再回到刺客后，他绝望地来到了Abstergo。起初，丹尼尔非常渴望获取一些可以称作“家”的东西，因此经常使用阿尼穆斯来探寻他祖先的记忆。但最终他适应了他的新家，并加入了圣殿骑士。

尽管他最后成为了圣殿大师，丹尼尔仍然会有出血效应的症状。或许是不能帮助他，他的刺客随从只是学会了简单处理这个状况。2012年11月中期，宋医生曾以72小时为周期将他放在阿尼穆斯中，借此希望能改变他的状况，尽管所有的医学报告认为这并没有效。威廉·迈尔斯在之后的对话中曾对戴斯蒙德说过，丹尼尔对Abstergo来说，在这些日子里象征意义大于实质。